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- PDB-8ewv: DNA-encoded library (DEL)-enabled discovery of proximity inducing... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ewv | ||||||
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Title | DNA-encoded library (DEL)-enabled discovery of proximity inducing small molecules | ||||||
![]() |
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![]() | APOPTOSIS / molecular glue / bifunctional compound / BRD4 / VCB / DNA-encoded libraries | ||||||
Function / homology | ![]() regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex ...regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / intracellular non-membrane-bounded organelle / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / RNA polymerase II C-terminal domain binding / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / negative regulation by host of viral transcription / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / negative regulation of signal transduction / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / negative regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / negative regulation of autophagy / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / transcription corepressor binding / condensed nuclear chromosome / transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of cell differentiation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / lysine-acetylated histone binding / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / cell morphogenesis / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Evasion by RSV of host interferon responses / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / ubiquitin-protein transferase activity / transcription corepressor activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / p53 binding / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / chromosome / Neddylation / Replication of the SARS-CoV-2 genome / regulation of inflammatory response / cellular response to hypoxia / ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of gene expression / protein-containing complex assembly / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA-binding transcription factor binding / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / amyloid fibril formation / Potential therapeutics for SARS / molecular adaptor activity / transcription coactivator activity / protein stabilization / transcription cis-regulatory region binding / protein ubiquitination / chromatin remodeling / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schreiber, S.L. / Shu, W. / Ma, X. / Michaud, G. / Bonazzi, S. / Berst, F. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: DNA-encoded library-enabled discovery of proximity-inducing small molecules. Authors: Mason, J.W. / Chow, Y.T. / Hudson, L. / Tutter, A. / Michaud, G. / Westphal, M.V. / Shu, W. / Ma, X. / Tan, Z.Y. / Coley, C.W. / Clemons, P.A. / Bonazzi, S. / Berst, F. / Briner, K. / Liu, S. ...Authors: Mason, J.W. / Chow, Y.T. / Hudson, L. / Tutter, A. / Michaud, G. / Westphal, M.V. / Shu, W. / Ma, X. / Tan, Z.Y. / Coley, C.W. / Clemons, P.A. / Bonazzi, S. / Berst, F. / Briner, K. / Liu, S. / Zecri, F.J. / Schreiber, S.L. | ||||||
History |
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Structure visualization
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Downloads & links
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Download
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in CIF | ![]() | 144.5 KB | Display | |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4w91S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 13147.781 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 10843.420 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #3: Protein | Mass: 18712.328 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #4: Protein | Mass: 15099.380 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #5: Chemical | ChemComp-X5K / Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.35 Å3/Da / Density % sol: 63.25 % |
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Crystal grow | Temperature: 300 K / Method: vapor diffusion / Details: 0.2 M NA2MALON, 20 %W/V PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Jun 4, 2020 |
Radiation | Monochromator: M / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97903 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.4→49.01 Å / Num. obs: 64886 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 25 % / Biso Wilson estimate: 76.05 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.772 / Rpim(I) all: 0.155 / Rrim(I) all: 0.788 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 5.3 |
Reflection shell | Resolution: 3.4→3.48 Å / Redundancy: 24.4 % / Rmerge(I) obs: 3.442 / Num. unique obs: 4531 / CC1/2: 0.343 / Rpim(I) all: 0.71 / Rrim(I) all: 1.3 / Χ2: 1.09 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4W91 Resolution: 3.4→49.01 Å / SU ML: 0.7018 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 38.7978 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 90.64 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.4→49.01 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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