PDB-8f0v: Lipocalin-like Milk protein-2 - E38A mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8f0v

タイトル

Lipocalin-like Milk protein-2 - E38A mutant

要素

Milk protein

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / Lipocalin / Mutation / cockroach milk / Lili Mip.

機能・相同性

Calycin / metal ion binding / Milk protein

機能・相同性情報

生物種

Diploptera punctata (ゴキブリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.951 Å

データ登録者

Subramanian, R. / KanagaVijayan, D.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2023
タイトル: Variability in phenylalanine side chain conformations facilitates broad substrate tolerance of fatty acid binding in cockroach milk proteins.
著者: Santhakumari, P.R. / Dhanabalan, K. / Virani, S. / Hopf-Jannasch, A.S. / Benoit, J.B. / Chopra, G. / Subramanian, R.

履歴

登録	2022年11月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8f0v.cif.gz	78.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8f0v.ent.gz	56.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8f0v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/8f0v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/8f0v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8f0yC 7bkxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Milk protein

ヘテロ分子

18.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.771, 52.337, 136.348
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-206- ZN

#1: タンパク質

Milk protein

分子量: 17958.211 Da / 分子数: 1 / 変異: E38A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Diploptera punctata (ゴキブリ) / 発現宿主:

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q6SVB5

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-ZN / ZINC ION

分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 69 % / 解説: diamond shaped crystals
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0 (0.002 M Zinc sulfate heptahydrate; 0.08 M HEPES pH 7.0; 25 % v/v Jeffamine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.07 Å
検出器	タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2022年5月7日 / 詳細: double crystal
放射	モノクロメーター: Rosenbaum-Rock monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.07 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→38.18 Å / Num. obs: 6461 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 76 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.129 / R_pim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 11.5
反射シェル	解像度: 2.95→3.13 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 2 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1021 / CC_1/2: 0.58 / R_pim(I) all: 0.83 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7BKX

7bkx

解像度: 2.951→38.18 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / SU B: 22.75 / SU ML: 0.376 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.806 / ESU R Free: 0.404 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2936	323	5.023 %
R_work	0.2345	6107	-
all	0.237	-	-
obs	-	6430	99.798 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 98.323 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.649 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.7 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-7.349 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.951→38.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1235	0	45	2	1282

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	1329
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.016	1107
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.361	1.688	1816
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.432	1.566	2584
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.458	5	154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	16.293	5	5
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.414	10	180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.73	10	62
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.054	0.2	201
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1493
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	270
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	290
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.207	0.2	1169
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.19	0.2	639
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	692
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.001	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.122	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.093	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.033	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.836	10.196	619
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.835	10.197	619
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	12.306	15.255	772
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	12.298	15.254	773
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.747	11.045	710
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.742	11.051	711
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	11.967	16.321	1044
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	11.962	16.325	1045
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	17.344	129.267	1460
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	17.345	129.303	1461

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.951-3.027	0.418	25	0.402	444	X-RAY DIFFRACTION	99.7872
3.027-3.109	0.531	21	0.392	430	X-RAY DIFFRACTION	100
3.109-3.199	0.251	17	0.379	409	X-RAY DIFFRACTION	100
3.199-3.296	0.433	30	0.331	413	X-RAY DIFFRACTION	100
3.296-3.404	0.289	19	0.316	372	X-RAY DIFFRACTION	100
3.404-3.522	0.338	17	0.271	394	X-RAY DIFFRACTION	100
3.522-3.654	0.205	23	0.242	367	X-RAY DIFFRACTION	100
3.654-3.802	0.247	27	0.243	334	X-RAY DIFFRACTION	100
3.802-3.969	0.311	20	0.209	354	X-RAY DIFFRACTION	100
3.969-4.16	0.473	13	0.183	323	X-RAY DIFFRACTION	99.7033
4.16-4.383	0.275	15	0.201	329	X-RAY DIFFRACTION	100
4.383-4.645	0.285	12	0.191	292	X-RAY DIFFRACTION	100
4.645-4.96	0.201	17	0.162	283	X-RAY DIFFRACTION	100
4.96-5.35	0.254	13	0.163	263	X-RAY DIFFRACTION	100
5.35-5.849	0.297	10	0.211	258	X-RAY DIFFRACTION	100
5.849-6.52	0.202	14	0.234	226	X-RAY DIFFRACTION	100
6.52-7.493	0.289	11	0.251	195	X-RAY DIFFRACTION	99.5169
7.493-9.09	0.366	8	0.2	176	X-RAY DIFFRACTION	100
9.09-12.506	0.28	7	0.221	148	X-RAY DIFFRACTION	99.359
12.506-38.18	0.333	4	0.31	97	X-RAY DIFFRACTION	95.283

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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