+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ev2 | ||||||
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Title | Dual Modulators | ||||||
Components |
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Keywords | DNA BINDING PROTEIN / ER-alpha / ligand complex / carbonic anhydrase | ||||||
Function / homology | Function and homology information regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity ...regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / epithelial cell development / prostate epithelial cord elongation / locomotor rhythm / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / mammary gland branching involved in pregnancy / uterus development / vagina development / aryl hydrocarbon receptor binding / TFIIB-class transcription factor binding / regulation of lipid metabolic process / androgen metabolic process / steroid hormone receptor signaling pathway / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / mammary gland alveolus development / estrogen receptor signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / estrogen response element binding / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / : / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Nuclear signaling by ERBB4 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / Recycling of bile acids and salts / cellular response to hormone stimulus / protein localization to chromatin / 14-3-3 protein binding / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / RORA activates gene expression / TBP-class protein binding / nitric-oxide synthase regulator activity / steroid binding / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / regulation of cellular response to insulin stimulus / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / ESR-mediated signaling / transcription corepressor binding / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / negative regulation of miRNA transcription / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / cellular response to estradiol stimulus / transcription coregulator binding / response to progesterone / stem cell differentiation / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / SUMOylation of intracellular receptors / euchromatin / mRNA transcription by RNA polymerase II / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / beta-catenin binding / transcription coactivator binding / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / response to estrogen / RNA polymerase II transcription regulator complex / Regulation of RUNX2 expression and activity / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / nuclear receptor activity / male gonad development / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of fibroblast proliferation / Ovarian tumor domain proteases / Circadian Clock / PIP3 activates AKT signaling / response to estradiol / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / HATs acetylate histones / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / ATPase binding / regulation of inflammatory response / fibroblast proliferation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.01 Å | ||||||
Authors | Tinivella, A. / Nwachukwu, J.C. / Angeli, A. / Foschi, F. / Benatti, A.L. / Pinzi, L. / Izard, T. / Ferraroni, M. / Rangarajan, E.S. / Christodoulou, M. ...Tinivella, A. / Nwachukwu, J.C. / Angeli, A. / Foschi, F. / Benatti, A.L. / Pinzi, L. / Izard, T. / Ferraroni, M. / Rangarajan, E.S. / Christodoulou, M. / Passarella, D. / Supuran, C. / Nettles, K.W. / Rastelli, G. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Eur.J.Med.Chem. / Year: 2022 Title: Design, synthesis, biological evaluation and crystal structure determination of dual modulators of carbonic anhydrases and estrogen receptors. Authors: Tinivella, A. / Nwachukwu, J.C. / Angeli, A. / Foschi, F. / Benatti, A.L. / Pinzi, L. / Izard, T. / Ferraroni, M. / Erumbi, R. / Christodoulou, M.S. / Passarella, D. / Supuran, C.T. / ...Authors: Tinivella, A. / Nwachukwu, J.C. / Angeli, A. / Foschi, F. / Benatti, A.L. / Pinzi, L. / Izard, T. / Ferraroni, M. / Erumbi, R. / Christodoulou, M.S. / Passarella, D. / Supuran, C.T. / Nettles, K.W. / Rastelli, G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8ev2.cif.gz | 217.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8ev2.ent.gz | 173.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8ev2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8ev2_validation.pdf.gz | 2.8 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8ev2_full_validation.pdf.gz | 2.8 MB | Display | |
Data in XML | 8ev2_validation.xml.gz | 24.8 KB | Display | |
Data in CIF | 8ev2_validation.cif.gz | 31.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/8ev2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/8ev2 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8ev1C 2qzoS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 306 - 548 / Label seq-ID: 9 - 251
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-Components
#1: Protein | Mass: 29299.535 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Ligand binding domain / Mutation: Y537S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ESR1, ESR, NR3A1 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P03372 #2: Protein/peptide | Mass: 1579.866 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q15596 #3: Chemical | ChemComp-LYQ / ( #4: Chemical | ChemComp-WVE / ( #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.95 Å3/Da / Density % sol: 37 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: evaporation Details: 20-25% PEG 3350, 200 mM MgCl2, 200 mM NaCl, 0.1 M Hepes pH 7 PH range: 6.5 - 8.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-BM / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Jul 18, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.008→54.652 Å / Num. obs: 22425 / % possible obs: 92.5 % / Redundancy: 7.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 13.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.008→2.231 Å / Num. unique obs: 1121 / CC1/2: 0.544 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: pdbid 2qzo Resolution: 2.01→54.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 15.031 / SU ML: 0.195 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.422 / ESU R Free: 0.252 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.7 Å / Shrinkage radii: 0.7 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 228.67 Å2 / Biso mean: 52.437 Å2 / Biso min: 11.84 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.01→54.65 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 7160 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 2.01→2.061 Å / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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