PDB-8evn: Sulfatase from Mycobacterium tuberculosis (Rv3406) in complex wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8evn

タイトル

Sulfatase from Mycobacterium tuberculosis (Rv3406) in complex with N-oxalylglycine (NOG)

要素

Alpha-ketoglutarate-dependent sulfate ester dioxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / oxidoreductase-inhibitor complex / sulfatase / 2-oxoglutarate dependent dioxygenase

機能・相同性

機能・相同性情報

alkyl sulfatase / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / response to antibiotic / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.644 Å

データ登録者

Juan, T.-J. / Leung, I. / Squire, C.J.

資金援助

ニュージーランド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Sulfatase from Mycobacterium tuberculosis (Rv3406) in complex with inhibitors NOG and FG2216
著者: Juan, T.-J. / Leung, I. / Squire, C.J.

履歴

登録	2022年10月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年10月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8evn.cif.gz	488.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8evn.ent.gz	311.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8evn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8evn_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8evn_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	8evn_validation.xml.gz	33.9 KB	表示
CIF形式データ	8evn_validation.cif.gz	44.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/8evn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/8evn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8evoC 4ffaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alpha-ketoglutarate-dependent sulfate ester dioxygenase

B: Alpha-ketoglutarate-dependent sulfate ester dioxygenase

C: Alpha-ketoglutarate-dependent sulfate ester dioxygenase

D: Alpha-ketoglutarate-dependent sulfate ester dioxygenase

ヘテロ分子

133 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.535, 128.336, 138.693
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Alpha-ketoglutarate-dependent sulfate ester dioxygenase / Type II alkyl sulfatase 分子量: 32901.137 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: Rv3406, MTCY78.22c / プラスミド: pET28a+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P9WKZ1, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: P9WKZ1, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: 化合物	ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン分子量: 147.086 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₅NO₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 阻害剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.49 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 16% PEG2000, 100 mM Tris, pH 8.5, 2% MPD, 300 mM magnesium nitrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95373 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.64→47.676 Å / Num. obs: 34771 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 13.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 2.64→2.77 Å / 冗長度: 13.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4332 / CC_1/2: 0.86 / R_pim(I) all: 0.381 / % possible all: 94.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0349	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4FFA

4ffa

解像度: 2.644→47.676 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / SU B: 48.609 / SU ML: 0.422 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.944 / ESU R Free: 0.381 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2995	1734	5.006 %	random selection
R_work	0.2502	32901	-	-
all	0.253	-	-	-
obs	-	34635	98.988 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 85.363 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	13.329 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-6.662 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.667 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.644→47.676 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7227	0	52	13	7292

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.012	7463
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	6589
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.641	1.633	10161
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.241	1.551	15230
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.415	5	931
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.221	10	66
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.598	10	1073
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	10.454	10	346
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.029	0.2	1148
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.021	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	8695
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1529
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.172	0.2	1377
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.165	0.2	6604
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	3555
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	3990
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.103	0.2	162
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.084	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.092	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.113	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.701	5.524	3761
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.7	5.523	3760
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.212	8.282	4679
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.212	8.282	4680
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.219	5.624	3702
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.217	5.624	3702
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.187	8.389	5482
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.187	8.39	5483
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.578	65.684	7913
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.578	65.69	7914

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.644-2.713	0.52	97	0.473	2087	0.475	2522	0.581	0.712	86.5979	0.471
2.713-2.787	0.43	131	0.419	2350	0.42	2481	0.782	0.742	100	0.41
2.787-2.867	0.43	109	0.389	2314	0.39	2423	0.768	0.785	100	0.372
2.867-2.955	0.425	119	0.369	2215	0.371	2334	0.84	0.817	100	0.349
2.955-3.052	0.346	131	0.342	2142	0.342	2273	0.865	0.86	100	0.314
3.052-3.159	0.31	114	0.297	2090	0.298	2204	0.901	0.913	100	0.269
3.159-3.277	0.322	113	0.273	2041	0.276	2154	0.937	0.94	100	0.248
3.277-3.41	0.311	105	0.242	1917	0.246	2022	0.922	0.959	100	0.221
3.41-3.561	0.282	97	0.245	1877	0.246	1974	0.949	0.962	100	0.223
3.561-3.734	0.275	82	0.229	1807	0.231	1890	0.948	0.966	99.9471	0.211
3.734-3.935	0.23	85	0.214	1708	0.215	1793	0.967	0.972	100	0.194
3.935-4.172	0.21	72	0.194	1650	0.194	1722	0.973	0.977	100	0.177
4.172-4.457	0.23	83	0.195	1530	0.197	1613	0.967	0.977	100	0.186
4.457-4.811	0.223	68	0.19	1440	0.192	1508	0.962	0.977	100	0.186
4.811-5.265	0.284	95	0.218	1299	0.222	1394	0.956	0.969	100	0.213
5.265-5.877	0.36	66	0.261	1221	0.266	1287	0.942	0.956	100	0.251
5.877-6.769	0.38	65	0.285	1066	0.29	1131	0.93	0.951	100	0.279
6.769-8.249	0.358	26	0.245	956	0.248	982	0.906	0.961	100	0.253
8.249-11.495	0.224	45	0.198	732	0.199	777	0.969	0.976	100	0.221
11.495-47.676	0.347	31	0.284	459	0.288	491	0.926	0.935	99.7963	0.298

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1301	-0.6846	0.534	4.3565	-0.5339	1.6942	0.2101	-0.0705	-0.075	0.0209	0.003	-0.2367	0.4705	0.2208	-0.213	0.2839	0.0787	-0.196	0.3821	-0.0419	0.1557	13.1773	-9.771	-11.6797
2	1.8651	-0.8884	0.1924	3.373	-0.0076	2.5837	-0.1447	-0.3943	-0.1213	0.9091	0.2885	0.3311	0.0774	-0.2859	-0.1439	0.2897	0.0676	0.052	0.4688	-0.0462	0.0866	0.5	13.8286	5.525
3	1.1943	-0.2567	0.9478	4.1857	-1.3593	4.2457	-0.0146	-0.0787	-0.2466	-0.6744	0.3416	0.9052	0.3184	-0.3486	-0.327	0.2011	-0.1042	-0.2052	0.3824	0.0751	0.2989	-11.7366	17.5224	-41.5417
4	1.0695	-0.0218	0.6515	3.5709	0.1172	5.2348	-0.2118	0.372	0.1348	-0.5134	0.1867	-0.5843	-0.3185	1.0148	0.0251	0.1272	-0.1683	0.0587	0.6548	-0.0333	0.1473	14.406	32.3446	-35.4628

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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