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- PDB-8f09: Crystal structure of a trimethoprim-resistant dihydrofolate reduc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f09
タイトルCrystal structure of a trimethoprim-resistant dihydrofolate reductase (DHFR) enzyme from an uncultured soil bacterium
要素Dihydrofolate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / STRUCTURAL GENOMICS / Center for Structural Biology of Infectious Diseases / CSBID / ANTIMICROBIAL RESISTANCE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / TRIMETHOPRIM / DHFR / DIHYDROFOLATE REDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


glycine biosynthetic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / NADP binding
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Evdokimova, D. / Borek, D. / Di Leo, R. / Semper, C. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a trimethoprim-resistant dihydrofolate reductase (DHFR) enzyme from an uncultured soil bacterium
著者: Stogios, P.J.
履歴
登録2022年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月25日Group: Other / Structure summary
カテゴリ: audit_author / pdbx_SG_project / struct_keywords
Item: _audit_author.name / _pdbx_SG_project.full_name_of_center ..._audit_author.name / _pdbx_SG_project.full_name_of_center / _pdbx_SG_project.initial_of_center / _struct_keywords.text
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrofolate reductase
B: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9327
ポリマ－38,4522
非ポリマー4805
水1,29772
1
A: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5144
ポリマ－19,2261
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4183
ポリマ－19,2261
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.073, 41.987, 70.380
Angle α, β, γ (deg.)82.000, 90.000, 72.100
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質 Dihydrofolate reductase / DHFR


分子量: 19225.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: A0A8A1VA22, dihydrofolate reductase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.87 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 8, cryoprotectant ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2022年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→50 Å / Num. obs: 13510 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 41.13 Å2 / CC1/2: 0.974 / Rmerge(I) obs: 0.228 / Rpim(I) all: 0.162 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.44→2.48 Å / Rmerge(I) obs: 0.924 / Mean I/σ(I) obs: 1.65 / Num. unique obs: 651 / CC1/2: 0.398 / Rpim(I) all: 0.635 / % possible all: 90.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
BALBES位相決定
Cootモデル構築
PHENIXモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3JWK

3jwk


解像度: 2.45→34.29 Å / SU ML: 0.4844 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 42.1455
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3493 507 4.77 %RANDOM
Rwork0.2889 10131 --
obs0.2918 10638 74.14 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→34.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2710 0 25 72 2807
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00232796
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.61063788
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0482406
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0038488
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.62031026
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45-2.690.4418810.31161369X-RAY DIFFRACTION40.59
2.69-3.080.37991200.31792361X-RAY DIFFRACTION68.55
3.08-3.880.37211490.28743206X-RAY DIFFRACTION93.85
3.88-34.290.31911570.27913195X-RAY DIFFRACTION93.63
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.448914555037-0.5379135142770.2589452939081.55177870213-1.600026111782.72835845114-0.171711729999-0.05791507513880.2221995994240.694019505186-0.093563121079-0.0712800210162-0.349346902096-0.2716095997770.1173004203020.0210041192188-0.0717759095157-0.009770040180170.199633543122-0.1706599876210.322651775176-4.07595455297-6.43714311251-11.951605944
25.712288258540.786856876076-2.03063267526.293998822731.59206130885.223573975190.4907157706010.09135103857850.943036282564-0.182484251533-0.0466166344459-0.616294744121-0.3537292636290.15607363322-0.4288737279580.174077696872-0.0886900898786-0.06650310568860.5701097128940.008156694877940.3675705956565.77563460633-0.496191869135-16.3429040093
31.65398323745-0.667762434487-1.639329017033.982606318082.715713578262.768626886-0.0177734359994-0.1789166176510.3235294666650.462794954170.334191992818-0.4920333606050.570459280611.021456031440.1933481544630.1038761453140.0606313569506-0.1726010370210.574755006701-0.003600642203030.29061096519510.574699338-1.28003964681-12.431938204
44.638835792681.290095032534.075497089791.93602490002-0.9673966449196.38496960591-0.0734027436578-0.751103047870.83495979737-0.239478009893-0.6899068492690.0550715108551-0.5024997916020.919315467370.09517587178150.370740470458-0.0397823765007-0.07026599801160.79869883662-0.1323078479890.225631004419.6923040734111.1368661344-19.1984752905
55.28613355586-0.495342653538-0.7689903135677.66142958933-0.8153246796824.26551804112-0.000235211900579-0.08123928383380.639826882945-0.2473424652910.0281430169656-0.6829661551230.03131992305840.2182667447830.01630545980910.1872995405010.0080769139884-0.009064334755120.591610410854-0.04643700951810.1925581732496.13067224109-1.77217727572-26.5664533651
62.04106227855-1.98153925316-2.549805124223.473207156632.156736401423.452492699980.275391719351-0.01931484467180.127617909973-0.557271003202-0.031525114011-0.472830272701-0.316767070467-0.72119755487-0.2565112003860.105245004668-0.1348971399350.009993114597960.529584781086-0.2124099496540.31929033794-9.45303394112-3.52843627267-17.6243840739
70.8506229747620.0789228300875-1.623359925892.499550305231.26748692733.96671840365-0.08527890508370.368655878184-0.272306961068-0.05897650662050.480411940890.008720601524380.478137430599-0.571621022837-0.2482149320020.098242748822-0.01552110775430.07298911214750.4436175074180.08868453897320.342603160888-10.5877383765-13.713370086-14.8993990126
80.6030896768970.373731197339-0.2280854108621.10682856626-0.4954292838112.265814725650.0552122055401-0.2577830200830.1275763668540.315073576645-0.0512765757330.1318067550620.9649345091220.1347249086450.09043155975430.238467447128-0.02289105999970.2751885840230.606255074122-0.04442390691590.08342385318176.678839861695.0301803401621.335022684
91.627756962851.899893238380.2287611008522.88722136287-0.7932904656641.814761717770.333817503493-0.1210885380540.302241440440.526718215953-0.8995761227570.649181508139-0.370036718656-0.0721466547357-0.01072329978820.313033290480.1604431241340.02957227559780.320983152648-0.119873001340.274625204992-6.619415640454.7785773198421.1378072313
106.10895292976-0.6991715353340.8539601999813.808509186441.909759251091.235405928450.0238289095826-0.277983827473-0.816669722636-0.03982937458670.0785267990910.1094631739230.2945481011890.215148181218-0.1001682673360.208071893160.03078618429830.01918420452730.5777748106830.05204583272230.12457954661-7.33707554374-4.2710914401112.573399657
112.193409979490.4774663206490.505909292821.45285185159-0.8840551827644.93909705760.266470842650.3272009013830.391408027424-0.141683304444-0.08334394813070.08088545281530.1516354507841.15961083206-0.1359463058510.1809677906670.0865678333818-0.004316970700140.455914008766-0.02462909737140.23742401539610.87798458516.3792569108114.6495624641
120.957809258290.08517850168160.1718291020581.82391577707-0.2802948646352.313205538290.09765906629050.0630553809267-0.3910261376830.18993772172-0.166824751909-0.02520233803140.3540192465410.314302570682-0.1280184953430.2876383510810.0239727621717-0.1434350359460.1188788052120.1302668565160.3640860983078.7508281772315.465355672421.7169145295
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 0 through 35 )AA0 - 351 - 36
22chain 'A' and (resid 36 through 49 )AA36 - 4937 - 50
33chain 'A' and (resid 50 through 66 )AA50 - 6651 - 67
44chain 'A' and (resid 67 through 77 )AA67 - 7768 - 78
55chain 'A' and (resid 78 through 103 )AA78 - 10379 - 104
66chain 'A' and (resid 104 through 132 )AA104 - 132105 - 133
77chain 'A' and (resid 133 through 166 )AA133 - 166134 - 167
88chain 'B' and (resid 0 through 25 )BB0 - 251 - 26
99chain 'B' and (resid 26 through 66 )BB26 - 6627 - 67
1010chain 'B' and (resid 67 through 103 )BB67 - 10368 - 104
1111chain 'B' and (resid 104 through 148 )BB104 - 148105 - 149
1212chain 'B' and (resid 149 through 166 )BB149 - 166150 - 167

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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