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万見
- PDB-8ess: Myoglobin variant Mb-cIII complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ess
タイトルMyoglobin variant Mb-cIII complex
要素Myoglobin
キーワードOXYGEN STORAGE / HEME / METALLOPROTEIN / MYOGLOBIN / DIAZOKETONE
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Myoglobin / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-WRK / Myoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Physeter catodon (マッコウクジラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Bacik, J.P. / Fasan, R. / Ando, N.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Mechanistic manifold in a hemoprotein-catalyzed cyclopropanation reaction with diazoketone.
著者: Nam, D. / Bacik, J.P. / Khade, R.L. / Aguilera, M.C. / Wei, Y. / Villada, J.D. / Neidig, M.L. / Zhang, Y. / Ando, N. / Fasan, R.
履歴
登録2022年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3906
ポリマ－17,2561
非ポリマー1,1345
水4,017223
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.701, 90.701, 45.451
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number168
Space group name H-MP6
Space group name HallP6
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z
#3: y,-x+y,z
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-490-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Myoglobin


分子量: 17256.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Physeter catodon (マッコウクジラ)
遺伝子: MB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02185
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-WRK / [2,18-bis(2-carboxyethyl)-7,12-diethenyl-3,8,13,17-tetramethyl-21-(2-oxo-3-phenylpropyl)porphyrin-21-iumato(2-)-kappa~3~N~22~,N~23~,N~24~]iron(2+)


分子量: 749.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H41FeN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.67 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: Mb(H64G,V68A) at 2.5 mM in 20 mM Tris-HCl pH 8.4, 1 mM EDTA, was mixed with an equal volume of reservoir solution (200 mM Tris-HCl pH 8.9 and 2.4 M ammonium sulfate) to perform hanging-drop ...詳細: Mb(H64G,V68A) at 2.5 mM in 20 mM Tris-HCl pH 8.4, 1 mM EDTA, was mixed with an equal volume of reservoir solution (200 mM Tris-HCl pH 8.9 and 2.4 M ammonium sulfate) to perform hanging-drop vapor diffusion crystallization. A crystal was transferred from the drop it was grown in to another 4 uL drop containing well solution with the addition of 10% glycerol. The drop was overlaid with 4 uL mineral oil. A micropipette tip was dipped in sodium dithionite powder and the tip was then slowly submerged into the drop to allow the dithionite crystals to be released. 1 uL of benzyl diazoketone at 500 mM (dissolved in isopropanol) was then added to the drop for a final concentration of 100 mM, then incubated for an additional 22.5 minutes. The crystal was then looped and flash-frozen in liquid nitrogen.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→39.34 Å / Num. obs: 42175 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.2 % / Biso Wilson estimate: 16.52 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.016 / Net I/σ(I): 27.2
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / Rmerge(I) obs: 1.742 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2160 / CC1/2: 0.714 / Rpim(I) all: 0.398

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6M8F

6m8f


解像度: 1.4→39.34 Å / SU ML: 0.1297 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.3517 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1781 2119 5.02 %
Rwork0.1517 40053 -
obs0.1531 42172 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→39.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1183 0 73 223 1479
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00981295
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02181753
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0715183
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009259
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d28.0441500
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.430.2421310.19852666X-RAY DIFFRACTION100
1.43-1.470.19641280.17472666X-RAY DIFFRACTION100
1.47-1.510.21221290.15122687X-RAY DIFFRACTION100
1.51-1.550.19731340.14782619X-RAY DIFFRACTION100
1.55-1.60.18381260.14462687X-RAY DIFFRACTION100
1.6-1.660.16881640.13372598X-RAY DIFFRACTION100
1.66-1.730.19311270.14032696X-RAY DIFFRACTION99.96
1.73-1.80.20111280.14072683X-RAY DIFFRACTION100
1.8-1.90.16431560.14062637X-RAY DIFFRACTION99.93
1.9-2.020.1611290.14712698X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.170.19061390.14322663X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.390.17711400.14082675X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.740.151680.15472655X-RAY DIFFRACTION100
2.74-3.450.18531840.15932642X-RAY DIFFRACTION99.82
3.45-39.340.17841360.15732781X-RAY DIFFRACTION99.97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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