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- PDB-8ey0: Structure of an orthogonal PYR1*:HAB1* chemical-induced dimerizat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ey0
タイトルStructure of an orthogonal PYR1*:HAB1* chemical-induced dimerization module in complex with mandipropamid
要素
  • Abscisic acid receptor PYR1
  • Protein phosphatase 2C 16
キーワードPLANT PROTEIN / PYR/PYL/RCAR / PYR1 / Hab1 / Hormone receptor / Biosensor
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of response to water deprivation / plant-type vacuole membrane / protein phosphatase inhibitor complex / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / protein serine/threonine phosphatase activity / histone H2AXS139 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 phosphatase activity ...positive regulation of response to water deprivation / plant-type vacuole membrane / protein phosphatase inhibitor complex / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / protein serine/threonine phosphatase activity / histone H2AXS139 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 phosphatase activity / MAP kinase serine/threonine phosphatase activity / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / ubiquitin-like protein ligase binding / signaling receptor activity / protein homodimerization activity / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PPM-type phosphatase, divalent cation binding / PPM-type phosphatase domain signature. / Protein phosphatase 2C / Polyketide cyclase/dehydrase / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily ...PPM-type phosphatase, divalent cation binding / PPM-type phosphatase domain signature. / Protein phosphatase 2C / Polyketide cyclase/dehydrase / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / : / START-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3UZ / Abscisic acid receptor PYR1 / Protein phosphatase 2C 16
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Park, S.-Y. / Volkman, B.F. / Cutler, S.R. / Peterson, F.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)NSF-2128016 米国
National Science Foundation (NSF, United States)2128246 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2024
タイトル: An orthogonalized PYR1-based CID module with reprogrammable ligand-binding specificity.
著者: Park, S.Y. / Qiu, J. / Wei, S. / Peterson, F.C. / Beltran, J. / Medina-Cucurella, A.V. / Vaidya, A.S. / Xing, Z. / Volkman, B.F. / Nusinow, D.A. / Whitehead, T.A. / Wheeldon, I. / Cutler, S.R.
履歴
登録2022年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Protein phosphatase 2C 16
A: Abscisic acid receptor PYR1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1125
ポリマ－57,5162
非ポリマー5963
水1,910106
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2150 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area21970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.405, 92.214, 96.768
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protein phosphatase 2C 16 / AtPP2C16 / AtP2C-HA / Protein HYPERSENSITIVE TO ABA 1 / Protein phosphatase 2C HAB1 / PP2C HAB1


分子量: 36901.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: HAB1, P2C-HA, At1g72770, F28P22.4 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9CAJ0, protein-serine/threonine phosphatase
#2: タンパク質 Abscisic acid receptor PYR1 / ABI1-binding protein 6 / Protein PYRABACTIN RESISTANCE 1 / Regulatory components of ABA receptor 11


分子量: 20614.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PYR1, ABIP6, RCAR11, At4g17870, T6K21.50 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O49686
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-3UZ / (2S)-2-(4-chlorophenyl)-N-{2-[3-methoxy-4-(prop-2-yn-1-yloxy)phenyl]ethyl}-2-(prop-2-yn-1-yloxy)ethanamide / Mandipropamid


分子量: 411.878 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H22ClNO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.99 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.15 mM postassium bromide and 30% PEG 2K-MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月14日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 21877 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 26.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / Rmerge(I) obs: 0.847 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1126 / CC1/2: 0.782 / Rpim(I) all: 0.326 / Rrim(I) all: 0.909 / % possible all: 99.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.01 Å46.11 Å
Translation4.01 Å46.11 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER2.6.0位相決定
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4wvo

4wvo


解像度: 2.4→30.127 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2339 1920 8.78 %
Rwork0.1719 19957 -
obs0.1774 21877 95.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 185.83 Å2 / Biso mean: 63.3957 Å2 / Biso min: 26.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→30.127 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3680 0 41 106 3827
Biso mean--62.9 50.26 -
残基数----468
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4-2.45980.33081070.2454125985
2.4598-2.52630.28841300.2052130690
2.5263-2.60060.25641280.2124132691
2.6006-2.68440.28491360.197138395
2.6844-2.78030.26851370.211138094
2.7803-2.89160.30081320.2038142696
2.8916-3.0230.30821420.2104143397
3.023-3.18230.29161400.1941144699
3.1823-3.38140.23541400.1822144799
3.3814-3.64210.24021360.1737148599
3.6421-4.00780.19271420.15531508100
4.0078-4.5860.20071470.13451486100
4.586-5.77120.19751480.14551531100
5.7712-30.1270.22681550.1736154197
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.50730.3434-0.53053.73430.54725.3390.18110.14910.3771-0.10410.0943-0.2037-0.63840.253-0.23960.34210.04870.05930.32010.00270.544912.844-54.278299.302
27.82352.1272-2.69165.7603-0.42727.22820.1011-0.103-0.26610.0753-0.1478-1.044-0.8120.91980.03150.3664-0.0604-0.08950.3908-0.06670.720123.669-52.924306.908
35.8333-4.5594-1.03953.93521.66922.68150.0871-0.2090.39651.5213-0.0463-0.28970.0558-0.0878-0.11740.5243-0.0391-0.00170.3178-0.00650.49567.949-51.241318.271
42.02310.5345-1.11722.2196-1.0175.48570.02030.0939-0.2671-0.0116-0.1133-0.50480.21150.20620.09720.2540.04680.01140.2710.01380.572419.12-68.053298.733
53.71290.445-2.61751.01130.32164.52890.08280.84140.0414-0.21150.12280.113-0.1294-1.041-0.21810.28320.0283-0.04790.55660.04290.43958.461-64.98283.945
65.7767-1.1255-1.5796.03750.82723.3448-0.2966-1.8776-0.65812.1589-0.0159-0.34571.20360.47050.2861.31410.047-0.06481.08790.29240.63619.225-85.009343.061
77.08630.71711.26191.84-1.04144.88970.258-0.96340.60690.9789-0.3660.1836-0.2931-0.05270.13760.9154-0.09440.05910.4264-0.09510.47770.757-75.188332.829
85.8089-0.2041-3.93463.3211-0.22217.95810.027-0.22930.06220.73280.02150.67340.3503-0.2451-0.04190.572-0.02990.120.26020.02960.6132-6.439-81.107324.542
94.00180.21210.48636.56395.22368.8903-0.0823-1.01690.10111.6471-0.23240.00420.9213-0.1370.28360.8371-0.02240.01450.54360.06370.50913.611-80.882333.996
107.4294-2.279-2.58975.95861.14352.8716-0.0419-0.96990.15861.15510.1029-0.54990.29820.8909-0.06750.7988-0.0335-0.08390.47730.11450.51359.19-79329.368
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN B AND RESID 186:269 )B186 - 269
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 270:302 )B270 - 302
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 303:325 )B303 - 325
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 326:456 )B326 - 456
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 457:510 )B457 - 510
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 4:28 )A4 - 28
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 29:61 )A29 - 61
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 62:112 )A62 - 112
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 113:133 )A113 - 133
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN A AND RESID 134:178 )A134 - 178

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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