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- PDB-8exd: Crystal structure of Aspergillus fumigatus sterylglucosidase A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8exd
タイトルCrystal structure of Aspergillus fumigatus sterylglucosidase A
要素Sterylglucosidase A (SglA)
キーワードHYDROLASE / glucosidase / sterylglucosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


ergosteryl 3-beta-D-glucoside catabolic process / steryl-beta-glucosidase activity / glucosylceramide catabolic process / glucosylceramidase activity / beta-glucosidase activity / polysaccharide catabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 5, C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 5 C-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycosyl hydrolase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus fumigatus Af293 (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Pereira de Sa, N. / Del Poeta, M. / Airola, M.V.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 AI125770 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R35GM128666 米国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2023
タイトル: Targeting Sterylglucosidase A to Treat Aspergillus fumigatus Infections.
著者: Pereira de Sa, N. / Jayanetti, K. / Rendina, D. / Clement, T. / Soares Brauer, V. / Mota Fernandes, C. / Ojima, I. / Airola, M.V. / Del Poeta, M.
履歴
登録2022年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sterylglucosidase A (SglA)
B: Sterylglucosidase A (SglA)
C: Sterylglucosidase A (SglA)
D: Sterylglucosidase A (SglA)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)353,3144
ポリマ－353,3144
非ポリマー00
水00
1
A: Sterylglucosidase A (SglA)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,3281
ポリマ－88,3281
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sterylglucosidase A (SglA)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,3281
ポリマ－88,3281
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Sterylglucosidase A (SglA)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,3281
ポリマ－88,3281
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Sterylglucosidase A (SglA)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,3281
ポリマ－88,3281
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)107.731, 112.792, 139.102
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.300, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Sterylglucosidase A (SglA)


分子量: 88328.438 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus Af293 (カビ) / 株: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / 遺伝子: AFUA_3G08820 / プラスミド: pET28a+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: Q4WXA7

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 20% polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.2 M magnesium acetate pH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 150 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0331 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0331 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→76.95 Å / Num. obs: 32036 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
3.8-4.0170.844666199.8
12.02-76.956.90.0661064199.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
xia2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7LPQ

7lpq


解像度: 3.8→58.21 Å / SU ML: 0.68 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3236 3109 5 %
Rwork0.2785 59081 -
obs0.2807 31957 98.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 265.94 Å2 / Biso mean: 177.2008 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.8→58.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21118 0 0 0 21118
残基数----2607
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.8-3.860.42441750.36832682285799
3.86-3.920.40571080.362681278999
3.92-3.990.37791610.3582716287799
3.99-4.060.391190.32832698281799
4.06-4.140.44821530.32872678283199
4.14-4.230.34081500.33242650280098
4.23-4.320.37591590.31312660281998
4.32-4.420.35811150.3192584269996
4.42-4.530.34951310.29922582271394
4.53-4.650.31431280.29772746287499
4.65-4.790.34581540.302526692823100
4.79-4.940.31881310.289727392870100
4.94-5.120.33091510.293927602911100
5.12-5.320.28721650.296326542819100
5.32-5.560.30031330.283127472880100
5.57-5.860.33441370.290226842821100
5.86-6.220.36421370.30082754289199
6.23-6.70.31471430.29522656279999
6.7-7.380.32071400.26312698283899
7.38-8.440.26711320.23932674280698
8.44-10.630.29671430.22962682282598
10.63-58.210.30021440.23822687283199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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