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Yorodumi- PDB-8ewv: DNA-encoded library (DEL)-enabled discovery of proximity inducing... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8ewv | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | DNA-encoded library (DEL)-enabled discovery of proximity inducing small molecules | ||||||
Components |
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Keywords | APOPTOSIS / molecular glue / bifunctional compound / BRD4 / VCB / DNA-encoded libraries | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationregulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex ...regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / intracellular membraneless organelle / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / histone H4 reader activity / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / host-mediated suppression of viral transcription / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / negative regulation of signal transduction / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / : / negative regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / negative regulation of autophagy / protein serine/threonine kinase binding / transcription corepressor binding / condensed nuclear chromosome / transcription coregulator activity / positive regulation of cell differentiation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Evasion by RSV of host interferon responses / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / cell morphogenesis / ubiquitin-protein transferase activity / p53 binding / transcription corepressor activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / chromosome / Neddylation / microtubule cytoskeleton / regulation of gene expression / regulation of inflammatory response / protein-containing complex assembly / Replication of the SARS-CoV-2 genome / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / histone binding / cellular response to hypoxia / molecular adaptor activity / DNA-binding transcription factor binding / amyloid fibril formation / Potential therapeutics for SARS / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription coactivator activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transcription cis-regulatory region binding / protein stabilization / protein ubiquitination / cilium / chromatin remodeling / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / ubiquitin protein ligase binding / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / endoplasmic reticulum / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.4 Å | ||||||
Authors | Schreiber, S.L. / Shu, W. / Ma, X. / Michaud, G. / Bonazzi, S. / Berst, F. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nat.Chem.Biol. / Year: 2024Title: DNA-encoded library-enabled discovery of proximity-inducing small molecules. Authors: Mason, J.W. / Chow, Y.T. / Hudson, L. / Tutter, A. / Michaud, G. / Westphal, M.V. / Shu, W. / Ma, X. / Tan, Z.Y. / Coley, C.W. / Clemons, P.A. / Bonazzi, S. / Berst, F. / Briner, K. / Liu, S. ...Authors: Mason, J.W. / Chow, Y.T. / Hudson, L. / Tutter, A. / Michaud, G. / Westphal, M.V. / Shu, W. / Ma, X. / Tan, Z.Y. / Coley, C.W. / Clemons, P.A. / Bonazzi, S. / Berst, F. / Briner, K. / Liu, S. / Zecri, F.J. / Schreiber, S.L. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8ewv.cif.gz | 1.3 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8ewv.ent.gz | 950.2 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8ewv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8ewv_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8ewv_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | |
| Data in XML | 8ewv_validation.xml.gz | 110.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 8ewv_validation.cif.gz | 144.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/8ewv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/8ewv | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4w91S S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 13147.781 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ELOB, TCEB2 / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 10843.420 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ELOC, TCEB1 / Production host: ![]() #3: Protein | Mass: 18712.328 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: VHL / Production host: ![]() #4: Protein | Mass: 15099.380 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: BRD4, HUNK1 / Production host: ![]() #5: Chemical | ChemComp-X5K / Has ligand of interest | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.35 Å3/Da / Density % sol: 63.25 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 300 K / Method: vapor diffusion / Details: 0.2 M NA2MALON, 20 %W/V PEG 3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.2 / Wavelength: 0.97903 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Jun 4, 2020 |
| Radiation | Monochromator: M / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97903 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.4→49.01 Å / Num. obs: 64886 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 25 % / Biso Wilson estimate: 76.05 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.772 / Rpim(I) all: 0.155 / Rrim(I) all: 0.788 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 5.3 |
| Reflection shell | Resolution: 3.4→3.48 Å / Redundancy: 24.4 % / Rmerge(I) obs: 3.442 / Num. unique obs: 4531 / CC1/2: 0.343 / Rpim(I) all: 0.71 / Rrim(I) all: 1.3 / Χ2: 1.09 / % possible all: 100 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4W91 Resolution: 3.4→49.01 Å / SU ML: 0.7018 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 38.7978 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 90.64 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.4→49.01 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
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