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- PDB-8ev2: Dual Modulators -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ev2
タイトルDual Modulators
要素
  • Estrogen receptor
  • Nuclear receptor coactivator 2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / ER-alpha / ligand complex / carbonic anhydrase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / nuclear estrogen receptor activity / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis ...regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / nuclear estrogen receptor activity / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / prostate epithelial cord elongation / epithelial cell development / locomotor rhythm / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / uterus development / mammary gland branching involved in pregnancy / vagina development / aryl hydrocarbon receptor binding / TFIIB-class transcription factor binding / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / steroid hormone receptor signaling pathway / regulation of lipid metabolic process / androgen metabolic process / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / cellular response to estrogen stimulus / mammary gland alveolus development / estrogen response element binding / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / transcription regulator inhibitor activity / Nuclear signaling by ERBB4 / cellular response to hormone stimulus / Recycling of bile acids and salts / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / protein localization to chromatin / estrogen receptor signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of adipose tissue development / steroid binding / : / 14-3-3 protein binding / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / TBP-class protein binding / regulation of cellular response to insulin stimulus / nitric-oxide synthase regulator activity / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / negative regulation of miRNA transcription / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / ESR-mediated signaling / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / transcription coregulator binding / response to progesterone / transcription corepressor binding / nuclear receptor binding / nuclear estrogen receptor binding / negative regulation of smoothened signaling pathway / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / stem cell differentiation / SUMOylation of intracellular receptors / cellular response to estradiol stimulus / circadian regulation of gene expression / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / transcription coactivator binding / euchromatin / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / beta-catenin binding / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / RNA polymerase II transcription regulator complex / response to estrogen / nuclear receptor activity / positive regulation of fibroblast proliferation / male gonad development / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / Regulation of RUNX2 expression and activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / Ovarian tumor domain proteases / : / response to estradiol / PIP3 activates AKT signaling / HATs acetylate histones / ATPase binding / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 ...Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / : / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LYQ / Chem-WVE / Estrogen receptor / Nuclear receptor coactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Tinivella, A. / Nwachukwu, J.C. / Angeli, A. / Foschi, F. / Benatti, A.L. / Pinzi, L. / Izard, T. / Ferraroni, M. / Rangarajan, E.S. / Christodoulou, M. ...Tinivella, A. / Nwachukwu, J.C. / Angeli, A. / Foschi, F. / Benatti, A.L. / Pinzi, L. / Izard, T. / Ferraroni, M. / Rangarajan, E.S. / Christodoulou, M. / Passarella, D. / Supuran, C. / Nettles, K.W. / Rastelli, G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Design, synthesis, biological evaluation and crystal structure determination of dual modulators of carbonic anhydrases and estrogen receptors.
著者: Tinivella, A. / Nwachukwu, J.C. / Angeli, A. / Foschi, F. / Benatti, A.L. / Pinzi, L. / Izard, T. / Ferraroni, M. / Erumbi, R. / Christodoulou, M.S. / Passarella, D. / Supuran, C.T. / Nettles, K.W. / Rastelli, G.
履歴
登録2022年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen receptor
B: Estrogen receptor
C: Nuclear receptor coactivator 2
D: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,79012
ポリマ－61,7594
非ポリマー3,0318
水1,31573
1
A: Estrogen receptor
C: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3956
ポリマ－30,8792
非ポリマー1,5154
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1040 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area11090 Å2
手法PISA
2
B: Estrogen receptor
D: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3956
ポリマ－30,8792
非ポリマー1,5154
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area850 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.964, 81.769, 58.555
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.040, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 306 - 548 / Label seq-ID: 9 - 251

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Estrogen receptor / ER / ER-alpha / Estradiol receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 1


分子量: 29299.535 Da / 分子数: 2 / 断片: Ligand binding domain / 変異: Y537S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR1, ESR, NR3A1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03372
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 2 / NCoA-2 / Class E basic helix-loop-helix protein 75 / bHLHe75 / Transcriptional intermediary factor 2 / hTIF2


分子量: 1579.866 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15596
#3: 化合物
ChemComp-LYQ / (3~{a}~{R},4~{S},9~{b}~{S})-4-(2-chloranyl-4-oxidanyl-phenyl)-2,3,3~{a},4,5,9~{b}-hexahydro-1~{H}-cyclopenta[c]quinoline-8-sulfonamide


分子量: 378.873 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H19ClN2O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-WVE / (3aS,4R,9bR)-4-(2-chloro-4-hydroxyphenyl)-2,3,3a,4,5,9b-hexahydro-1H-cyclopenta[c]quinoline-8-sulfonamide


分子量: 378.873 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H19ClN2O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 20-25% PEG 3350, 200 mM MgCl2, 200 mM NaCl, 0.1 M Hepes pH 7
PH範囲: 6.5 - 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.008→54.652 Å / Num. obs: 22425 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 7.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 2.008→2.231 Å / Num. unique obs: 1121 / CC1/2: 0.544

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdbid 2qzo

2qzo


解像度: 2.01→54.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 15.031 / SU ML: 0.195 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.422 / ESU R Free: 0.252 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2479 1132 5 %RANDOM
Rwork0.1928 ---
obs0.1956 21293 70.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 228.67 Å2 / Biso mean: 52.437 Å2 / Biso min: 11.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å2-0 Å2-0.34 Å2
2--0.85 Å20 Å2
3----0.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.01→54.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3810 0 200 73 4083
Biso mean--74.53 38.84 -
残基数----481
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0134195
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0174007
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3621.7055704
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2021.6149261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6355481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.99722.188192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.84715765
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.271524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1960.2535
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024425
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02823
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 7160 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.01→2.061 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.583 1 -
Rwork0.369 28 -
obs--1.24 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.58546.8032-4.98788.4595-8.901914.050.1249-0.1070.44130.5727-0.01330.2198-1.1929-0.0422-0.11160.3252-0.1804-0.12170.3386-0.13670.414316.56121.51732.271
22.08613.54792.40649.15663.75558.00280.3043-0.4172-0.12510.3965-0.61550.62791.019-0.42790.31120.1941-0.0493-0.03210.27220.07570.3751-3.97-0.9534.197
34.54280.1787-0.94312.7027-1.7155.11740.08670.03240.20540.12340.11870.1415-0.324-0.1853-0.20550.02090.01270.0120.0132-0.00480.10850.16511.71525.358
49.4273-2.1538-7.15521.533-0.912111.8236-0.4955-0.3215-0.4262-0.24290.0512-0.0021.43810.2660.44430.40310.0281-0.020.07610.13010.33294.684-6.13429.275
54.92231.1371-1.06625.5787-0.4464.5003-0.1187-0.0766-0.3769-0.3322-0.0941-0.14230.48760.33410.21280.06950.0450.02230.04690.00850.06599.0423.92621.076
64.6110.07240.39352.8025-0.20564.93910.0736-0.35810.1626-0.0322-0.2052-0.146-0.05230.50660.13150.0027-0.00980.00630.11160.02240.056515.69811.08919.641
713.53843.1027-4.13369.0125-5.00413.2523-0.44720.3022-0.5394-1.26420.12420.51590.3281-0.9570.3230.2025-0.021-0.09170.3482-0.00590.3107-10.5768.32618.99
86.38962.34076.78742.7970.94968.68140.33070.4126-0.43060.1104-0.3153-0.77680.46471.2694-0.01540.2540.24490.10380.99080.08610.445933.6956.1591.279
98.5799-0.08631.2694.1569-1.85699.2066-0.3280.25320.5865-0.43210.17670.5337-0.4657-0.9920.15130.3897-0.06980.02610.2945-00.266211.87613.754-15.774
1012.7238-6.13757.3446.9242-2.95289.9873-0.47210.0918-0.18310.09810.28890.20380.4743-0.48050.18320.2347-0.04280.10880.120.03490.126912.0465.314-10.612
113.3976-2.07190.75228.1439-0.97955.09110.01160.0345-0.3134-0.3695-0.2256-0.15090.92240.05550.2140.35070.08180.09920.05020.02560.0816.9951.772-0.177
126.4255-3.0745-2.98726.9529-2.229411.1331-0.3510.2940.658-0.38640.1934-0.2562-1.2318-0.27570.15750.537-0.0159-0.10390.1240.11620.237412.18921.567-8.003
1322.9173-2.475-8.28493.3784-2.597310.84480.18661.19260.7730.00130.21330.3868-0.117-1.3114-0.39990.47190.1733-0.10890.4760.06950.59821.20119.487-8.074
1420.59891.47052.54134.6046-0.33185.2554-0.2134-0.01440.6202-0.0396-0.03690.1992-0.6425-0.32380.25030.33580.08170.02870.03910.03070.16419.2920.3632.156
153.75492.4525-0.303110.7872-1.00466.5448-0.28870.02430.1478-0.4079-0.1073-0.3094-0.01420.89740.3960.11920.01750.02450.13910.060.079222.49311.1263.214
1611.7306-2.58681.16192.71350.01920.15930.138-0.7146-0.58040.0502-0.08020.24330.0701-0.0847-0.05780.39970.02180.05030.25790.04050.2216.42-5.48112.235
175.00463.81120.457210.59333.61017.6667-0.16220.0243-0.2994-0.0019-0.1555-0.48950.3941.1980.31770.04170.09190.08090.38310.13180.257528.7047.39210.525
1813.24875.20755.26755.33422.27927.0087-0.230.1668-0.049-0.35430.11770.1369-0.1658-0.07090.11240.07750.0220.03140.08140.04680.072412.14111.7117.664
1911.6414-0.2392-0.61528.80121.58386.853-0.1967-0.0871-0.41210.50450.24990.53240.2303-0.8844-0.05320.4823-0.11990.0280.2952-0.05570.37013.761-1.626-6.098
2012.11262.8768-0.530812.55490.18860.10810.04820.06160.4083-0.2591-0.08840.4146-0.0261-0.13270.04020.18690.0629-0.00910.2288-0.0330.2918-7.75620.87825.369
2124.2528-10.180415.22494.8287-9.563327.69840.05660.0655-1.0258-0.0660.02110.33060.2667-0.208-0.07770.35620.00410.08680.0289-0.02720.342315.4-7.254-7.62
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A305 - 321
2X-RAY DIFFRACTION2A322 - 338
3X-RAY DIFFRACTION3A339 - 394
4X-RAY DIFFRACTION4A395 - 412
5X-RAY DIFFRACTION5A413 - 472
6X-RAY DIFFRACTION6A473 - 531
7X-RAY DIFFRACTION7A532 - 548
8X-RAY DIFFRACTION8B306 - 321
9X-RAY DIFFRACTION9B322 - 338
10X-RAY DIFFRACTION10B339 - 363
11X-RAY DIFFRACTION11B364 - 394
12X-RAY DIFFRACTION12B395 - 407
13X-RAY DIFFRACTION13B408 - 421
14X-RAY DIFFRACTION14B422 - 438
15X-RAY DIFFRACTION15B439 - 455
16X-RAY DIFFRACTION16B456 - 469
17X-RAY DIFFRACTION17B470 - 496
18X-RAY DIFFRACTION18B497 - 531
19X-RAY DIFFRACTION19B536 - 548
20X-RAY DIFFRACTION20C568 - 576
21X-RAY DIFFRACTION21D569 - 574

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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