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- PDB-8eqq: Crystal structure of E.coli DsbA mutant E37A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8eqq
タイトルCrystal structure of E.coli DsbA mutant E37A
要素Thiol:disulfide interchange protein DsbA
キーワードOXIDOREDUCTASE / DsbA mutant / thioredoxin-family protein
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to antibiotic / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Thiol:disulphide interchange protein DsbA/DsbL / : / DSBA-like thioredoxin domain / DSBA-like thioredoxin domain / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Thiol:disulfide interchange protein DsbA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Wang, G. / Heras, B.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1144046 オーストラリア
引用ジャーナル: Antioxidants / 年: 2023
タイトル: A Buried Water Network Modulates the Activity of the Escherichia coli Disulphide Catalyst DsbA.
著者: Wang, G. / Qin, J. / Verderosa, A.D. / Hor, L. / Santos-Martin, C. / Paxman, J.J. / Martin, J.L. / Totsika, M. / Heras, B.
履歴
登録2022年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA
B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA
C: Thiol:disulfide interchange protein DsbA
D: Thiol:disulfide interchange protein DsbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,7666
ポリマ－84,3884
非ポリマー3782
水8,449469
1
A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2862
ポリマ－21,0971
非ポリマー1891
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2862
ポリマ－21,0971
非ポリマー1891
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Thiol:disulfide interchange protein DsbA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0971
ポリマ－21,0971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Thiol:disulfide interchange protein DsbA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0971
ポリマ－21,0971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.840, 81.067, 105.247
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.640, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Thiol:disulfide interchange protein DsbA


分子量: 21096.988 Da / 分子数: 4 / 変異: E37A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: dsbA, dsf, ppfA, b3860, JW3832 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEG4
#2: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 469 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 15-20% PEG8000, 0.1M phosphate-citrate, pH 3.8-4.4, 0.2M NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→49.1 Å / Num. obs: 68997 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 8.5 / Num. measured all: 266008 / Scaling rejects: 3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.01-2.053.81.4331568541570.3870.8371.6650.993.1
9.63-49.13.70.02924556620.9980.0170.03431.398.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FVK

1fvk


解像度: 2.13→49.1 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2308 2799 4.82 %
Rwork0.1843 55235 -
obs0.1865 58034 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 114.11 Å2 / Biso mean: 44.509 Å2 / Biso min: 20.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.13→49.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5896 0 36 469 6401
Biso mean--57.77 45.48 -
残基数----750
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.13-2.170.31941490.286826952844100
2.17-2.210.29751410.270427712912100
2.21-2.250.28521360.239427552891100
2.25-2.290.28161600.241627242884100
2.29-2.340.28041320.228927332865100
2.34-2.40.30241440.222827622906100
2.4-2.460.26531640.213827552919100
2.46-2.530.25731390.199927242863100
2.53-2.60.24241530.19627602913100
2.6-2.680.22711150.190228102925100
2.68-2.780.2361060.198127632869100
2.78-2.890.24381350.195827762911100
2.89-3.020.2811340.202327542888100
3.02-3.180.24971530.204227532906100
3.18-3.380.27091470.191127742921100
3.38-3.640.21981450.176327682913100
3.64-4.010.21761330.15832735286899
4.01-4.590.20221320.14232778291099
4.59-5.780.17291380.154928152953100
5.78-49.10.17811430.16752830297399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.3874-1.25330.4689.54242.3688.52990.159-0.6527-0.37321.2093-0.79550.05730.9534-0.40930.71080.4505-0.14570.14020.5335-0.02110.4059-19.2206-26.58417.263
20.57-0.0394-1.09873.71480.76462.44040.0340.0396-0.0216-0.1402-0.15470.1141-0.2341-0.22050.11020.29550.023-0.04290.309-0.03630.2883-10.7798-15.2076-8.5433
31.0039-0.53690.05563.54261.38792.08220.05850.0253-0.0235-0.1498-0.17130.1008-0.1506-0.22230.09380.21760.0355-0.01220.304-0.04390.2627-11.4428-15.3374-5.3582
44.8639-1.4640.95843.1671-0.85593.33820.19190.01010.0267-0.1514-0.2041-0.24590.30360.28470.02160.44950.0087-0.02060.30520.06850.3056-28.2363-11.41938.7052
54.703-2.9040.80325.40950.78421.62180.31090.2162-0.5629-0.1333-0.21470.50840.3796-0.038-0.07460.5124-0.0569-0.10920.29460.04370.3571-42.3611-24.309941.1712
61.7475-1.04810.91684.0887-0.72332.43130.18660.18950.0455-0.1873-0.2692-0.31760.35340.22490.11180.30550.0204-0.00320.33020.04820.2553-28.4327-15.572939.4369
74.33380.45520.22378.22280.77966.3186-0.17670.36520.464-0.2634-0.140.5757-0.6301-0.76320.37510.25650.0813-0.04390.43380.05210.4731-23.874814.871611.4561
84.25261.21651.05882.87940.23930.75420.0478-0.06870.00750.21190.04170.0059-0.05610.0388-0.0810.28750.0128-0.00130.27290.02860.2612-9.667710.180620.5443
93.15641.3871.27712.61450.90942.67390.0576-0.0069-0.08270.1096-0.1258-0.0098-0.05750.11230.0210.26830.0086-0.02690.24010.01690.27392.44482.172121.646
103.43060.92751.10262.57781.37542.79160.1590.0424-0.31420.3232-0.0941-0.12950.4375-0.0438-0.06740.31290.0130.00990.2635-0.01830.2931-4.4951-6.357315.7268
113.6746-0.8382-0.32835.31820.48615.5615-0.0065-0.14640.36050.07820.0970.4216-0.3692-0.319-0.06260.26290.04880.03460.30720.01550.3755-18.00217.16617.5084
121.5927-1.1691-0.26092.771-1.38971.44620.2048-1.222-0.70981.6243-0.19490.77270.7665-0.8851-0.01931.3477-0.22240.18920.85310.24880.71121.54-13.682365.4678
131.80180.6677-0.78193.72690.9933.10160.033-0.11960.21490.5977-0.09210.39490.0756-0.25790.02880.4864-0.0472-0.00230.36460.03850.3675.4896-1.748951.6801
142.0593-0.6135-0.00673.72771.17023.03920.03680.05420.06540.1389-0.08970.0738-0.09380.0150.02570.3315-0.0443-0.06090.27050.03130.294911.03665.538738.3011
152.38693.24331.25485.40053.78726.9392-0.56550.35571.1706-0.4142-0.1250.7738-1.5925-0.30750.63220.54850.0008-0.14010.32580.04060.47239.634517.961538.2228
162.9806-1.52441.37846.6898-1.13054.76870.0695-0.38830.07940.5633-0.30790.0295-0.27620.09450.10110.4429-0.1057-0.03350.3247-0.0430.284113.840411.607954.2979
173.4008-0.55341.25324.58220.87373.33010.0692-0.6141-0.34720.9899-0.17850.7830.503-0.77050.13480.6773-0.19470.16840.54550.06620.45772.9403-9.227957.6663
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 21 )A1 - 21
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 22 through 97 )A22 - 97
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 98 through 188 )A98 - 188
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 65 )B1 - 65
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 66 through 114 )B66 - 114
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 115 through 188 )B115 - 188
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 1 through 21 )C1 - 21
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 22 through 65 )C22 - 65
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 66 through 115 )C66 - 115
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 116 through 145 )C116 - 145
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 146 through 188 )C146 - 188
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 1 through 11 )D1 - 11
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 12 through 65 )D12 - 65
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 66 through 115 )D66 - 115
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 116 through 128 )D116 - 128
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 129 through 144 )D129 - 144
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 145 through 188 )D145 - 188

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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