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- PDB-8eym: CRYSTAL STRUCTURE OF NAGB-II PHOSPHOSUGAR ISOMERASE FROM SHEWANEL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8eym
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF NAGB-II PHOSPHOSUGAR ISOMERASE FROM SHEWANELLA DENITRIFICANS OS217 IN COMPLEX WITH GLUCITOLAMINE-6-PHOSPHATE AND N-ACETYLGLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE AT 2.31 A RESOLUTION
要素GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEAMINASE
キーワードISOMERASE / GLUCOSAMINE-6_PHOSPHATE DEAMINASE ISOMERASE SHEWANELLA DENITRIFICANS
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamine-fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing) / glutamine-fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing) activity / carbohydrate derivative metabolic process / carbohydrate derivative binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GlmS/FrlB, SIS domain 2 / GlmS/AgaS, SIS domain 1 / SIS domain / SIS domain / SIS domain profile. / SIS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-16G / 2-DEOXY-2-AMINO GLUCITOL-6-PHOSPHATE / Glutamine-fructose-6-phosphate transaminase (Isomerizing)
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella denitrificans OS217 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.311 Å
データ登録者Rodriguez-Hernandez, A. / Marcos-Viquez, J. / Rodriguez-Romero, A. / Bustos-Jaimes, I.
資金援助 メキシコ, 1件
組織認可番号国
Consejo Nacional de Ciencia y Tecnologia (CONACYT)315896 メキシコ
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2023
タイトル: Substrate binding in the allosteric site mimics homotropic cooperativity in the SIS-fold glucosamine-6-phosphate deaminases.
著者: Marcos-Viquez, J. / Rodriguez-Hernandez, A. / Alvarez-Anorve, L.I. / Medina-Garcia, A. / Plumbridge, J. / Calcagno, M.L. / Rodriguez-Romero, A. / Bustos-Jaimes, I.
履歴
登録2022年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEAMINASE
B: GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEAMINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,0796
ポリマ－70,9542
非ポリマー1,1254
水3,189177
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7660 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area19550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.181, 80.237, 91.508
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEAMINASE


分子量: 35476.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: No density was observed for the first two residues (MET & THR) and the last 12 residues due to disorder.
由来: (組換発現) Shewanella denitrificans OS217 (バクテリア)
プラスミド: PET24B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 469008 / 参照: UniProt: Q12KP2
#2: 糖 ChemComp-16G / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE / N-acetyl-6-O-phosphono-alpha-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-glucose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 301.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H16NO9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
a-D-GlcpNAc6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物 ChemComp-AGP / 2-DEOXY-2-AMINO GLUCITOL-6-PHOSPHATE / 2-アミノ-2-デオキシ-D-グルシト-ル6-りん酸


分子量: 261.167 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H16NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M MgCl2, 0.25 M Tris-HCl pH 8.5, 30% w/v PEG 4000. Crystals containing GlcNol6P and GlcNAc6P grew in the presence of 1 mM GlcNAc6P and were soaked in the crystallization drop with 1 mM ...詳細: 0.2 M MgCl2, 0.25 M Tris-HCl pH 8.5, 30% w/v PEG 4000. Crystals containing GlcNol6P and GlcNAc6P grew in the presence of 1 mM GlcNAc6P and were soaked in the crystallization drop with 1 mM GlcNol6P five minutes before freezing for data collection.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5406 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5406 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→39.75 Å / Num. obs: 22873 / % possible obs: 94.41 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 0.945 / Net I/σ(I): 36.1
反射 シェル解像度: 2.31→2.35 Å / Rmerge(I) obs: 0.223 / Num. unique obs: 2757

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SdNagBII-GlcNol6P

解像度: 2.311→39.746 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.93 / 位相誤差: 26.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2333 998 4.36 %
Rwork0.1856 --
obs0.1877 22873 94.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.311→39.746 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4708 0 70 177 4955
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084857
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0566629
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.0133438
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078831
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007839
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.311-2.43250.35221250.24352757X-RAY DIFFRACTION85
2.4325-2.58490.2551350.23582933X-RAY DIFFRACTION90
2.5849-2.78440.28831390.23633048X-RAY DIFFRACTION93
2.7844-3.06460.25351410.2223135X-RAY DIFFRACTION96
3.0646-3.50780.26311490.19413236X-RAY DIFFRACTION98
3.5078-4.41850.19631510.15463303X-RAY DIFFRACTION99
4.4185-390.2031580.15973463X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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