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- PDB-8eqd: Co-crystal structure of PERK with compound 24 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8eqd
タイトルCo-crystal structure of PERK with compound 24
要素Eukaryotic translation initiation factor 2-alpha kinase 3
キーワードTRANSFERASE / kinase / PERK / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of endoplasmic reticulum stress-induced eIF2 alpha phosphorylation / negative regulation of translation in response to stress / regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of translational initiation by eIF2 alpha phosphorylation / eiF2alpha phosphorylation in response to endoplasmic reticulum stress / chondrocyte development / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / response to manganese-induced endoplasmic reticulum stress / negative regulation of translational initiation in response to stress / PERK-mediated unfolded protein response ...regulation of endoplasmic reticulum stress-induced eIF2 alpha phosphorylation / negative regulation of translation in response to stress / regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of translational initiation by eIF2 alpha phosphorylation / eiF2alpha phosphorylation in response to endoplasmic reticulum stress / chondrocyte development / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / response to manganese-induced endoplasmic reticulum stress / negative regulation of translational initiation in response to stress / PERK-mediated unfolded protein response / PERK regulates gene expression / negative regulation of myelination / endocrine pancreas development / ALK mutants bind TKIs / endoplasmic reticulum organization / cellular response to cold / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / ER overload response / bone mineralization / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / cellular response to glucose starvation / endoplasmic reticulum unfolded protein response / negative regulation of translational initiation / cellular response to amino acid starvation / response to endoplasmic reticulum stress / ossification / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / skeletal system development / calcium-mediated signaling / Hsp90 protein binding / positive regulation of protein localization to nucleus / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / KEAP1-NFE2L2 pathway / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / peptidyl-serine phosphorylation / protein phosphatase binding / angiogenesis / protein autophosphorylation / negative regulation of translation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of gene expression / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / endoplasmic reticulum / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-WPX / Eukaryotic translation initiation factor 2-alpha kinase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Zhu, G. / Surman, M.D. / Mulvihill, M.J.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Pharmaceutics / 年: 2022
タイトル: Optimization of a Novel Mandelamide-Derived Pyrrolopyrimidine Series of PERK Inhibitors.
著者: Stokes, M.E. / Surman, M.D. / Calvo, V. / Surguladze, D. / Li, A.H. / Gasparek, J. / Betzenhauser, M. / Zhu, G. / Du, H. / Rigby, A.C. / Mulvihill, M.J.
履歴
登録2022年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Eukaryotic translation initiation factor 2-alpha kinase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2362
ポリマ－36,8161
非ポリマー4191
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)125.900, 125.900, 55.216
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 2-alpha kinase 3 / PRKR-like endoplasmic reticulum kinase / Pancreatic eIF2-alpha kinase / HsPEK


分子量: 36816.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2AK3, PEK, PERK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NZJ5, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-WPX / (2R)-N-[(4M)-4-(4-amino-2,7-dimethyl-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-5-yl)-3-methylphenyl]-2-(3-fluorophenyl)-2-hydroxyacetamide


分子量: 419.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H22FN5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.15 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM HEPES pH 7.0, 180 mM Na/K tartrate, 9% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.92→41.51 Å / Num. obs: 10640 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.92→2.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.794 / Num. unique obs: 510 / CC1/2: 0.817

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4X7J

4x7j


解像度: 2.92→41.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 42.134 / SU ML: 0.584 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.865 / ESU R Free: 0.388 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2796 509 4.788 %
Rwork0.246 10122 -
all0.248 --
obs-10631 95.149 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 93.984 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.076 Å2-4.038 Å2-0 Å2
2---8.076 Å20 Å2
3---26.199 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.92→41.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2106 0 31 0 2137
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0132187
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0152110
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.211.672953
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9791.5914851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7715252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.15721.57121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.41415397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1931517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0350.2271
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022406
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02522
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1830.2463
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1610.22069
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.160.21027
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0720.21075
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2090.26
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1840.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1760.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0939.9521020
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0829.9481019
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.49914.8991268
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.49714.8951269
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.12810.091167
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.12710.0881168
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0615.051685
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.05915.0471686
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.277112.9732458
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other8.275112.9472459
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.92-2.9950.428410.4817240.4787910.1050.09596.7130.437
2.995-3.0770.582380.4487340.4548120.0510.06395.07390.404
3.077-3.1660.439420.4246940.4257550.0530.06997.48340.376
3.166-3.2620.422360.4066810.4077570.0870.07894.7160.357
3.262-3.3690.388250.46680.3997020.1740.17298.71790.359
3.369-3.4860.356280.3586590.3587230.3470.32495.02070.323
3.486-3.6170.346300.3316250.3326730.4890.45997.32540.299
3.617-3.7630.52200.2825930.2866450.4560.64895.03880.26
3.763-3.9290.392390.2665800.2736540.7570.77694.64830.254
3.929-4.1190.259300.2385280.245810.8650.84196.04130.222
4.119-4.3390.239310.2035230.2055860.9070.90794.53920.188
4.339-4.60.225210.1765000.1785570.9440.94393.53680.165
4.6-4.9130.16170.1554730.1555080.9580.95796.45670.147
4.913-5.30.134230.1594350.1584820.970.96295.02070.153
5.3-5.7970.244260.1753880.1794420.9080.9593.66520.166
5.797-6.4650.249180.23610.2024100.9180.93192.4390.192
6.465-7.4350.237110.1783270.183620.9430.93893.37020.172
7.435-9.0340.162160.1672760.1673190.9490.9591.5360.168
9.034-12.4840.27130.1572140.1642480.9650.96791.53230.16
12.484-41.510.24240.2771380.2751600.990.90888.750.295

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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