PDB-8ey1: Structure of Arabidopsis fatty acid amide hydrolase mutant S305A ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ey1

タイトル

Structure of Arabidopsis fatty acid amide hydrolase mutant S305A in complex with N-(3-oxododecanoyl)-L-homoserine lactone

要素

Fatty acid amide hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Fatty acid amide hydrolase / mutant / Arabidopsis / lipid signaling

機能・相同性

機能・相同性情報

N-(long-chain-acyl)ethanolamine deacylase activity / N-acylethanolamine metabolic process / fatty acid amide hydrolase / fatty acid amide hydrolase activity / plant-type vacuole / plastid / lipid catabolic process / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Aziz, M. / Wang, X. / Gaguancela, O.A. / Chapman, K.D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Structural interactions explain the versatility of FAAH in the hydrolysis of plant and microbial acyl amide signals
著者: Aziz, M. / Wang, X. / Gaguancela, O.A. / Chapman, K.D.

履歴

登録	2022年10月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年5月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ey1.cif.gz	2.6 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ey1.ent.gz	2.3 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ey1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8ey1_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ey1_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	8ey1_validation.xml.gz	231.3 KB	表示
CIF形式データ	8ey1_validation.cif.gz	307.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/8ey1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/8ey1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ewwSC 8ey9C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fatty acid amide hydrolase

B: Fatty acid amide hydrolase

C: Fatty acid amide hydrolase

D: Fatty acid amide hydrolase

E: Fatty acid amide hydrolase

F: Fatty acid amide hydrolase

G: Fatty acid amide hydrolase

H: Fatty acid amide hydrolase

I: Fatty acid amide hydrolase

J: Fatty acid amide hydrolase

K: Fatty acid amide hydrolase

L: Fatty acid amide hydrolase

ヘテロ分子

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1

A: Fatty acid amide hydrolase

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2

B: Fatty acid amide hydrolase

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3

C: Fatty acid amide hydrolase

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4

D: Fatty acid amide hydrolase

ヘテロ分子

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5

E: Fatty acid amide hydrolase

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6

F: Fatty acid amide hydrolase

ヘテロ分子

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7

G: Fatty acid amide hydrolase

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8

H: Fatty acid amide hydrolase

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11

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12

L: Fatty acid amide hydrolase

ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	225.544, 83.750, 270.943
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.570, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Fatty acid amide hydrolase / AtFAAH / N-acylethanolamine amidohydrolase 分子量: 69563.141 Da / 分子数: 12 / 変異: S305A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: FAAH, At5g64440, T12B11.3 / プラスミド: PTRCHIS2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: Q7XJJ7, fatty acid amide hydrolase
#2: 化合物	ChemComp-OHN / N-3-OXO-DODECANOYL-L-HOMOSERINE LACTONE / N-(3-オキソドデカノイル)-L-ホモセリンラクトン分子量: 297.390 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₇NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M MES, PH 6.0, 30% PEG 200, 5% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.07809 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.07809 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→39.82 Å / Num. obs: 143834 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 2.8 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 4.2
反射シェル	解像度: 3.2→3.26 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.388 / Num. unique obs: 6942 / CC_1/2: 0.948 / % possible all: 89.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless		データスケーリング
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8EWW

8eww

解像度: 3.2→39.82 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 40.55 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.29	1980	1.41 %
R_work	0.2594	138764	-
obs	0.2599	140744	88.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 280.38 Å² / B_iso mean: 84.9251 Å² / B_iso min: 37.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.2→39.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	55534	0	105	0	55639
B_iso mean	-	-	72.81	-	-
残基数	-	-	-	-	7260

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.2-3.28	0.3874	142	0.3664	9875	10017	89
3.28-3.37	0.4129	136	0.3471	10283	10419	93
3.37-3.47	0.3538	139	0.3265	10246	10385	92
3.47-3.58	0.3483	156	0.3143	10231	10387	93
3.58-3.71	0.3123	134	0.3011	10235	10369	92
3.71-3.86	0.2922	153	0.2725	10122	10275	92
3.86-4.03	0.313	135	0.2587	10124	10259	91
4.03-4.24	0.2841	144	0.2405	9949	10093	90
4.24-4.51	0.2761	143	0.234	10013	10156	90
4.51-4.86	0.2605	146	0.2209	9721	9867	87
4.86-5.34	0.2703	137	0.2317	10080	10217	90
5.34-6.12	0.2824	146	0.2489	10035	10181	89
6.12-7.7	0.2879	150	0.247	9863	10013	87
7.7-39.82	0.2245	119	0.2159	7987	8106	69

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3217	0.0491	-0.3775	1.9852	-0.6606	0.3366	-0.1384	-0.3661	-0.0974	0.5802	0.43	-0.5319	-0.4233	0.4988	0.0659	0.8718	-0.199	-0.1057	1.5154	-0.4132	0.9732	11.5485	15.3768	-81.2221
2	0.6976	0.0108	-0.0433	0.5775	-0.4764	0.6801	-0.3021	0.5195	-0.096	-0.6706	0.3903	-0.2988	0.0828	0.1319	-0.0362	1.2959	-0.7122	0.273	1.4233	-0.2331	0.9031	6.1482	13.4366	-128.057
3	0.3225	-0.0258	-0.0751	0.9961	-0.1023	0.2733	0.0115	-0.245	0.1307	0.69	-0.1928	-0.1305	-0.3016	0.1021	-0.3262	1.2031	-0.1612	0.0922	0.1843	0.049	0.5721	-49.2836	15.983	-124.0984
4	1.5342	0.142	-0.2604	1.2853	-0.2781	1.6188	-0.0504	0.4541	-0.0755	0.0204	-0.0803	0.2047	0.147	-0.1518	0.1525	0.6016	0.0444	0.124	0.307	0.0227	0.6068	-54.419	13.5779	-170.8365
5	0.9959	-0.1701	-0.4077	2.0355	0.6632	0.745	-0.1104	0.2071	-0.0918	-0.8799	0.4085	0.5479	-0.3014	-0.2295	0.0232	0.8166	-0.1965	-0.2886	1.2865	0.34	0.957	-24.5872	57.4321	-88.6285
6	0.9912	-0.0303	-0.097	0.6216	0.5471	0.4976	-0.264	-0.383	-0.059	0.5956	0.4426	0.4261	0.0256	-0.0599	-0.0564	0.7931	0.4983	0.2276	1.4979	0.2562	0.8564	-20.2619	55.0998	-41.8298
7	1.2021	-0.1552	-0.1503	1.4987	-0.0219	1.6031	-0.0511	0.2625	-0.1462	-0.5208	0.0694	0.1552	0.0003	0.0462	-0.0161	0.5485	0.0406	-0.1283	0.7011	-0.0371	0.6177	35.5812	54.8835	-46.9228
8	0.781	0.3691	-0.0713	1.4501	-0.479	2.2398	0.1191	-0.2013	-0.0876	0.2396	-0.1435	0.1149	0.1198	0.0404	0.0288	0.4355	0.0722	0.0485	0.6709	-0.0707	0.5775	37.9384	52.3097	0.0204
9	1.6301	0.0286	-0.5464	1.3609	0.0406	2.1391	0.0293	-0.1721	-0.0109	0.5092	-0.0454	-0.1905	-0.187	0.3827	0.0099	0.6693	-0.0719	-0.0766	0.4052	-0.0274	0.5136	-94.8298	12.6098	4.4296
10	0.8644	-0.1101	-0.3204	1.3584	0.6712	2.4561	0.0065	0.2504	-0.006	-0.2096	-0.0272	-0.0992	-0.1647	0.1599	0.0309	0.5132	-0.0392	0.0781	0.4498	0.0024	0.594	-97.5202	10.3768	-42.5081
11	1.3521	0.325	-0.3279	1.3674	-0.5979	2.1535	0.0883	-0.2383	0.0234	0.4492	-0.0212	-0.1368	-0.3981	0.2192	-0.0502	0.6007	-0.0552	-0.0604	0.7626	-0.093	0.6395	71.4251	12.7864	-38.0257
12	0.8739	-0.2031	0.0518	1.6378	0.4136	2.3073	0.0371	0.1823	0.0108	-0.4533	-0.0091	-0.0304	-0.1132	0.143	0.001	0.425	-0.0198	0.0173	0.7781	0.0413	0.6351	68.2192	10.6348	-85.0022

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 4 through 605)	A	4 - 605
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 1 through 605)	B	1 - 605
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid 4 through 605)	C	4 - 605
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'D' and resid 1 through 605)	D	1 - 605
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain 'E' and resid 4 through 605)	E	4 - 605
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain 'F' and resid 1 through 605)	F	1 - 605
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain 'G' and resid 4 through 605)	G	4 - 605
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain 'H' and resid 1 through 605)	H	1 - 605
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain 'I' and resid 4 through 605)	I	4 - 605
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain 'J' and resid 1 through 605)	J	1 - 605
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain 'K' and resid 4 through 605)	K	4 - 605
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain 'L' and resid 1 through 605)	L	1 - 605

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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