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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8eqp | ||||||
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Title | Crystal structure of E.coli DsbA mutant E24A/E37A/K58A | ||||||
![]() | Thiol:disulfide interchange protein DsbA | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / DsbA mutant / thioredoxin-family protein | ||||||
Function / homology | ![]() cellular response to antibiotic / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / outer membrane-bounded periplasmic space Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, G. / Heras, B. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: A Buried Water Network Modulates the Activity of the Escherichia coli Disulphide Catalyst DsbA. Authors: Wang, G. / Qin, J. / Verderosa, A.D. / Hor, L. / Santos-Martin, C. / Paxman, J.J. / Martin, J.L. / Totsika, M. / Heras, B. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 313.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 257.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 478.7 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 485.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 33.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 47.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8eocC ![]() 8eqoC ![]() 8eqqC ![]() 8eqrC ![]() 1fvkS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 20980.852 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: E24A, E37A, K58A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.09 Å3/Da / Density % sol: 60.19 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 15-20% PEG8000, 0.1M phosphate-citrate, pH 3.8-4.4, 0.2M NaCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Oct 4, 2022 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→105.53 Å / Num. obs: 59879 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 3.7 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.074 / Rrim(I) all: 0.143 / Net I/σ(I): 6.3 / Num. measured all: 219355 / Scaling rejects: 51 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1fvk Resolution: 2.3→61.14 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.82 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 94.92 Å2 / Biso mean: 33.7145 Å2 / Biso min: 15.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.3→61.14 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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