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- PDB-8f2y: Structure of an alternating AT dodecamer: 5'-CGCGATATCGCG-3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f2y
タイトルStructure of an alternating AT dodecamer: 5'-CGCGATATCGCG-3
要素DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
キーワードDNA / AT sequence / Minor groove
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Ogbonna, E.N. / Wilson, W.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM111749 米国
引用
ジャーナル: Acs Bio Med Chem Au / 年: 2023
タイトル: X-ray Structure Characterization of the Selective Recognition of AT Base Pair Sequences.
著者: Ogbonna, E.N. / Paul, A. / Farahat, A.A. / Terrell, J.R. / Mineva, E. / Ogbonna, V. / Boykin, D.W. / Wilson, W.D.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1989
タイトル: Molecular structure of the netropsin-d(CGCGATATCGCG) complex: DNA conformation in an alternating AT segment.
著者: Coll, M. / Aymami, J. / van der Marel, G.A. / van Boom, J.H. / Rich, A. / Wang, A.H.
履歴
登録2022年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月30日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3513
ポリマ－7,3272
非ポリマー241
水1,71195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)25.486, 40.362, 66.692
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "B" and ((resid 1 and (name O5" or name...
d_2ens_1(chain "C" and ((resid 13 and (name O5" or name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-ID
d_11ens_1DCDGA
d_21ens_1DCDGB

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.710580337659, -0.702920432949, -0.0312801642587), (-0.703505296372, -0.710554893073, -0.0138579185359), (-0.0124852596732, 0.0318529256598, -0.999414583353) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.710580337659, -0.702920432949, -0.0312801642587), (-0.703505296372, -0.710554893073, -0.0138579185359), (-0.0124852596732, 0.0318529256598, -0.999414583353)
ベクター: 19.0185089322, 46.3698235671, 17.9877886471)

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量: 3663.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: Native alternating AT DNA dodecamer (5'-CGCGATATCGCG-3').
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: MPD, SODIUM CACODYLATE TRIHYDRATE, SPERMINE TETRACHLORIDE, SODIUM CHLROIDE, MAGNESIUM HEXAHYDRATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→25.71 Å / Num. obs: 7017 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 21.95 Å2 / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.999 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 1.78→1.84 Å / Rmerge(I) obs: 0.1557 / Num. unique obs: 692 / CC1/2: 0.955 / Rpim(I) all: 0.1557 / Rrim(I) all: 0.2202

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
autoPROC1.19.2_4158data processing
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BNA

1bna


解像度: 1.78→25.71 Å / SU ML: 0.2132 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.3698
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2247 700 9.99 %
Rwork0.2086 6304 -
obs0.2104 7004 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→25.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 486 1 95 582
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0116544
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4004836
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.070494
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.015424
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d30.5431232
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 2.05791582552 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.78-1.920.33351380.25831239X-RAY DIFFRACTION99.78
1.92-2.110.27731360.24191230X-RAY DIFFRACTION99.78
2.11-2.420.29141370.2361238X-RAY DIFFRACTION100
2.42-3.040.23171410.23551266X-RAY DIFFRACTION99.93
3.04-25.710.17771480.17391331X-RAY DIFFRACTION98.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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