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- PDB-8erw: Precisely patterned nanofibers made from extendable protein multi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8erw
タイトルPrecisely patterned nanofibers made from extendable protein multiplexes
要素C2HR4_8r
キーワードDE NOVO PROTEIN / de novo design / nanofibers
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Bick, M.J. / Parmeggiani, F. / Bethel, N.P. / Sankaran, B. / Baker, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nat Chem / 年: 2023
タイトル: Precisely patterned nanofibres made from extendable protein multiplexes.
著者: Neville P Bethel / Andrew J Borst / Fabio Parmeggiani / Matthew J Bick / T J Brunette / Hannah Nguyen / Alex Kang / Asim K Bera / Lauren Carter / Marcos C Miranda / Ryan D Kibler / Mila Lamb ...著者: Neville P Bethel / Andrew J Borst / Fabio Parmeggiani / Matthew J Bick / T J Brunette / Hannah Nguyen / Alex Kang / Asim K Bera / Lauren Carter / Marcos C Miranda / Ryan D Kibler / Mila Lamb / Xinting Li / Banumathi Sankaran / David Baker /
要旨: Molecular systems with coincident cyclic and superhelical symmetry axes have considerable advantages for materials design as they can be readily lengthened or shortened by changing the length of the ...Molecular systems with coincident cyclic and superhelical symmetry axes have considerable advantages for materials design as they can be readily lengthened or shortened by changing the length of the constituent monomers. Among proteins, alpha-helical coiled coils have such symmetric, extendable architectures, but are limited by the relatively fixed geometry and flexibility of the helical protomers. Here we describe a systematic approach to generating modular and rigid repeat protein oligomers with coincident C to C and superhelical symmetry axes that can be readily extended by repeat propagation. From these building blocks, we demonstrate that a wide range of unbounded fibres can be systematically designed by introducing hydrophilic surface patches that force staggering of the monomers; the geometry of such fibres can be precisely tuned by varying the number of repeat units in the monomer and the placement of the hydrophilic patches.
履歴
登録2022年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C2HR4_8r
B: C2HR4_8r


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4942
ポリマ－58,4942
非ポリマー00
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4220 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area17670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.318, 55.380, 145.134
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 C2HR4_8r


分子量: 29246.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.27 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1:1 mixture of protein solution and crystallization solution consisting of 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 25%(w/v) PEG 3000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid nitrogen vapor stream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月5日
放射モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.88→50 Å / Num. obs: 10228 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 84.54 Å2 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.125 / Χ2: 0.927 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.88→2.94 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.18 / Num. unique obs: 134 / CC1/2: 0.667 / CC star: 0.894 / Rpim(I) all: 0.386 / Rrim(I) all: 0.776 / Χ2: 0.407 / % possible all: 89.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.02 Å43.99 Å
Translation4.02 Å43.99 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-20002.3.10データ削減
HKL-20002.3.10データスケーリング
PHASER2.7.18位相決定
PHENIX1.19.1-4122-000精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Computational design model

解像度: 2.88→43.99 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2864 1028 10.14 %
Rwork0.2613 9108 -
obs0.2641 10136 95.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 168.62 Å2 / Biso mean: 85.5266 Å2 / Biso min: 43.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.88→43.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3148 0 0 9 3157
Biso mean---71.98 -
残基数----509
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.88-3.030.33841380.30271189132790
3.03-3.220.30851460.26871316146299
3.22-3.470.43771450.33741294143997
3.47-3.820.34441430.29311296143997
3.82-4.370.24431530.22621304145796
4.37-5.510.25041510.24551352150397
5.51-43.990.2631520.25271357150993

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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