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- PDB-8evl: Crystal structure of alpha-COPI N-terminal WD40 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8evl
タイトルCrystal structure of alpha-COPI N-terminal WD40 domain
要素Putative coatomer subunit alpha
キーワードPROTEIN TRANSPORT / COPI / protein trafficking / SARS-CoV-2 spike / dibasic motif
機能・相同性
機能・相同性情報


COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / COPI vesicle coat / intra-Golgi vesicle-mediated transport / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / cargo receptor activity / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / Golgi membrane / structural molecule activity ...COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / COPI vesicle coat / intra-Golgi vesicle-mediated transport / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / cargo receptor activity / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / Golgi membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Coatomer, alpha subunit, C-terminal / Coatomer subunit alpha / : / Coatomer (COPI) alpha subunit C-terminus / : / COPA/B TPR domain / Coatomer, WD associated region / : / COPA/B second beta-propeller / G-protein beta WD-40 repeat ...Coatomer, alpha subunit, C-terminal / Coatomer subunit alpha / : / Coatomer (COPI) alpha subunit C-terminus / : / COPA/B TPR domain / Coatomer, WD associated region / : / COPA/B second beta-propeller / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative coatomer subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Dey, D. / Hasan, S.S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30CA134274 米国
Brookhaven National Laboratory (BNL)DE-SC0012704 米国
引用ジャーナル: Protein Expr.Purif. / 年: 2023
タイトル: Strategies for rapid production of crystallization quality coatomer WD40 domains.
著者: Dey, D. / Hasan, S.S.
履歴
登録2022年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative coatomer subunit alpha
B: Putative coatomer subunit alpha
C: Putative coatomer subunit alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,2773
ポリマ－113,2773
非ポリマー00
水7,134396
1
A: Putative coatomer subunit alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7591
ポリマ－37,7591
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative coatomer subunit alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7591
ポリマ－37,7591
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Putative coatomer subunit alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7591
ポリマ－37,7591
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.687, 171.416, 69.991
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.340, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Putative coatomer subunit alpha / Alpha-coat protein / Alpha-COP


分子量: 37759.062 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96WV5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 396 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.17 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M Sodium citrate tribasic dihydrate, 18% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月14日 / 詳細: KB bimorph mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→29.66 Å / Num. obs: 67199 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 18.92 Å2 / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 3.7 % / Num. unique obs: 6741 / CC1/2: 0.706 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487+SVN精密化
HKL-3000データ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7S22

7s22


解像度: 1.9→29.66 Å / SU ML: 0.2237 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 25.6522
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2334 6501 4.93 %
Rwork0.1918 125252 -
obs0.1938 131753 98.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7376 0 0 396 7772
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037603
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.661710324
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05161103
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00621309
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.9525987
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.920.35362120.31354081X-RAY DIFFRACTION94.04
1.92-1.940.28782210.28783911X-RAY DIFFRACTION92.92
1.94-1.970.31492040.28233959X-RAY DIFFRACTION94.76
1.97-1.990.29661750.27384194X-RAY DIFFRACTION99.34
1.99-2.020.27412430.26614251X-RAY DIFFRACTION99.89
2.02-2.050.31462050.26274237X-RAY DIFFRACTION99.91
2.05-2.080.31432100.26094225X-RAY DIFFRACTION99.98
2.08-2.110.30292130.25274177X-RAY DIFFRACTION99.86
2.11-2.140.26382170.2474258X-RAY DIFFRACTION99.78
2.14-2.170.26622240.22684211X-RAY DIFFRACTION99.71
2.17-2.210.28642390.22734104X-RAY DIFFRACTION99.77
2.21-2.250.23752220.2284300X-RAY DIFFRACTION99.85
2.25-2.30.25272310.21474235X-RAY DIFFRACTION99.71
2.3-2.340.28431980.20624183X-RAY DIFFRACTION99.82
2.34-2.390.231940.21194207X-RAY DIFFRACTION99.71
2.39-2.450.24042590.20814250X-RAY DIFFRACTION99.45
2.45-2.510.25522150.20044147X-RAY DIFFRACTION99.52
2.51-2.580.25512210.19834192X-RAY DIFFRACTION99.26
2.58-2.650.24822400.20074158X-RAY DIFFRACTION99.32
2.65-2.740.21741920.19034172X-RAY DIFFRACTION99.11
2.74-2.840.24732620.18854214X-RAY DIFFRACTION99.16
2.84-2.950.25752130.18724106X-RAY DIFFRACTION99.04
2.95-3.090.23072080.1734142X-RAY DIFFRACTION96.39
3.09-3.250.19612470.17434100X-RAY DIFFRACTION98.26
3.25-3.450.20921790.16124218X-RAY DIFFRACTION99.64
3.45-3.720.21711840.16654276X-RAY DIFFRACTION99.22
3.72-4.090.2142120.15054150X-RAY DIFFRACTION98.04
4.09-4.680.17312230.13094209X-RAY DIFFRACTION100
4.68-5.890.16462270.14134196X-RAY DIFFRACTION99.91
5.89-29.660.20352110.1794189X-RAY DIFFRACTION99.12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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