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- PDB-8f47: Crystal structure of VACV D13 in complex with STK69439 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f47
タイトルCrystal structure of VACV D13 in complex with STK69439
要素Scaffold protein D13
キーワードVIRAL PROTEIN / poxvirus / assembly / scaffolding protein / Fragment-based drug design / immature virion
機能・相同性Poxvirus rifampicin-resistance / Poxvirus rifampicin resistance protein / response to antibiotic / identical protein binding / membrane / FORMIC ACID / 6,8-dimethoxy-2-methylquinolin-4-amine / Scaffold protein OPG125
機能・相同性情報
生物種Vaccinia virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Subedi, B.P. / Garriga, D. / Coulibaly, F.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1051907 オーストラリア
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of scaffolidng protein D13 of Vaccinia Virus in complex with fragments inhibiting A17 binding.
著者: Subedi, B.P. / Garriga, D. / Coulibaly, F.
#1: ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018
タイトル: Structural basis for the inhibition of poxvirus assembly by the antibiotic rifampicin.
著者: Garriga, D. / Headey, S. / Accurso, C. / Gunzburg, M. / Scanlon, M. / Coulibaly, F.
履歴
登録2022年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Scaffold protein D13
B: Scaffold protein D13
C: Scaffold protein D13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,52129
ポリマ－195,1533
非ポリマー1,36926
水4,972276
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)190.522, 190.522, 257.948
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 4 or (resid 5 and (name...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 4 or (resid 5 and (name...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 4 through 9 or resid 16...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1THRGLYA5 - 73
d_12ens_1PHEILEA75 - 183
d_13ens_1ASPGLUA185 - 308
d_14ens_1GLYASNA310 - 506
d_15ens_1PROMETA508 - 538
d_16ens_1FMTFMTC
d_17ens_1FMTFMTD
d_18ens_1FMTFMTE
d_19ens_1FMTFMTF
d_21ens_1THRLEUG5 - 10
d_22ens_1ILEASNG13 - 42
d_23ens_1ASNGLYG45 - 77
d_24ens_1PHEILEG79 - 187
d_25ens_1ASPGLUG189 - 312
d_26ens_1GLYASNG314 - 510
d_27ens_1PROMETG512 - 542
d_28ens_1FMTFMTH
d_29ens_1FMTFMTI
d_210ens_1FMTFMTJ
d_211ens_1FMTFMTK
d_31ens_1THRLEUL1 - 6
d_32ens_1ILEGLYL8 - 70
d_33ens_1PHEILEL72 - 180
d_34ens_1ASPGLUL182 - 305
d_35ens_1GLYASNL307 - 503
d_36ens_1PROMETL505 - 535
d_37ens_1FMTFMTO
d_38ens_1FMTFMTP
d_39ens_1FMTFMTQ
d_310ens_1FMTFMTR

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.245511858376, -0.747643372423, -0.617052116979), (0.832974114858, -0.488301767857, 0.260222034969), (-0.495860919384, -0.450100845566, 0.742651450849)219.449722054, 65.7890516665, 103.509110556
2given(-0.255921329971, 0.826910115661, -0.50072341016), (-0.7355516593, -0.502672138672, -0.454185510011), (-0.627270300083, 0.252072175418, 0.736879629935)52.5661482557, 242.747776064, 43.6128582487

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要素

#1: タンパク質 Scaffold protein D13 / 62 kDa protein / Rifampicin resistance protein


分子量: 65050.840 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vaccinia virus (ウイルス) / 遺伝子: VACWR118, D13L
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P68440
#2: 化合物...
ChemComp-FMT / FORMIC ACID


分子量: 46.025 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 化合物 ChemComp-XDF / 6,8-dimethoxy-2-methylquinolin-4-amine


分子量: 218.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H14N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 / 詳細: 1.7 - 2.2 M sodium formate and 0.1 M citric acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→47.63 Å / Num. obs: 50722 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 22 % / Biso Wilson estimate: 56.8 Å2 / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 3.1→3.2 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 4589 / CC1/2: 0.733 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20rc4_4425精密化
BUSTER精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6BEI

6bei


解像度: 3.1→26.04 Å / SU ML: 0.3983 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.9508
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2319 2537 5.02 %
Rwork0.1677 48008 -
obs0.1709 50545 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→26.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12687 0 91 276 13054
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.010413101
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.134217808
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06792068
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00922279
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.12921783
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.77277435148
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.639354499
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.160.35041430.26642615X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.220.32851280.24822636X-RAY DIFFRACTION100
3.22-3.290.31251220.23452651X-RAY DIFFRACTION100
3.29-3.370.2991370.21082625X-RAY DIFFRACTION100
3.37-3.450.26781560.19452594X-RAY DIFFRACTION100
3.45-3.550.26241440.17742628X-RAY DIFFRACTION99.96
3.55-3.650.22261580.17332612X-RAY DIFFRACTION100
3.65-3.770.26231520.16362617X-RAY DIFFRACTION100
3.77-3.90.21751320.15572655X-RAY DIFFRACTION100
3.9-4.060.2181370.14452645X-RAY DIFFRACTION100
4.06-4.240.22031160.13612669X-RAY DIFFRACTION100
4.24-4.470.1681330.11982675X-RAY DIFFRACTION100
4.47-4.740.18231320.12032668X-RAY DIFFRACTION100
4.74-5.110.1681420.12232678X-RAY DIFFRACTION100
5.11-5.620.21381620.13972683X-RAY DIFFRACTION100
5.62-6.420.18161420.15962713X-RAY DIFFRACTION100
6.42-8.050.241430.18762757X-RAY DIFFRACTION100
8.05-26.040.27271580.21822887X-RAY DIFFRACTION99.64

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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