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万見
- PDB-8esv: Structure of human ADAM10-Tspan15 complex bound to 11G2 vFab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8esv
タイトルStructure of human ADAM10-Tspan15 complex bound to 11G2 vFab
要素
  • 11G2 Fab Heavy Chain
  • 11G2 Fab Light Chain
  • Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 10
  • Tetraspanin-15
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Protease / Metalloprotease / Tetraspanin / Sheddase / Adhesion
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / ADAM10 endopeptidase / constitutive protein ectodomain proteolysis / regulation of vasculature development / epidermal growth factor receptor ligand maturation / monocyte activation / metalloendopeptidase activity involved in amyloid precursor protein catabolic process / postsynapse organization / Constitutive Signaling by NOTCH1 t(7;9)(NOTCH1:M1580_K2555) Translocation Mutant / protein catabolic process at postsynapse ...regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / ADAM10 endopeptidase / constitutive protein ectodomain proteolysis / regulation of vasculature development / epidermal growth factor receptor ligand maturation / monocyte activation / metalloendopeptidase activity involved in amyloid precursor protein catabolic process / postsynapse organization / Constitutive Signaling by NOTCH1 t(7;9)(NOTCH1:M1580_K2555) Translocation Mutant / protein catabolic process at postsynapse / pore complex assembly / perinuclear endoplasmic reticulum / positive regulation of T cell chemotaxis / regulation of Notch signaling pathway / tetraspanin-enriched microdomain / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / metallodipeptidase activity / negative regulation of cell adhesion / adherens junction organization / regulation of postsynapse organization / clathrin-coated vesicle / Golgi-associated vesicle / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / cochlea development / Signaling by EGFR / pore complex / amyloid precursor protein catabolic process / Collagen degradation / tertiary granule membrane / membrane protein ectodomain proteolysis / response to tumor necrosis factor / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / extracellular matrix disassembly / negative regulation of Notch signaling pathway / specific granule membrane / Notch signaling pathway / Degradation of the extracellular matrix / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / protein maturation / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / protein localization to plasma membrane / integrin-mediated signaling pathway / adherens junction / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Post-translational protein phosphorylation / synaptic membrane / protein processing / metalloendopeptidase activity / SH3 domain binding / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / metallopeptidase activity / integrin binding / late endosome membrane / cell junction / cell-cell signaling / positive regulation of cell growth / endopeptidase activity / in utero embryonic development / postsynaptic density / nuclear body / positive regulation of cell migration / protein phosphorylation / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / axon / Golgi membrane / signaling receptor binding / negative regulation of gene expression / focal adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of cell population proliferation / dendrite / Neutrophil degranulation / protein kinase binding / glutamatergic synapse / enzyme binding / cell surface / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular exosome / metal ion binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Metallo-peptidase family M12B Reprolysin-like / ADAM10, cysteine-rich domain / Tetraspanin, animals / Tetraspanin, EC2 domain superfamily / Tetraspanin/Peripherin / Tetraspanin family / ADAM10/ADAM17 catalytic domain / : / Disintegrin ...: / Metallo-peptidase family M12B Reprolysin-like / ADAM10, cysteine-rich domain / Tetraspanin, animals / Tetraspanin, EC2 domain superfamily / Tetraspanin/Peripherin / Tetraspanin family / ADAM10/ADAM17 catalytic domain / : / Disintegrin / Disintegrin domain profile. / Homologues of snake disintegrins / Disintegrin domain / Disintegrin domain superfamily / Peptidase M12B, ADAM/reprolysin / ADAM type metalloprotease domain profile. / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BAT / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 10 / Tetraspanin-15
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Lipper, C.H. / Blacklow, S.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R35 CA220340 米国
Other privateGift from Edward B. Goodnow
引用ジャーナル: Cell / 年: 2023
タイトル: Structural basis for membrane-proximal proteolysis of substrates by ADAM10.
著者: Colin H Lipper / Emily D Egan / Khal-Hentz Gabriel / Stephen C Blacklow /
要旨: The endopeptidase ADAM10 is a critical catalyst for the regulated proteolysis of key drivers of mammalian development, physiology, and non-amyloidogenic cleavage of APP as the primary α-secretase. ...The endopeptidase ADAM10 is a critical catalyst for the regulated proteolysis of key drivers of mammalian development, physiology, and non-amyloidogenic cleavage of APP as the primary α-secretase. ADAM10 function requires the formation of a complex with a C8-tetraspanin protein, but how tetraspanin binding enables positioning of the enzyme active site for membrane-proximal cleavage remains unknown. We present here a cryo-EM structure of a vFab-ADAM10-Tspan15 complex, which shows that Tspan15 binding relieves ADAM10 autoinhibition and acts as a molecular measuring stick to position the enzyme active site about 20 Å from the plasma membrane for membrane-proximal substrate cleavage. Cell-based assays of N-cadherin shedding establish that the positioning of the active site by the interface between the ADAM10 catalytic domain and the bound tetraspanin influences selection of the preferred cleavage site. Together, these studies reveal the molecular mechanism underlying ADAM10 proteolysis at membrane-proximal sites and offer a roadmap for its modulation in disease.
履歴
登録2022年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年8月16日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.32023年8月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 10
B: Tetraspanin-15
H: 11G2 Fab Heavy Chain
L: 11G2 Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,65212
ポリマ－143,5394
非ポリマー3,1138
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 10 / ADAM 10 / CDw156 / Kuzbanian protein homolog / Mammalian disintegrin-metalloprotease


分子量: 60477.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADAM10, KUZ, MADM / プラスミド: pRK5M / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O14672, ADAM10 endopeptidase
#2: タンパク質 Tetraspanin-15 / Tspan-15 / Tetraspan NET-7 / Transmembrane 4 superfamily member 15


分子量: 34740.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TSPAN15, NET7, TM4SF15, UNQ677/PRO1311 / プラスミド: pcDNA3.1/Hygro(+) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95858

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#3: 抗体 11G2 Fab Heavy Chain


分子量: 24135.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pFUSE-hIgG1-Fc2
詳細 (発現宿主): Heavy and light chain in same vector with P2A sequence
細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 11G2 Fab Light Chain


分子量: 24185.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pFUSE-hIgG1-Fc2
詳細 (発現宿主): Heavy and light chain in same vector with P2A sequence
細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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糖 , 3種, 3分子

#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 5分子

#8: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#9: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#10: 化合物 ChemComp-BAT / 4-(N-HYDROXYAMINO)-2R-ISOBUTYL-2S-(2-THIENYLTHIOMETHYL)SUCCINYL-L-PHENYLALANINE-N-METHYLAMIDE / BATIMASTAT / BB94 / バチマスタット


分子量: 477.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H31N3O4S2 / コメント: 阻害剤*YM
#11: 化合物 ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト


分子量: 486.726 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1ADAM10-Tspan15-11G2 Fab complexCOMPLEX#1-#40RECOMBINANT
2Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 10 (E.C.3.4.24.81), Tetraspanin-15COMPLEX#1-#21RECOMBINANT
311G2 Fab Heavy Chain, 11G2 Fab Light ChainCOMPLEX#3-#41RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Homo sapiens (ヒト)9606
23Mus musculus (ハツカネズミ)10090
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID細胞
12Homo sapiens (ヒト)9606Expi293F
23Homo sapiens (ヒト)9606Expi293F
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPES1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
30.03 %glyco-diosgenin (GDN)1
40.003 %cholesteryl hemisuccinate1
試料濃度: 2.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K / 詳細: Blot for 7 seconds with a blot force of 15

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.3 sec. / 電子線照射量: 51.99 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10037

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC3.3.1粒子像選択
2SerialEM画像取得
4cryoSPARC3.3.1CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10cryoSPARC3.3.1初期オイラー角割当
11cryoSPARC3.3.1最終オイラー角割当
12cryoSPARC3.3.1分類
13cryoSPARC3.3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 178031 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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