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- PDB-8ezm: Pfs25 in complex with transmission-reducing antibody AS01-63 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ezm
タイトルPfs25 in complex with transmission-reducing antibody AS01-63
要素
  • 25 kDa ookinete surface antigen
  • Transmission-reducing antibody AS01-63, Single-chain Fv
キーワードIMMUNE SYSTEM / Pfs25 / transmission-blocking vaccine
機能・相同性
機能・相同性情報


side of membrane / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ookinete surface antigen, EGF domain / Pvs28 EGF domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
25 kDa ookinete surface antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Shukla, N. / Tang, W.K. / Tolia, N.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1ZIAAI001236 米国
引用ジャーナル: Npj Vaccines / 年: 2023
タイトル: A human antibody epitope map of the malaria vaccine antigen Pfs25.
著者: Shukla, N. / Tang, W.K. / Coelho, C.H. / Long, C.A. / Healy, S.A. / Sagara, I. / Miura, K. / Duffy, P.E. / Tolia, N.H.
履歴
登録2022年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 25 kDa ookinete surface antigen
H: Transmission-reducing antibody AS01-63, Single-chain Fv
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5425
ポリマ－48,1292
非ポリマー4133
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.890, 84.710, 65.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.570, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 25 kDa ookinete surface antigen / Pfs25


分子量: 20033.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: isolate NF54 / プラスミド: pHLSec / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P13829
#2: 抗体 Transmission-reducing antibody AS01-63, Single-chain Fv


分子量: 28096.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pHLSec / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.07 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 / 詳細: 2.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate pH 5.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→44.5 Å / Num. obs: 30366 / % possible obs: 93.21 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 59.38 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.02691 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.1→2.175 Å / 冗長度: 3.5 % / Num. unique obs: 2543 / CC1/2: 0.783 / Rpim(I) all: 0.3575 / % possible all: 77.68

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6PHB

6phb


解像度: 2.1→44.5 Å / SU ML: 0.3123 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 30.2117
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2369 2010 6.62 %
Rwork0.2045 28342 -
obs0.2066 30352 93.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 74.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→44.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3023 0 24 20 3067
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00323097
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54114181
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047465
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0036537
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.64811136
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.150.37531130.33021588X-RAY DIFFRACTION73.07
2.15-2.210.30711440.29421997X-RAY DIFFRACTION91.73
2.21-2.280.35261610.29692037X-RAY DIFFRACTION95.36
2.28-2.350.38071310.29162099X-RAY DIFFRACTION96.5
2.35-2.430.33771500.28062068X-RAY DIFFRACTION95.98
2.43-2.530.30731450.25842090X-RAY DIFFRACTION96.67
2.53-2.650.2751380.24562078X-RAY DIFFRACTION95.39
2.65-2.790.29151400.2691922X-RAY DIFFRACTION88.84
2.79-2.960.3291470.2952073X-RAY DIFFRACTION96.56
2.96-3.190.31731520.24792100X-RAY DIFFRACTION96.12
3.19-3.510.24061450.21972070X-RAY DIFFRACTION95.56
3.51-4.020.1961430.18611975X-RAY DIFFRACTION91.49
4.02-5.060.16831470.15032122X-RAY DIFFRACTION96.47
5.06-44.50.22251540.18132123X-RAY DIFFRACTION95.51
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.22960043563.95158295697-0.9592649489516.81459863262-3.088901945775.297050096010.202451072371-0.0521011500027-0.837190420083-0.4227856824570.311333163352-0.03646209406580.755031061654-0.218740962518-0.3378860985120.7856961508770.053411889392-0.1575662630330.677137303840.05706261821610.666824818633-36.2988891558-1.9091688917814.8469873847
29.64095124392-2.73045268725-3.851590179962.156822675490.7254092226022.127174516040.5082661911960.0407906559398-0.578813065177-0.480117367872-0.1968925900610.4290079656580.446223463809-1.2876474329-0.6457715695440.8250936588160.0163441275703-0.1519751827220.9549116905470.1841986171331.01640632506-39.0475868572-5.3888742886424.4914407427
34.39475497346-2.286421864943.250377854724.77051018245-2.530844726092.64652014780.886856542341-0.86836566123-0.7462300581430.3362269613890.3924645305160.2930394340460.607676128054-1.26263759717-0.947433643940.7798051137040.0122143318408-0.05413406362671.31195938160.07491030808970.961590105809-39.2643251006-8.7204473848740.3952048388
40.715386218965-0.4972604514481.301541054451.6713191956-3.460916401148.200113268410.3286323992420.1233544679060.159076754127-0.3613498389120.08633823257890.3558972816550.391129039720.0509403199438-0.1975320849760.5811041241920.0263899306576-0.03698791356370.7857060529820.1287366189410.615343984088-27.9189167373-5.3311452981835.4644925497
59.3996050638-2.429717322471.470432504414.59227377019-0.3858184456921.347708601470.0257944579317-0.367098903090.3493800597130.1133890189240.139324987749-0.587878036015-0.00499485395857-0.204914934235-0.1100886980160.5922170362540.06314770992950.001939337789230.60437426153-0.009810226904930.600513128879-21.52381738838.8265906360216.2160579335
62.708972483072.932925376991.385375558069.279723310930.9642367505821.10173152711-0.6198648669230.6315684702640.422485928719-1.229598577470.8285052178440.3752450040890.378325315236-0.473660452631-0.1075942174140.9655270461150.105892182584-0.05464723364750.7681764433820.106023541220.697768734557-33.80359114199.59681235585.86126970566
72.02643951068-1.939506811220.9816076303795.85392380601-0.3569990016861.659123348940.253425408880.300489345666-1.23870961284-0.0905879023258-0.3502975545041.686217331530.552934698555-0.576673963391-0.131471100340.8728779495870.0111122063369-0.1832537784530.93276885442-0.1337749308391.08969489824-47.83575386835.63015324059.84631286966
84.651975442161.861106313525.484492295582.192201761553.281220447836.11604277553-0.1640603980570.6514946484230.555801058899-0.1525541976690.1331996073190.147054519782-0.5948334179010.5827099417080.03112124808360.732433271794-0.1224127841820.06403671069780.8054177307220.2446511065950.6574279443-7.795514063395.0057385508943.0820526693
93.862164289130.9804642302331.482784397693.743571109540.1516861132922.67696817603-0.03426239305630.4680552816080.448193414588-0.00306333372724-0.1387977629610.0352173101695-0.3063293126010.2886321759770.1962971002480.49043040409-0.05130576546510.03406518408470.5232396512430.148832229860.521442612762-12.35447372.0130179173849.3505937858
103.519264704942.307431362331.020139287635.98287668346-1.538736881721.379481641430.2795520119150.2076852761250.01032390689970.016284281781-0.2507542984130.0052565227012-0.03416646970830.457105024046-0.09730269603210.5180135829960.07548469730840.05909154058440.592950204406-0.08390511975630.302671243271-2.05665095082-11.358097078157.5639799161
114.695415366360.129251180206-0.2332642838463.68752090923-1.304927298363.334922905390.07897439127990.1592396710330.124999760672-0.0442404736048-0.0535426301528-0.2044389279440.05219162482360.0235187868506-0.0185106426210.4066189248740.00465687451171-0.01834579023010.465801169002-0.001211870714810.345985606281-10.4956163434-16.440284107452.8487644726
125.3913864392-1.05442706298-0.2646982076375.307654897670.09945353872911.709270850630.07115632515480.869013339352-0.293881543169-0.391229373775-0.0191622473375-0.1302696949490.1291801324220.328091459967-0.06666796182030.5042001893590.00609234291722-0.03790955221920.637787240502-0.03385249253940.356539781774-8.29882946889-21.467052182149.4574055336
138.13423096995-6.83394735449-2.866430876655.457111029672.537428523093.03878569538-0.0182255438828-0.5755675947520.8072055898850.2796208661670.213907085461-0.305521418176-0.0601300434080.0308401972614-0.04309257576540.483880423918-0.05603458317060.02967243061960.5303535138130.03584229056910.570418453702-9.59855788722-11.279238975156.1562732714
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 24 )AA1 - 241 - 24
22chain 'A' and (resid 25 through 37 )AA25 - 3725 - 37
33chain 'A' and (resid 38 through 47 )AA38 - 4738 - 47
44chain 'A' and (resid 48 through 88 )AA48 - 8848 - 88
55chain 'A' and (resid 89 through 128 )AA89 - 12889 - 128
66chain 'A' and (resid 129 through 138 )AA129 - 138129 - 138
77chain 'A' and (resid 139 through 162 )AA139 - 162139 - 162
88chain 'H' and (resid 1 through 33 )HB1 - 331 - 33
99chain 'H' and (resid 34 through 112 )HB34 - 11234 - 112
1010chain 'H' and (resid 113 through 156 )HB113 - 156113 - 136
1111chain 'H' and (resid 157 through 190 )HB157 - 190137 - 170
1212chain 'H' and (resid 191 through 236 )HB191 - 236171 - 216
1313chain 'H' and (resid 237 through 256 )HB237 - 256217 - 236

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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