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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8exz | ||||||
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タイトル | Structure of GDAP1 containing CMT mutant T157P | ||||||
要素 | Ganglioside-induced differentiation-associated protein 1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Mitochondria / membrane / Glutathione S-transferase / oxidative stress | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Class I peroxisomal membrane protein import / : / cellular response to vitamin D / protein targeting to mitochondrion / mitochondrial fission / mitochondrial fusion / response to retinoic acid / glutathione metabolic process / mitochondrion organization / mitochondrion / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.82 Å | ||||||
データ登録者 | Googins, M.R. / VanDemark, A.P. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of GDAP1 containing CMT mutant T157P 著者: Googins, M.R. / VanDemark, A.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8exz.cif.gz | 183.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8exz.ent.gz | 146.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8exz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8exz_validation.pdf.gz | 441.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8exz_full_validation.pdf.gz | 449.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8exz_validation.xml.gz | 17.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8exz_validation.cif.gz | 22.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/8exz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/8exz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6iuhS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41369.719 Da / 分子数: 2 / 変異: T157P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gdap1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O88741 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2M Ammonium Sulfate, 0.1M Bis-Tris, 25% w/v PEG 3350 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.82→58.54 Å / Num. obs: 12544 / % possible obs: 98.11 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 9 |
反射 シェル | 解像度: 2.82→2.869 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.708 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 618 / CC1/2: 0.866 / Rpim(I) all: 0.352 / % possible all: 98.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6IUH 解像度: 2.82→55.86 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.03 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 138.3 Å2 / Biso mean: 62.851 Å2 / Biso min: 22.44 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.82→55.86 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
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