[日本語] English
万見
- PDB-8f43: HNH Nuclease Domain from G. stearothermophilus Cas9, K597A mutant -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f43
タイトルHNH Nuclease Domain from G. stearothermophilus Cas9, K597A mutant
要素CRISPR-associated endonuclease Cas9
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / nuclease domain (ヌクレアーゼ) / CRISPR Cas9 / DNA binding protein (DNA結合タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cas9, alpha-helical lobe domain / Cas9 alpha-helical lobe domain / RuvC endonuclease subdomain 3 / RuvC endonuclease subdomain 3 / CRISPR-associated endonuclease Cas9 / HNH endonuclease / Cas9-type HNH domain / Cas9-type HNH domain profile. / HNH nuclease / Ribonuclease H superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CRISPR-associated endonuclease Cas9
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.37 Å
データ登録者D'Ordine, A.M. / Belato, H.B. / Lisi, G.P. / Jogl, G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM136815 米国
引用
ジャーナル: J.Chem.Phys. / 年: 2022
タイトル: Disruption of electrostatic contacts in the HNH nuclease from a thermophilic Cas9 rewires allosteric motions and enhances high-temperature DNA cleavage.
著者: Belato, H.B. / Norbrun, C. / Luo, J. / Pindi, C. / Sinha, S. / D'Ordine, A.M. / Jogl, G. / Palermo, G. / Lisi, G.P.
履歴
登録2022年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated endonuclease Cas9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0211
ポリマ－13,0211
非ポリマー00
水2,036113
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.415, 85.751, 26.921
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-249-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 CRISPR-associated endonuclease Cas9


分子量: 13020.691 Da / 分子数: 1 / 断片: Nuclease Domain / 変異: K597A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus)
遺伝子: cas9, GS458_0313 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A250DVH8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M calcium chloride hexahydrate, 0.1M HEPES pH 7.0, 20% polyethylene glycol 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.920105 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.920105 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.37→28.58 Å / Num. obs: 22933 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 11.83 Å2 / CC1/2: 0.988 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 1.37→1.39 Å / Num. unique obs: 1146 / CC1/2: 0.878

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7MPZ

7mpz


解像度: 1.37→26.92 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1841 --
Rwork0.1678 --
obs-22847 99.83 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.37→26.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数910 0 0 113 1023
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00541008
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91331371
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0694141
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0086184
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.8781143
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.37-1.430.22391500.1982648X-RAY DIFFRACTION99.68
1.43-1.510.22221400.18392666X-RAY DIFFRACTION99.72
1.51-1.60.19191350.16752667X-RAY DIFFRACTION99.72
1.6-1.730.20541460.172661X-RAY DIFFRACTION99.86
1.73-1.90.17281310.16762713X-RAY DIFFRACTION99.79
1.9-2.170.19051510.15682685X-RAY DIFFRACTION99.96
2.17-2.740.16761500.16852758X-RAY DIFFRACTION99.97
2.74-26.920.17721430.16562903X-RAY DIFFRACTION99.9
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.6869403231 Å / Origin y: 13.3420374967 Å / Origin z: 4.73755081448 Å
111213212223313233
T0.0785011288471 Å20.002611631407 Å20.000133592611717 Å2-0.0840851441289 Å2-0.00152536311941 Å2--0.0819499762823 Å2
L0.294407186802 °2-0.150860704611 °2-0.113167273069 °2-0.630249503474 °2-0.125466475257 °2--0.481001649538 °2
S-0.00664975076531 Å °-0.00421533638081 Å °-0.0384650140151 Å °-0.00500768722057 Å °-0.0161270170459 Å °-0.00148859037773 Å °0.00907258471569 Å °-0.0260110201911 Å °-0.00266842251713 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る