PDB-8f3b: HIV-1 gp41 coiled-coil pocket IQN22

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8f3b

タイトル

HIV-1 gp41 coiled-coil pocket IQN22

要素

IQN22

キーワード

VIRAL PROTEIN / HIV-1 / gp41 / coiled-coil / pocket

生物種

HIV-1 M:B_HXB2R (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Bruun, T.U.J. / Tang, S. / Fernandez, D. / Kim, P.S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structure-guided stabilization improves the ability of the HIV-1 gp41 hydrophobic pocket to elicit neutralizing antibodies.
著者: Bruun, T.U.J. / Tang, S. / Erwin, G. / Deis, L. / Fernandez, D. / Kim, P.S.

履歴

登録	2022年11月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8f3b.cif.gz	79.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8f3b.ent.gz	58.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8f3b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8f3b_validation.pdf.gz	420.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8f3b_full_validation.pdf.gz	421.8 KB	表示
XML形式データ	8f3b_validation.xml.gz	8.2 KB	表示
CIF形式データ	8f3b_validation.cif.gz	10.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/8f3b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/8f3b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8f3aSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: IQN22

B: IQN22

C: IQN22

18.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry

単位格子

Length a, b, c (Å)	27.359, 38.217, 151.604
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	IQN22 分子量: 6102.262 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) HIV-1 M:B_HXB2R (ヒト免疫不全ウイルス)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.25 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M di-ammonium phosphate and 40 % MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年2月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→37.05 Å / Num. obs: 11287 / % possible obs: 90.77 % / 冗長度: 20 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 26.4
反射シェル	解像度: 1.98→2.05 Å / R_merge(I) obs: 0.064 / Num. unique obs: 1108 / CC_1/2: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.1-4122	精密化
XDS		データスケーリング
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8F3A

8f3a

解像度: 2→30.48 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.86 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2659	581	5.16 %
R_work	0.232	-	-
obs	0.2339	11255	98.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→30.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1241	0	0	69	1310

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1252
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.828	1670
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.049	516
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	195
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	211

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.2	0.3559	146	0.2534	2573	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2-2.52	0.297	144	0.2354	2629	X-RAY DIFFRACTION	98
2.52-3.17	0.2662	141	0.2524	2655	X-RAY DIFFRACTION	99
3.17-30.48	0.246	150	0.2198	2817	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 7.2213 Å / Origin y: 0.6165 Å / Origin z: 21.5992 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1324 Å²	0.0134 Å²	-0.0133 Å²	-	0.2251 Å²	-0.0103 Å²	-	-	0.2579 Å²
L	1.3191 °²	-0.0665 °²	-1.1216 °²	-	1.1712 °²	1.0665 °²	-	-	7.1264 °²
S	0.0673 Å °	0.1251 Å °	-0.0678 Å °	0.0519 Å °	-0.0786 Å °	0.0058 Å °	0.0003 Å °	-0.0615 Å °	-0.0089 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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