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- PDB-8ewx: N-terminal WD40 domain of beta'-COPI subunit with two chains in t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ewx
タイトルN-terminal WD40 domain of beta'-COPI subunit with two chains in the asymmetric unit
要素Coatomer subunit beta'
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / COATOMER / TRAFFICKING / SECRETION / ENDOPLASMIC RETICULUM / GOLGI / ER-GOLGI INTERMEDIATE COMPARTMENT / COPI
機能・相同性
機能・相同性情報


COPI vesicle coat / intra-Golgi vesicle-mediated transport / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / Golgi membrane / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Coatomer beta' subunit (COPB2) / : / COPA/B TPR domain / Coatomer, WD associated region / : / COPA/B second beta-propeller / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / G-protein beta WD-40 repeat ...Coatomer beta' subunit (COPB2) / : / COPA/B TPR domain / Coatomer, WD associated region / : / COPA/B second beta-propeller / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / G-protein beta WD-40 repeat / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Coatomer subunit beta'
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.24 Å
データ登録者Dey, D. / Hasan, S.S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30CA134274 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
引用ジャーナル: Protein Expr.Purif. / 年: 2023
タイトル: Strategies for rapid production of crystallization quality coatomer WD40 domains.
著者: Dey, D. / Hasan, S.S.
履歴
登録2022年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coatomer subunit beta'
B: Coatomer subunit beta'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,7612
ポリマ－68,7612
非ポリマー00
水11,223623
1
A: Coatomer subunit beta'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3811
ポリマ－34,3811
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Coatomer subunit beta'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3811
ポリマ－34,3811
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.997, 89.821, 69.070
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.690, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Coatomer subunit beta'


分子量: 34380.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G2WDW6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 623 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.24 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.24→29.33 Å / Num. obs: 160014 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 11.23 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 1.24→1.26 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 5385 / CC1/2: 0.572 / % possible all: 64.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487+SVN精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4J73

4j73


解像度: 1.24→27.46 Å / SU ML: 0.1025 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.0348
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.161 7794 4.87 %
Rwork0.1331 152173 -
obs0.1345 159967 95.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 17.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.24→27.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4744 0 0 623 5367
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00914928
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09726729
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0992740
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012854
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.43461766
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.24-1.250.22941680.24283398X-RAY DIFFRACTION63.45
1.25-1.270.24371890.23133607X-RAY DIFFRACTION68.5
1.27-1.280.24972080.22713936X-RAY DIFFRACTION73.48
1.28-1.30.29132180.20854329X-RAY DIFFRACTION81.2
1.3-1.320.22912350.19964679X-RAY DIFFRACTION88
1.32-1.340.23352360.18574956X-RAY DIFFRACTION93.57
1.34-1.350.21112440.16775125X-RAY DIFFRACTION95.6
1.35-1.380.19772500.16175134X-RAY DIFFRACTION96.37
1.38-1.40.17952790.15285192X-RAY DIFFRACTION97.14
1.4-1.420.20452410.14785190X-RAY DIFFRACTION97.75
1.42-1.440.17342610.14375305X-RAY DIFFRACTION98.5
1.44-1.470.18372440.13835286X-RAY DIFFRACTION99.25
1.47-1.50.16092650.13385308X-RAY DIFFRACTION99.39
1.5-1.530.17592870.1255323X-RAY DIFFRACTION99.63
1.53-1.560.17192950.11345228X-RAY DIFFRACTION99.69
1.56-1.60.14192540.11545352X-RAY DIFFRACTION99.72
1.6-1.640.15663050.1115287X-RAY DIFFRACTION99.71
1.64-1.680.15762680.10955337X-RAY DIFFRACTION99.88
1.68-1.730.14592400.10775347X-RAY DIFFRACTION99.87
1.73-1.790.11972290.11595360X-RAY DIFFRACTION99.95
1.79-1.850.1412700.11495336X-RAY DIFFRACTION99.98
1.85-1.930.12632530.1175366X-RAY DIFFRACTION100
1.93-2.010.14433040.11225298X-RAY DIFFRACTION100
2.01-2.120.15093330.11375301X-RAY DIFFRACTION100
2.12-2.250.14783280.11485290X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.430.14392600.11755383X-RAY DIFFRACTION100
2.43-2.670.13992700.12695341X-RAY DIFFRACTION100
2.67-3.060.15262650.13185400X-RAY DIFFRACTION100
3.06-3.850.16253030.13575339X-RAY DIFFRACTION100
3.85-27.460.17362920.15365440X-RAY DIFFRACTION99.95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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