PDB-8evo: Sulfatase from Mycobacterium tuberculosis (Rv3406) in complex wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8evo

タイトル

Sulfatase from Mycobacterium tuberculosis (Rv3406) in complex with inhibitor FG2216

要素

Alpha-ketoglutarate-dependent sulfate ester dioxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / oxidoreductase-inhibitor complex / sulfatase / 2-oxoglutarate dependent dioxygenase

機能・相同性

機能・相同性情報

alkyl sulfatase / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / response to antibiotic / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Juan, T.-J. / Leung, I. / Squire, C.J.

資金援助

ニュージーランド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Sulfatase from Mycobacterium tuberculosis (Rv3406) in complex with inhibitors NOG and FG2216
著者: Juan, T.-J. / Leung, I. / Squire, C.J.

履歴

登録	2022年10月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年10月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8evo.cif.gz	206.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8evo.ent.gz	155.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8evo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8evo_validation.pdf.gz	758.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8evo_full_validation.pdf.gz	764.5 KB	表示
XML形式データ	8evo_validation.xml.gz	33.1 KB	表示
CIF形式データ	8evo_validation.cif.gz	44.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/8evo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/8evo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8evnC 4ffaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-ketoglutarate-dependent sulfate ester dioxygenase

B: Alpha-ketoglutarate-dependent sulfate ester dioxygenase

C: Alpha-ketoglutarate-dependent sulfate ester dioxygenase

D: Alpha-ketoglutarate-dependent sulfate ester dioxygenase

ヘテロ分子

132 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.040, 129.006, 138.355
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Alpha-ketoglutarate-dependent sulfate ester dioxygenase / Type II alkyl sulfatase 分子量: 32901.137 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: Rv3406, MTCY78.22c / プラスミド: pET28a+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P9WKZ1, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: P9WKZ1, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物	ChemComp-UN9 / N-[(1-CHLORO-4-HYDROXYISOQUINOLIN-3-YL)CARBONYL]GLYCINE / [(1-クロロ-4-ヒドロキシ-3-イソキノリニル)カルボニルアミノ]酢酸分子量: 280.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₉ClN₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.22 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 16% PEG2000, 100 mM Tris, pH 8.5, 2% MPD, 300 mM magnesium nitrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 291 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95373 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→47.43 Å / Num. obs: 46395 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 52.6 % / CC_1/2: 0.998 / R_pim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 2.4→2.48 Å / 冗長度: 52.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4474 / CC_1/2: 0.652 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0349	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4FFA

4ffa

解像度: 2.4→47.43 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 17.48 / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.438 / ESU R Free: 0.291 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2889	2281	4.924 %	taken from previous in-house structure
R_work	0.2465	44046	-	-
all	0.249	-	-	-
obs	-	46327	99.937 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.466 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	9.709 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.639 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.069 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→47.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7440	0	23	19	7482

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.012	7653
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	6856
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.734	1.635	10412
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.266	1.552	15872
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.242	5	941
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.737	10	76
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.963	10	1157
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	10.823	10	368
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.033	0.2	1165
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.024	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	8899
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1592
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	1384
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.175	0.2	6565
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	3607
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	4039
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.123	0.2	188
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.075	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.1	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.056	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.226	6.75	3800
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.224	6.749	3799
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.833	10.104	4729
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.832	10.105	4730
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.118	6.914	3853
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.118	6.915	3853
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.481	10.284	5683
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.48	10.285	5684
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.922	78.133	8144
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.922	78.141	8145

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.4-2.462	0.476	162	0.419	3201	0.421	3372	0.682	0.724	99.7331	0.384
2.462-2.529	0.443	175	0.396	3121	0.399	3296	0.734	0.774	100	0.356
2.529-2.602	0.367	158	0.388	3034	0.387	3192	0.809	0.801	100	0.353
2.602-2.682	0.373	157	0.367	2940	0.367	3097	0.698	0.726	100	0.333
2.682-2.77	0.371	136	0.351	2876	0.352	3012	0.855	0.836	100	0.317
2.77-2.867	0.337	133	0.314	2787	0.315	2920	0.894	0.89	100	0.283
2.867-2.975	0.31	157	0.278	2671	0.28	2829	0.938	0.931	99.9647	0.258
2.975-3.096	0.3	122	0.269	2610	0.27	2732	0.935	0.948	100	0.253
3.096-3.233	0.295	128	0.249	2478	0.251	2606	0.936	0.955	100	0.238
3.233-3.39	0.281	126	0.229	2391	0.232	2517	0.952	0.964	100	0.222
3.39-3.572	0.272	119	0.21	2264	0.213	2383	0.955	0.969	100	0.207
3.572-3.787	0.27	106	0.207	2151	0.21	2257	0.952	0.971	100	0.207
3.787-4.047	0.287	112	0.206	2032	0.21	2144	0.953	0.97	100	0.213
4.047-4.369	0.213	91	0.186	1906	0.187	1997	0.969	0.978	100	0.2
4.369-4.781	0.227	91	0.184	1757	0.187	1848	0.974	0.978	100	0.206
4.781-5.339	0.23	81	0.206	1597	0.207	1678	0.964	0.973	100	0.233
5.339-6.152	0.315	67	0.239	1433	0.243	1500	0.943	0.964	100	0.267
6.152-7.503	0.321	62	0.229	1222	0.234	1284	0.946	0.964	100	0.259
7.503-10.481	0.233	56	0.213	976	0.214	1032	0.965	0.973	100	0.24
10.481-47.43	0.314	42	0.303	599	0.303	641	0.929	0.938	100	0.333

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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