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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8eqk | |||||||||||||||
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タイトル | Human PU.1 ETS-Domain (165-270) Bound to d(AATAACCGGAAGTGGG) | |||||||||||||||
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![]() | TRANSCRIPTION/DNA / transcription factor / protein-DNA complex / ETS family / ETS / PU.1 / TRANSCRIPTION-DNA complex | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of antifungal innate immune response / regulation of myeloid progenitor cell differentiation / pro-T cell differentiation / negative regulation of neutrophil degranulation / myeloid leukocyte differentiation / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / endothelial to hematopoietic transition / negative regulation of adipose tissue development / pericyte cell differentiation ...positive regulation of antifungal innate immune response / regulation of myeloid progenitor cell differentiation / pro-T cell differentiation / negative regulation of neutrophil degranulation / myeloid leukocyte differentiation / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / endothelial to hematopoietic transition / negative regulation of adipose tissue development / pericyte cell differentiation / defense response to tumor cell / regulation of DNA-binding transcription factor activity / oncogene-induced cell senescence / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of protein localization to chromatin / positive regulation of p38MAPK cascade / DNA-binding transcription repressor activity / positive regulation of B cell differentiation / DNA-binding transcription activator activity / STAT family protein binding / interleukin-6-mediated signaling pathway / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / NFAT protein binding / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / protein sequestering activity / regulation of erythrocyte differentiation / positive regulation of miRNA transcription / histone deacetylase binding / Transcriptional regulation of granulopoiesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / molecular adaptor activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Terrell, J.R. / Poon, G.M.K. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: DNA selection by the master transcription factor PU.1. 著者: Terrell, J.R. / Taylor, S.J. / Schneider, A.L. / Lu, Y. / Vernon, T.N. / Xhani, S. / Gumpper, R.H. / Luo, M. / Wilson, W.D. / Steidl, U. / Poon, G.M.K. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 136.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 87.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 418.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 418.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8e3kSC ![]() 8e3rC ![]() 8e4hC ![]() 8e5yC ![]() 8ebhC ![]() 8ee9C ![]() 8ej6C ![]() 8ej8C ![]() 8ek3C ![]() 8ek8C ![]() 8ekjC ![]() 8ekuC ![]() 8ekvC ![]() 8ekzC ![]() 8em9C ![]() 8emdC ![]() 8engC ![]() 8eo1C ![]() 8eo4C ![]() 8eqgC ![]() 8eqlC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 4996.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) | ||||
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#2: DNA鎖 | 分子量: 4800.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) | ||||
#3: タンパク質 | 分子量: 12436.583 Da / 分子数: 1 / Fragment: ETS-Domain UNP residues 165-270 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.57 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 100 mM Sodium Acetate, pH=4.6, 2% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月28日 |
放射 | モノクロメーター: Vertical DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.920105 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→23.87 Å / Num. obs: 36361 / % possible obs: 99.49 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 19.55 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.04363 / Rpim(I) all: 0.02111 / Rrim(I) all: 0.0486 / Net I/σ(I): 16.87 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.502 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.4517 / Mean I/σ(I) obs: 2.64 / Num. unique obs: 3588 / CC1/2: 0.94 / CC star: 0.984 / Rpim(I) all: 0.2101 / Rrim(I) all: 0.4989 / % possible all: 99.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 8E3K 解像度: 1.45→23.87 Å / SU ML: 0.139 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 17.8216 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.85 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→23.87 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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