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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8f5f | ||||||
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タイトル | human branched chain ketoacid dehydrogenase kinase in complex with inhibitors | ||||||
要素 | [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase [lipoamide]] kinase, mitochondrial | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / TRANSFERASE/INHIBITOR / branched chain ketoacid dehydrogenase kinase / inhibitor (酵素阻害剤) / TRANSFERASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of cellular amino acid metabolic process / [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase activity / : / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / branched-chain amino acid catabolic process / Branched-chain amino acid catabolism / amino acid catabolic process / lipid biosynthetic process / protein serine/threonine phosphatase activity ...negative regulation of cellular amino acid metabolic process / [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase activity / : / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / branched-chain amino acid catabolic process / Branched-chain amino acid catabolism / amino acid catabolic process / lipid biosynthetic process / protein serine/threonine phosphatase activity / regulation of glucose metabolic process / kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / ミトコンドリアマトリックス / リン酸化 / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ミトコンドリア / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.149 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, S. / Roth Flach, R. / Bollinger, E. / Filipski, K. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Small molecule branched-chain ketoacid dehydrogenase kinase (BDK) inhibitors with opposing effects on BDK protein levels. 著者: Roth Flach, R.J. / Bollinger, E. / Reyes, A.R. / Laforest, B. / Kormos, B.L. / Liu, S. / Reese, M.R. / Martinez Alsina, L.A. / Buzon, L. / Zhang, Y. / Bechle, B. / Rosado, A. / Sahasrabudhe, ...著者: Roth Flach, R.J. / Bollinger, E. / Reyes, A.R. / Laforest, B. / Kormos, B.L. / Liu, S. / Reese, M.R. / Martinez Alsina, L.A. / Buzon, L. / Zhang, Y. / Bechle, B. / Rosado, A. / Sahasrabudhe, P.V. / Knafels, J. / Bhattacharya, S.K. / Omoto, K. / Stansfield, J.C. / Hurley, L.D. / Song, L. / Luo, L. / Breitkopf, S.B. / Monetti, M. / Cunio, T. / Tierney, B. / Geoly, F.J. / Delmore, J. / Siddall, C.P. / Xue, L. / Yip, K.N. / Kalgutkar, A.S. / Miller, R.A. / Zhang, B.B. / Filipski, K.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8f5f.cif.gz | 282.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8f5f.ent.gz | 231.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8f5f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/8f5f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/8f5f | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8f5jC 8f5sC 4e01S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 44251.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCKDK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O14874, [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase |
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-非ポリマー , 5種, 21分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.72 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium sulfate and 17-22% PEG-3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.149→47.67 Å / Num. obs: 18569 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 17.7 |
反射 シェル | 解像度: 3.149→3.227 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 751 / CC1/2: 0.566 / Rpim(I) all: 0.586 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 40 / 解像度: 3.149→47.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU Rfree Blow DPI: 0.51
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原子変位パラメータ | Biso mean: 120.75 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.53 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.149→47.67 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.15→3.19 Å
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精密化 TLS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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