+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8eud | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Co-crystal structure of Chaetomium glucosidase with compound 22 | ||||||
要素 | Chaetomium alpha glucosidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE/INHIBITOR / alpha glucosidase I / Hydrolase / Inhibitor complex / HYDROLASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mannosyl-oligosaccharide glucosidase / Glc3Man9GlcNAc2 oligosaccharide glucosidase activity / oligosaccharide metabolic process / protein N-linked glycosylation / endoplasmic reticulum membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermochaetoides thermophila (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.37 Å | ||||||
データ登録者 | Karade, S.S. / Mariuzza, R.A. | ||||||
資金援助 | 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023 タイトル: Structure-Based Design of Potent Iminosugar Inhibitors of Endoplasmic Reticulum alpha-Glucosidase I with Anti-SARS-CoV-2 Activity. 著者: Karade, S.S. / Franco, E.J. / Rojas, A.C. / Hanrahan, K.C. / Kolesnikov, A. / Yu, W. / MacKerell Jr., A.D. / Hill, D.C. / Weber, D.J. / Brown, A.N. / Treston, A.M. / Mariuzza, R.A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8eud.cif.gz | 328.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8eud.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8eud.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8eud_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8eud_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8eud_validation.xml.gz | 60.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8eud_validation.cif.gz | 85.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/8eud ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/8eud | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7r6jC 7rd2C 7revC 8e3jC 8e3pC 8e4iC 8e4kC 8e4zC 8e5uC 8e6gC 8ecwC 8egvC 8ehpC 8eidC 8eknC 8eleC 8epjC 8epoC 8eprC 8eq7C 8eqxC 8er4C 8etlC 8etoC 8eurC 8eutC 8euxC 7t6wS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 93319.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0061620 / 細胞株 (発現宿主): Expi-HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: G0SFD1 #5: 糖 | ChemComp-NAG / | |
---|
-非ポリマー , 5種, 537分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 化合物 | ChemComp-BTB / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.98 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 Bis Tris pH 6.5, 1.6-2.0 M Ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月4日 |
放射 | モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.37→46.66 Å / Num. obs: 86752 / % possible obs: 99.39 % / 冗長度: 12.8 % / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rpim(I) all: 0.03792 / Net I/σ(I): 15.35 |
反射 シェル | 解像度: 2.37→2.46 Å / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.515 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 8488 / CC1/2: 0.956 / CC star: 0.989 / Rpim(I) all: 0.1464 / % possible all: 98.08 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7T6W 解像度: 2.37→46.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 6.652 / SU ML: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.274 / ESU R Free: 0.219 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 147.07 Å2 / Biso mean: 29.125 Å2 / Biso min: 11.97 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.37→46.66 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.375→2.437 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
|