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- PDB-8eyb: Crystal structure of PTP1B D181A/Q262A/C215A phosphatase domain w... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 8eyb
タイトルCrystal structure of PTP1B D181A/Q262A/C215A phosphatase domain with JAK2 activation loop phosphopeptide
要素
  • Tyrosine-protein kinase JAK2 activation loop phosphopeptide
  • Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / PTP1B / JAK/STAT / IRK
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-35-mediated signaling pathway / nuclear receptor-mediated mineralocorticoid signaling pathway / histone H3Y41 kinase activity / symbiont-induced defense-related programmed cell death / regulation of postsynapse to nucleus signaling pathway / positive regulation of growth hormone receptor signaling pathway / positive regulation of growth factor dependent skeletal muscle satellite cell proliferation / mammary gland epithelium development / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex / granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signaling pathway ...interleukin-35-mediated signaling pathway / nuclear receptor-mediated mineralocorticoid signaling pathway / histone H3Y41 kinase activity / symbiont-induced defense-related programmed cell death / regulation of postsynapse to nucleus signaling pathway / positive regulation of growth hormone receptor signaling pathway / positive regulation of growth factor dependent skeletal muscle satellite cell proliferation / mammary gland epithelium development / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex / granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / thrombopoietin-mediated signaling pathway / Signaling by Erythropoietin / collagen-activated signaling pathway / Erythropoietin activates STAT5 / activation of Janus kinase activity / response to interleukin-12 / interleukin-12 receptor binding / interleukin-5-mediated signaling pathway / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / positive regulation of leukocyte proliferation / type 1 angiotensin receptor binding / interleukin-12 receptor complex / interleukin-23 receptor complex / erythropoietin-mediated signaling pathway / post-embryonic hemopoiesis / Interleukin-23 signaling / interleukin-23-mediated signaling pathway / positive regulation of T-helper 17 type immune response / interleukin-12-mediated signaling pathway / positive regulation of NK T cell proliferation / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / positive regulation of platelet activation / positive regulation of cell-substrate adhesion / interleukin-3-mediated signaling pathway / acetylcholine receptor binding / Interleukin-12 signaling / cellular response to interleukin-3 / positive regulation of platelet aggregation / Signaling by Leptin / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / Interleukin-27 signaling / Interleukin-35 Signalling / growth hormone receptor binding / regulation of nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / axon regeneration / response to hydroperoxide / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth hormone receptor signaling pathway / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / PTK6 Down-Regulation / regulation of hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / extrinsic component of plasma membrane / positive regulation of receptor catabolic process / negative regulation of cell-cell adhesion / insulin receptor recycling / Interleukin-20 family signaling / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / negative regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / Interleukin-6 signaling / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / IFNG signaling activates MAPKs / negative regulation of MAP kinase activity / regulation of intracellular protein transport / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / interleukin-6-mediated signaling pathway / mitochondrial crista / IRE1-mediated unfolded protein response / peptide hormone receptor binding / sorting endosome / platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / MAPK3 (ERK1) activation / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of PERK-mediated unfolded protein response / regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / Prolactin receptor signaling / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / MAPK1 (ERK2) activation / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / mesoderm development / positive regulation of interleukin-17 production / vascular endothelial cell response to oscillatory fluid shear stress / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / positive regulation of systemic arterial blood pressure / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / regulation of endocytosis / Regulation of IFNA/IFNB signaling / positive regulation of natural killer cell proliferation / cellular response to angiotensin / signaling receptor activator activity / positive regulation of SMAD protein signal transduction / regulation of proteolysis / insulin receptor substrate binding / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / response to tumor necrosis factor / negative regulation of cell-substrate adhesion
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak2 / Janus kinase 2, pseudokinase domain / Janus kinase 2, catalytic domain / Tyrosine-protein kinase JAK2, SH2 domain / JAK2, FERM domain C-lobe / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : ...Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak2 / Janus kinase 2, pseudokinase domain / Janus kinase 2, catalytic domain / Tyrosine-protein kinase JAK2, SH2 domain / JAK2, FERM domain C-lobe / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / SH2 domain / Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type-1/2 / : / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Protein-tyrosine phosphatase-like / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / PH-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine-protein kinase JAK2 / Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.349 Å
データ登録者Morris, R. / Kershaw, N.J. / Babon, J.J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Structure guided studies of the interaction between PTP1B and JAK.
著者: Morris, R. / Keating, N. / Tan, C. / Chen, H. / Laktyushin, A. / Saiyed, T. / Liau, N.P.D. / Nicola, N.A. / Tiganis, T. / Kershaw, N.J. / Babon, J.J.
履歴
登録2022年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 1
B: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 1
D: Tyrosine-protein kinase JAK2 activation loop phosphopeptide
E: Tyrosine-protein kinase JAK2 activation loop phosphopeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,8776
ポリマ－72,6334
非ポリマー2442
水2,126118
1
A: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 1
D: Tyrosine-protein kinase JAK2 activation loop phosphopeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4383
ポリマ－36,3162
非ポリマー1221
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1100 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area12610 Å2
手法PISA
2
B: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 1
E: Tyrosine-protein kinase JAK2 activation loop phosphopeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4383
ポリマ－36,3162
非ポリマー1221
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1190 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area12940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.381, 88.381, 190.335
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 3 through 24 or (resid 25...
21(chain B and (resid 3 or (resid 4 through 6...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETARGARG(chain A and (resid 3 through 24 or (resid 25...AA3 - 242 - 23
12HISHISHISHIS(chain A and (resid 3 through 24 or (resid 25...AA2524
13GLUGLUMETMET(chain A and (resid 3 through 24 or (resid 25...AA2 - 2821 - 281
14GLUGLUMETMET(chain A and (resid 3 through 24 or (resid 25...AA2 - 2821 - 281
15GLUGLUMETMET(chain A and (resid 3 through 24 or (resid 25...AA2 - 2821 - 281
16GLUGLUMETMET(chain A and (resid 3 through 24 or (resid 25...AA2 - 2821 - 281
21METMETMETMET(chain B and (resid 3 or (resid 4 through 6...BB32
22GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid 3 or (resid 4 through 6...BB4 - 63 - 5
23GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid 3 or (resid 4 through 6...BB2 - 2971 - 296
24GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid 3 or (resid 4 through 6...BB2 - 2971 - 296
25GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid 3 or (resid 4 through 6...BB2 - 2971 - 296
26GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid 3 or (resid 4 through 6...BB2 - 2971 - 296

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 1 / Protein-tyrosine phosphatase 1B / PTP-1B


分子量: 34311.141 Da / 分子数: 2 / 変異: D181A/Q262A/C215A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPN1, PTP1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18031, protein-tyrosine-phosphatase
#2: タンパク質・ペプチド Tyrosine-protein kinase JAK2 activation loop phosphopeptide / Janus kinase 2 / JAK-2


分子量: 2005.140 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 1000-1015 of JAK2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: O60674, non-specific protein-tyrosine kinase
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.75 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 25% w/v PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Tris Cl (pH 8.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→48.85 Å / Num. obs: 36591 / % possible obs: 99.63 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 18.94
反射 シェル解像度: 2.34→2.43 Å / Num. unique obs: 3580 / CC1/2: 0.77

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZRT

4zrt


解像度: 2.349→48.846 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2431 2005 5.48 %
Rwork0.2073 34586 -
obs0.2093 36591 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 117.87 Å2 / Biso mean: 59.3185 Å2 / Biso min: 23.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.349→48.846 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4633 0 40 118 4791
Biso mean--74.39 53.37 -
残基数----587
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2573X-RAY DIFFRACTION9.25TORSIONAL
12B2573X-RAY DIFFRACTION9.25TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3494-2.40810.32681410.3034240999
2.4081-2.47330.35641400.27722476100
2.4733-2.5460.30461400.26982418100
2.546-2.62820.33921430.26362444100
2.6282-2.72210.29081420.25512430100
2.7221-2.83110.28951450.24882449100
2.8311-2.95990.31731440.2562465100
2.9599-3.1160.29311410.2526242999
3.116-3.31120.30741450.24022457100
3.3112-3.56670.2581400.2092471100
3.5667-3.92550.20471390.18862480100
3.9255-4.49320.19251460.17492505100
4.4932-5.65960.20971430.1721252899
5.6596-48.8460.2171560.1878262599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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