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- PDB-8evk: Crystal structure of Helicobacter pylori dihydroneopterin aldolas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8evk
タイトルCrystal structure of Helicobacter pylori dihydroneopterin aldolase (DHNA)
要素Dihydroneopterin aldolase
キーワードLYASE / Inhibitor / Complex / Aldolase
機能・相同性Dihydroneopterin aldolase/epimerase domain / Dihydroneopterin aldolase / Dihydroneopterin aldolase / dihydroneopterin aldolase activity / GTP cyclohydrolase I, C-terminal/NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase / folic acid-containing compound metabolic process / PTERINE / Dihydroneopterin aldolase
機能・相同性情報
生物種Helicobacter pylori G27 (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.49 Å
データ登録者Shaw, G.X. / Cherry, S. / Tropea, J.E. / Ji, X.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)Intramural Research Program 米国
引用ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Structure of Helicobacter pylori dihydroneopterin aldolase suggests a fragment-based strategy for isozyme-specific inhibitor design.
著者: Shaw, G.X. / Fan, L. / Cherry, S. / Shi, G. / Tropea, J.E. / Ji, X.
履歴
登録2022年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydroneopterin aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1793
ポリマ－13,9531
非ポリマー2252
水2,414134
1
A: Dihydroneopterin aldolase
ヘテロ分子

A: Dihydroneopterin aldolase
ヘテロ分子

A: Dihydroneopterin aldolase
ヘテロ分子

A: Dihydroneopterin aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,71412
ポリマ－55,8134
非ポリマー9018
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area9720 Å2
ΔGint10 kcal/mol
Surface area21540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.081, 68.081, 57.404
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Space group name HallI4
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#7: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-313-

HOH

21A-384-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Dihydroneopterin aldolase


分子量: 13953.307 Da / 分子数: 1 / 断片: Full-length / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori G27 (ピロリ菌)
株: G27 / 遺伝子: HPG27_1434 / プラスミド: pJT250 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RIPL / 参照: UniProt: B5Z9C8
#2: 化合物 ChemComp-PE0 / PTERINE / プテリン


分子量: 163.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5N5O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.24 % / Mosaicity: 1.601 ° / Mosaicity esd: 0.012 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: (NH4)2SO4, NaCl, etc.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→30 Å / Num. obs: 21197 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 14.1 % / Biso Wilson estimate: 22.81 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.136 / Χ2: 0.96 / Net I/av σ(I): 17.45 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allΧ2% possible all
1.49-1.549.41.1917690.5470.8410.6520.82282.6
1.54-1.6112.92.3321710.7720.9340.4140.918100
1.61-1.6814.13.6121090.8730.9660.2760.951100
1.68-1.7714.45.3921640.940.9840.1780.994100
1.77-1.8814.78.5221490.9890.9970.1030.99100
1.88-2.0214.913.1121600.9890.9970.0590.986100
2.02-2.2315.115.8121570.9920.9980.0440.97100
2.23-2.5515.217.5321650.9920.9980.0380.992100
2.55-3.2115.117.8121610.9940.9980.0340.967100
3.21-3014.820.0421920.9930.9980.0280.93999.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2O90

2o90


解像度: 1.49→26.9 Å / SU ML: 0.2427 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 31.421
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2304 1004 4.74 %Random selection
Rwork0.1974 20165 --
obs0.199 21169 98.58 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.49→26.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数947 0 16 134 1097
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00811101
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99051491
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0816170
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062186
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6578439
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.49-1.570.44611280.38352639X-RAY DIFFRACTION90.54
1.57-1.670.30261420.28382896X-RAY DIFFRACTION99.97
1.67-1.80.28971440.26092926X-RAY DIFFRACTION99.97
1.8-1.980.27071440.24372897X-RAY DIFFRACTION99.97
1.98-2.260.25721460.21342926X-RAY DIFFRACTION100
2.26-2.850.24691510.20722928X-RAY DIFFRACTION100
2.85-26.90.18521490.15592953X-RAY DIFFRACTION99.58

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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