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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8er4 | ||||||
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タイトル | Co-crystal structure of Chaetomium glucosidase with compound 23 | ||||||
要素 | Chaetomium alpha glucosidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE/INHIBITOR / alpha glucosidase I / Hydrolase (加水分解酵素) / Inhibitor complex (酵素阻害剤) / HYDROLASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mannosyl-oligosaccharide glucosidase / Glc3Man9GlcNAc2 oligosaccharide glucosidase activity / oligosaccharide metabolic process / protein N-linked glycosylation / endoplasmic reticulum membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermochaetoides thermophila (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Karade, S.S. / Mariuzza, R.A. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023 タイトル: Structure-Based Design of Potent Iminosugar Inhibitors of Endoplasmic Reticulum alpha-Glucosidase I with Anti-SARS-CoV-2 Activity. 著者: Karade, S.S. / Franco, E.J. / Rojas, A.C. / Hanrahan, K.C. / Kolesnikov, A. / Yu, W. / MacKerell Jr., A.D. / Hill, D.C. / Weber, D.J. / Brown, A.N. / Treston, A.M. / Mariuzza, R.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8er4.cif.gz | 324.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8er4.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8er4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/8er4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/8er4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7r6jC 7rd2C 7revC 8e3jC 8e3pC 8e4iC 8e4kC 8e4zC 8e5uC 8e6gC 8ecwC 8egvC 8ehpC 8eidC 8eknC 8eleC 8epjC 8epoC 8eprC 8eq7C 8eqxC 8etlC 8etoC 8eudC 8eurC 8eutC 8euxC 7t6wS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 93319.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0061620 / 細胞株 (発現宿主): Expi-HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: G0SFD1 #5: 糖 | ChemComp-NAG / | |
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-非ポリマー , 5種, 335分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 化合物 | ChemComp-BTB / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.21 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 Bis Tris pH 6.5, 1.6-2.0 M Ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月4日 |
放射 | モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→46.8 Å / Num. obs: 96056 / % possible obs: 97.51 % / 冗長度: 8.8 % / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08747 / Rpim(I) all: 0.0312 / Net I/σ(I): 13.97 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.5998 / Mean I/σ(I) obs: 2.46 / Num. unique obs: 8921 / CC1/2: 0.916 / Rpim(I) all: 0.2078 / % possible all: 92.96 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7T6W 解像度: 2.3→46.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 7.504 / SU ML: 0.175 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.256 / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 132.91 Å2 / Biso mean: 43.007 Å2 / Biso min: 24.41 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→46.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.305→2.365 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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