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- PDB-8f4y: Crystal Structure of SARS-CoV-2 2'-O-Methyltransferase in Complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f4y
タイトルCrystal Structure of SARS-CoV-2 2'-O-Methyltransferase in Complex with Compound 5a covalently bound to nsp16 and nsp10
要素
  • 2'-O-methyltransferase
  • Non-structural protein 10
キーワードTRANSFERASE / CSBID / Structural Genomics / Center for Structural Biology of Infectious Diseases / nsp16-10 / 2'-O-Methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / ISG15-specific peptidase activity / TRAF3-dependent IRF activation pathway ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / ISG15-specific peptidase activity / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / snRNP Assembly / Replication of the SARS-CoV-2 genome / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / SARS coronavirus main proteinase / 3'-5'-RNA exonuclease activity / 5'-3' DNA helicase activity / host cell endosome / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / omega peptidase activity / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / host cell Golgi apparatus / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / DNA helicase / methyltransferase cap1 activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / regulation of autophagy / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / copper ion binding / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / lipid binding / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / : ...RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / : / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / : / Lipocalin signature. / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / : / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / : / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Peptidase family C16 domain profile. / : / : / Coronavirus replicase NSP7 / Coronavirus 3Ecto domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Chem-XDU / Chem-XE0 / Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Brunzelle, J.S. / Rosas-Lemus, M. / Kiryukhina, O. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93022C00035 米国
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2023
タイトル: Discovery of a Druggable, Cryptic Pocket in SARS-CoV-2 nsp16 Using Allosteric Inhibitors.
著者: Inniss, N.L. / Kozic, J. / Li, F. / Rosas-Lemus, M. / Minasov, G. / Rybacek, J. / Zhu, Y. / Pohl, R. / Shuvalova, L. / Rulisek, L. / Brunzelle, J.S. / Bednarova, L. / Stefek, M. / Kormanik, J. ...著者: Inniss, N.L. / Kozic, J. / Li, F. / Rosas-Lemus, M. / Minasov, G. / Rybacek, J. / Zhu, Y. / Pohl, R. / Shuvalova, L. / Rulisek, L. / Brunzelle, J.S. / Bednarova, L. / Stefek, M. / Kormanik, J.M. / Andris, E. / Sebestik, J. / Li, A.S.M. / Brown, P.J. / Schmitz, U. / Saikatendu, K. / Chang, E. / Nencka, R. / Vedadi, M. / Satchell, K.J.F.
履歴
登録2022年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2'-O-methyltransferase
B: Non-structural protein 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,68620
ポリマ－48,7032
非ポリマー1,98418
水5,621312
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3730 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area19390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)171.040, 171.040, 52.029
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 2'-O-methyltransferase / Non-structural protein 16 / nsp16


分子量: 33627.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: rep, 1a-1b / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): magic
参照: UniProt: P0DTD1, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: タンパク質 Non-structural protein 10 / nsp10 / Growth factor-like peptide / GFL


分子量: 15075.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: rep, 1a-1b / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTD1

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非ポリマー , 6種, 330分子

#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-XDU / 4-[(E)-2-(2,4-dichlorophenyl)ethenyl]-6-(trifluoromethyl)pyrimidin-2-ol


分子量: 335.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H7Cl2F3N2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-XE0 / 4-[2-(2,4-dichlorophenyl)ethyl]-6-(trifluoromethyl)pyrimidin-2-ol


分子量: 337.125 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H9Cl2F3N2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#7: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 72 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein: 3.83 mg/ml (nsp10/nsp16 1:1), 0.15M Sodium chloride, 0.01M Tris pH 7.5 , 5% Glycerol; Screen: Anions (B2), 0.1M HEPES pH 7.5, 1.25M Sodium acetate; Soaks: Compound 5a, 24 hours; Cryo: 4M Sodium formate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.12713 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月9日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12713 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→30 Å / Num. obs: 49128 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 42.2 Å2 / CC1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.113 / Rsym value: 0.104 / Χ2: 1.011 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 2.13→2.17 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2485 / CC1/2: 0.718 / CC star: 0.914 / Rpim(I) all: 0.426 / Χ2: 0.998 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0350精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6w4h

6w4h


解像度: 2.13→29.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 6.507 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1798 2374 4.9 %RANDOM
Rwork0.1573 ---
obs0.1584 46521 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 167 Å2 / Biso mean: 52.305 Å2 / Biso min: 21.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.42 Å20.21 Å2-0 Å2
2--0.42 Å20 Å2
3----1.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.13→29.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3152 0 118 327 3597
Biso mean--84.04 54.73 -
残基数----408
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0123541
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0163096
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1641.6734803
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.4861.5747244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.4215444
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg4.2941011
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg8.42210580
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.2515
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024052
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0190.02700
LS精密化 シェル解像度: 2.13→2.185 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 199 -
Rwork0.249 3372 -
all-3571 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.03510.15980.20861.28020.69922.1764-0.0291-0.17320.38220.15320.0243-0.0123-0.02580.14660.00480.1852-0.0077-0.0080.0387-0.05510.118894.87638.55234.372
21.7614-0.2333-0.05871.78730.31681.67760.00830.0281-0.132-0.14410.04890.13250.3093-0.103-0.05720.2534-0.0104-0.01930.0340.01320.023287.1221.02718.681
30.79290.39130.16631.34640.35742.13260.0019-0.13660.07410.15480.077-0.16810.27520.1941-0.07880.24450.0402-0.01560.0997-0.01380.066296.80826.57730.525
412.4008-5.2293-4.39343.44211.96152.20260.00240.22280.4387-0.20590.1587-0.18140.04050.035-0.16110.1682-0.00480.00710.07510.00960.016194.38229.3058.353
50.93831.4343-0.1186.6612-1.59141.6659-0.00480.1234-0.1653-0.226-0.0137-0.5260.19010.29750.01840.24890.04790.08240.1079-0.04260.0914104.4316.59212.482
613.115-2.5993-0.431414.20896.01212.6184-0.2091-0.49350.01650.38740.01550.60470.2416-0.11690.19360.2137-0.2149-0.07360.26670.13510.365157.5719.43816.971
73.5669-0.78390.3344.6697-0.21772.39880.14190.3068-0.2465-0.4054-0.02620.71850.3398-0.501-0.11570.1953-0.0719-0.10910.14760.00170.130271.31522.76111.782
87.0701-3.7153-2.520713.81228.25165.1095-0.16490.3037-0.9946-0.62360.11090.0879-0.03390.080.0540.8409-0.0278-0.10730.1757-0.2350.507973.5664.6587.281
94.2333-0.5187-0.1225.0077-0.73572.59440.08560.5025-0.7086-0.62390.05780.94980.5618-0.3645-0.14330.3308-0.1269-0.20530.1948-0.05470.315266.68919.4197.632
109.2426-4.6096.296811.34384.420811.22350.5030.5869-1.2622-0.7155-0.17411.0812-0.28790.3127-0.32890.2792-0.0425-0.2320.3573-0.04480.281960.50523.134-1.87
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6799 - 6827
2X-RAY DIFFRACTION2A6828 - 6926
3X-RAY DIFFRACTION3A6927 - 7042
4X-RAY DIFFRACTION4A7043 - 7061
5X-RAY DIFFRACTION5A7062 - 7096
6X-RAY DIFFRACTION6B4276 - 4289
7X-RAY DIFFRACTION7B4290 - 4332
8X-RAY DIFFRACTION8B4333 - 4344
9X-RAY DIFFRACTION9B4345 - 4375
10X-RAY DIFFRACTION10B4376 - 4385

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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