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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8eqa | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human anti-N1 neuraminidase 2H08 Fab | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / antibody / neuraminidase / H1N1 / broad protection / pandemic | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å | ||||||
データ登録者 | Zhu, X. / Wilson, I.A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Immunity / 年: 2023 タイトル: Human anti-N1 monoclonal antibodies elicited by pandemic H1N1 virus infection broadly inhibit HxN1 viruses in vitro and in vivo. 著者: Lena Hansen / Meagan McMahon / Hannah L Turner / Xueyong Zhu / Jackson S Turner / Gabriel Ozorowski / Daniel Stadlbauer / Juha Vahokoski / Aaron J Schmitz / Amena A Rizk / Wafaa B Alsoussi / ...著者: Lena Hansen / Meagan McMahon / Hannah L Turner / Xueyong Zhu / Jackson S Turner / Gabriel Ozorowski / Daniel Stadlbauer / Juha Vahokoski / Aaron J Schmitz / Amena A Rizk / Wafaa B Alsoussi / Shirin Strohmeier / Wenli Yu / José Alberto Choreño-Parra / Luis Jiménez-Alvarez / Alfredo Cruz-Lagunas / Joaquín Zúñiga / Philip A Mudd / Rebecca J Cox / Ian A Wilson / Andrew B Ward / Ali H Ellebedy / Florian Krammer / 要旨: Neuraminidase (NA) is one of the two influenza virus surface glycoproteins, and antibodies that target it are an independent correlate of protection. However, our current understanding of NA ...Neuraminidase (NA) is one of the two influenza virus surface glycoproteins, and antibodies that target it are an independent correlate of protection. However, our current understanding of NA antigenicity is incomplete. Here, we describe human monoclonal antibodies (mAbs) from a patient with a pandemic H1N1 virus infection in 2009. Two mAbs exhibited broad reactivity and inhibited NA enzyme activity of seasonal H1N1 viruses circulating before and after 2009, as well as viruses with avian or swine N1s. The mAbs provided robust protection from lethal challenge with human H1N1 and avian H5N1 viruses in mice, and both target an epitope on the lateral face of NA. In summary, we identified two broadly protective NA antibodies that share a novel epitope, inhibited NA activity, and provide protection against virus challenge in mice. Our work reaffirms that NA should be included as a target in future broadly protective or universal influenza virus vaccines. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8eqa.cif.gz | 344.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8eqa.ent.gz | 279.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8eqa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8eqa_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8eqa_full_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8eqa_validation.xml.gz | 32.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8eqa_validation.cif.gz | 45.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/8eqa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/8eqa | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23543.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) #2: 抗体 | 分子量: 23864.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.2 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Zn acetate, 20% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03321 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月3日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03321 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→45.6 Å / Num. obs: 30277 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 40 Å2 / CC1/2: 0.983 / Rpim(I) all: 0.08 / Rsym value: 0.18 / Net I/σ(I): 8.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.6 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1431 / CC1/2: 0.631 / Rpim(I) all: 0.39 / Rsym value: 0.76 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6PZF, 5UBY 解像度: 2.55→45.56 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.47 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 179.61 Å2 / Biso mean: 45.6158 Å2 / Biso min: 16.96 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.55→45.56 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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