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- PDB-8f3k: Anti-CRISPR protein AcrIIC5 inhibits CRISPR-Cas9 by acting as a D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f3k
タイトルAnti-CRISPR protein AcrIIC5 inhibits CRISPR-Cas9 by acting as a DNA mimic
要素ACRIIC5Nch
キーワードPROTEIN BINDING / Anti-CRISPR / CRISPR-Cas / Cas9 / inhibition
機能・相同性AMMONIUM ION / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Neisseria chenwenguii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Shah, M. / Sungwon, H. / Davidson, A.R. / Maxwell, K.L. / Moraes, T.F.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2018-06546 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-180500 カナダ
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2023
タイトル: Anti-CRISPR Protein AcrIIC5 Inhibits CRISPR-Cas9 by Occupying the Target DNA Binding Pocket.
著者: Hwang, S. / Shah, M. / Garcia, B. / Hashem, N. / Davidson, A.R. / Moraes, T.F. / Maxwell, K.L.
履歴
登録2022年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACRIIC5Nch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,00316
ポリマ－14,5551
非ポリマー44915
水1,06359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.622, 46.105, 69.974
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ACRIIC5Nch


分子量: 14554.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The dataset used is selenium labelled hence Met 87 is labelled as MSE
由来: (組換発現) Neisseria chenwenguii (バクテリア)
遺伝子: BG910_04735 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A220S190
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M Tris pH 8.5 and 2.0M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→38.5 Å / Num. obs: 14852 / % possible obs: 96.77 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 2.1→38.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.0817 / Num. unique obs: 8432 / % possible all: 96.77

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1-4487精密化
PHENIX1.20.1-4487位相決定
Cootモデル構築
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→38.5 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2544 1492 10.05 %
Rwork0.2045 --
obs0.2097 14852 95.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→38.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数956 0 27 59 1042
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008933
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7911336
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.747133
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047131
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008171
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.170.33011430.27981241X-RAY DIFFRACTION99
2.17-2.250.3222960.33551045X-RAY DIFFRACTION80
2.25-2.340.37961340.31131066X-RAY DIFFRACTION85
2.34-2.440.26941380.2441235X-RAY DIFFRACTION99
2.44-2.570.3161530.23811253X-RAY DIFFRACTION99
2.57-2.730.28991370.22661264X-RAY DIFFRACTION98
2.73-2.940.28751250.21651236X-RAY DIFFRACTION96
2.94-3.240.27631430.21171269X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.70.23011370.17621240X-RAY DIFFRACTION98
3.71-4.670.17251440.14551267X-RAY DIFFRACTION99
4.67-38.50.22111420.17561244X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -6.5386 Å / Origin y: 13.1397 Å / Origin z: -9.1798 Å
111213212223313233
T0.1658 Å20.029 Å20.0033 Å2-0.1471 Å2-0.011 Å2--0.1208 Å2
L3.5973 °21.9881 °2-0.8482 °2-3.9778 °2-0.8327 °2--1.9564 °2
S0.0037 Å °-0.0831 Å °0.0073 Å °0.2319 Å °-0.0182 Å °0.1182 Å °-0.0287 Å °-0.151 Å °0.0254 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain A and resid 11:124)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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