PDB-8ez1: Human Ornithine Aminotransferase (hOAT) co-crystallized with its ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ez1

タイトル

Human Ornithine Aminotransferase (hOAT) co-crystallized with its inactivator 3-Amino-4-fluorocyclopentenecarboxylic Acid

要素

Ornithine aminotransferase, mitochondrial

キーワード

TRANSFERASE / hOAT / OAT / inactivator / 3-Amino-4-fluorocyclopentenecarboxylic Acid / covalent modification

機能・相同性

機能・相同性情報

L-arginine catabolic process to proline via ornithine / ornithine aminotransferase activity / ornithine aminotransferase / L-arginine catabolic process to L-glutamate / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / visual perception / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix / mitochondrion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.91 Å

データ登録者

Butrin, A. / Shen, S. / Silverman, R. / Liu, D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Molecules / 年: 2023
タイトル: Structural and Mechanistic Basis for the Inactivation of Human Ornithine Aminotransferase by (3 S ,4 S )-3-Amino-4-fluorocyclopentenecarboxylic Acid.
著者: Shen, S. / Butrin, A. / Beaupre, B.A. / Ferreira, G.M. / Doubleday, P.F. / Grass, D.H. / Zhu, W. / Kelleher, N.L. / Moran, G.R. / Liu, D. / Silverman, R.B.

履歴

登録	2022年10月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ez1.cif.gz	591.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ez1.ent.gz	403.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ez1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/8ez1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/8ez1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1oatS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ornithine aminotransferase, mitochondrial

B: Ornithine aminotransferase, mitochondrial

C: Ornithine aminotransferase, mitochondrial

ヘテロ分子

136 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Ornithine aminotransferase, mitochondrial

B: Ornithine aminotransferase, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
90.4 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Ornithine aminotransferase, mitochondrial

ヘテロ分子

C: Ornithine aminotransferase, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
90.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	202.170, 110.290, 57.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.720, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-861- HOH
2	1	B-876- HOH
3	1	C-604- HOH
4	1	C-672- HOH
5	1	C-777- HOH
6	1	C-782- HOH

#1: タンパク質	Ornithine aminotransferase, mitochondrial / Ornithine delta-aminotransferase / Ornithine--oxo-acid aminotransferase 分子量: 44860.320 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OAT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04181, ornithine aminotransferase
#2: 化合物	ChemComp-X8B / (3E,4E)-4-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene)-3-iminocyclopent-1-ene-1-carboxylic acid / 3-Amino-4-fluorocyclopentenecarboxylic Acid 分子量: 354.252 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₅N₂O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-X8H / (1R,3S,4Z)-3-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methyl)-4-iminocyclopentane-1-carboxylic acid 分子量: 358.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₄H₁₉N₂O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / 参照: ornithine aminotransferase
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 707 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: The crystals with the best morphology and size grew in a final condition containing 10% PEG 6000, 100 mM NaCl, 10% glycerol, 100 mM Tricine pH 7.8.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.127 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.127 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.91→36.02 Å / Num. obs: 92197 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.2 % / CC_1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 6.1
反射シェル	解像度: 1.91→1.96 Å / Num. unique obs: 6637 / CC_1/2: 0.464

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	モデル構築
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
xia2		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1OAT

1oat

解像度: 1.91→36.02 Å / SU ML: 0.2553 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.1943
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2366	4596	4.99 %
R_work	0.1885	87592	-
obs	0.1909	92188	97.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.91→36.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9458	0	48	707	10213

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0121	9729
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1735	13225
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0697	1463
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0073	1694
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.5843	1344

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.91-1.93	0.3902	161	0.3233	2773	X-RAY DIFFRACTION	94.1
1.93-1.95	0.2977	158	0.2815	2853	X-RAY DIFFRACTION	96.08
1.95-1.98	0.2844	157	0.2661	2913	X-RAY DIFFRACTION	97.58
1.98-2	0.3175	157	0.2494	2866	X-RAY DIFFRACTION	97.23
2-2.03	0.2888	162	0.2404	2911	X-RAY DIFFRACTION	98.43
2.03-2.06	0.2978	156	0.2259	2938	X-RAY DIFFRACTION	98.57
2.06-2.09	0.2588	135	0.2276	2919	X-RAY DIFFRACTION	98.2
2.09-2.12	0.315	141	0.2276	2924	X-RAY DIFFRACTION	97.89
2.12-2.15	0.2957	158	0.2278	2897	X-RAY DIFFRACTION	98.61
2.15-2.19	0.269	152	0.2271	2956	X-RAY DIFFRACTION	98.17
2.19-2.22	0.2703	142	0.2276	2918	X-RAY DIFFRACTION	98.08
2.22-2.26	0.3411	136	0.2259	2947	X-RAY DIFFRACTION	98.25
2.26-2.31	0.2601	152	0.2235	2947	X-RAY DIFFRACTION	98.63
2.31-2.36	0.2816	174	0.2236	2904	X-RAY DIFFRACTION	98.24
2.36-2.41	0.288	144	0.2218	2950	X-RAY DIFFRACTION	98.85
2.41-2.46	0.2827	157	0.2221	2916	X-RAY DIFFRACTION	98.65
2.46-2.52	0.2805	181	0.2225	2905	X-RAY DIFFRACTION	98.44
2.52-2.59	0.2583	178	0.2206	2891	X-RAY DIFFRACTION	97.21
2.59-2.67	0.2948	148	0.2181	2789	X-RAY DIFFRACTION	94.16
2.67-2.75	0.2829	146	0.2134	2944	X-RAY DIFFRACTION	98.6
2.75-2.85	0.2679	152	0.203	2979	X-RAY DIFFRACTION	98.99
2.85-2.97	0.2606	143	0.1899	2949	X-RAY DIFFRACTION	99.13
2.97-3.1	0.2271	145	0.1773	2946	X-RAY DIFFRACTION	98.85
3.1-3.27	0.1976	159	0.1765	2962	X-RAY DIFFRACTION	98.73
3.27-3.47	0.2312	169	0.1651	2929	X-RAY DIFFRACTION	98.63
3.47-3.74	0.2065	151	0.1549	2954	X-RAY DIFFRACTION	98.95
3.74-4.11	0.1626	150	0.1412	2970	X-RAY DIFFRACTION	98.17
4.11-4.71	0.1672	137	0.1375	2921	X-RAY DIFFRACTION	97.3
4.71-5.93	0.2075	152	0.1684	2871	X-RAY DIFFRACTION	94.94
5.93-36.02	0.193	143	0.1671	3050	X-RAY DIFFRACTION	99.07

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3140504479	0.320319351211	1.27223803748	0.595356532275	0.684907719726	2.13932124502	-0.071402428786	0.324681408015	0.0377892771033	-0.103191311065	0.0978471928302	-0.144032066979	-0.0685757599116	0.496543579218	-0.0342123585762	0.21646815731	-0.0227658988259	-0.0142622217379	0.342303974335	0.0146629040773	0.213350977908	51.7611376284	18.9536534495	-13.3948744762
2	1.03848096815	0.325524257066	0.0853542150469	0.473269744627	0.368631742825	0.52870918562	0.0414997834876	-0.158206341302	-0.160553772778	0.0788030409233	0.0187774768517	-0.0442642959702	0.0887933836088	0.063816725482	-0.051057234516	0.279733128405	0.0306008042856	-0.0454186246125	0.36660681159	0.0542390490604	0.231733121755	36.452630359	0.938244769311	1.8600360408
3	0.331709476955	-0.118330947523	0.0355127656815	0.509897006207	0.119781867366	0.718996145816	-0.0314653824323	-0.0170769186126	0.0294602786702	-0.0581423292784	0.00694875249933	0.044937146648	-0.0243139164541	-0.0676702980565	0.0193495370431	0.19904502516	0.000174120535467	-0.0178208293971	0.211550316001	0.00728169999481	0.152854696001	17.6987221057	20.1304975192	-4.44623873546
4	2.38993774469	0.83782643449	0.553491620249	1.03393063263	0.116723206355	0.676750179521	0.0187444529616	-0.17464188633	0.104819913334	0.102075888838	-0.0797493755344	0.0583971054264	-0.119717062577	-0.155182654121	0.0410778014489	0.234830488877	0.0526282463472	-0.0183242494975	0.28641535317	-0.0265009040457	0.161334154412	20.7782102895	22.8420845261	6.83505209271
5	0.721891786694	0.163628847274	-0.154092747781	0.988387696803	0.420457736274	0.699437082262	0.00392319430268	-0.125202494071	-0.0309260491136	0.14220153055	0.0540290358252	-0.0450581187858	0.0908029730052	0.0226713130911	-0.0611697503441	0.277511951104	0.0114411272546	-0.0243084138898	0.327161529073	0.0477751350202	0.179231462965	31.6233358835	8.2042414108	4.85614206392
6	2.40272781132	-0.210452088102	0.435218574943	3.47823097776	-0.604271841034	2.45901995198	0.00876780322008	-0.106767797832	0.477370114592	0.16492338838	-0.0247475201923	-0.0391750687941	-0.236364403131	0.233420855246	0.0185098003789	0.222526700944	-0.0216413963768	-0.0366933001465	0.337863920566	-0.0358600889956	0.281812274331	44.238176898	33.2868209219	5.272633265
7	0.961241203978	0.320051444656	-0.585182753244	1.7390466504	-0.429433038989	1.39911046882	-0.0094169165711	-0.0266052335882	0.112086305522	0.00159300959576	0.0420592934552	-0.0491316689275	-0.215947989039	0.0996669208714	-0.0112267749109	0.270649844593	-0.0680392553356	-0.0419298408729	0.354821075229	-0.00471724570093	0.228498804059	50.2949374593	29.4398688844	-0.928336649186
8	0.762596006048	-0.765255819078	-0.832979814739	3.96071516637	1.34893504189	1.46332807809	-0.0678882840845	-0.393170539067	-0.24211175052	0.389766312745	0.0723855686816	0.192166245068	0.472260254667	0.214030711816	0.0193710468491	0.324657708043	-0.0136486990982	-0.0060384955743	0.336702689756	0.0935482622604	0.271838248317	24.8429749176	-10.2428624254	3.61943909567
9	0.851753392128	0.524781733413	0.0431297921138	1.63301306831	-0.137536197328	0.573100006522	0.11686553819	-0.0367358636985	-0.225760091768	0.0213335992931	0.0442428274197	-0.0443809289876	0.173638929868	-0.0396926933837	-0.143308034371	0.317565186624	0.0635822600675	-0.080655916133	0.293493325608	0.0105301237104	0.259946604373	38.929887273	-12.4109922692	-10.3337546351
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 38 through 82 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 83 through 141 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 142 through 220 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 221 through 263 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 264 through 344 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 345 through 389 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 390 through 439 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 38 through 61 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 62 through 105 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 106 through 141 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 142 through 220 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 221 through 263 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 264 through 326 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 327 through 362 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 363 through 389 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 390 through 439 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 38 through 61 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 62 through 117 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 118 through 220 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 221 through 344 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 345 through 400 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 401 through 439 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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