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- PDB-8eq3: Escherichia coli pyruvate kinase A301T -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8eq3
タイトルEscherichia coli pyruvate kinase A301T
要素Pyruvate kinaseピルビン酸キナーゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Pyruvate kinase (ピルビン酸キナーゼ) / Long term evolution experiment / Kinase (キナーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


ピルビン酸キナーゼ / pyruvate kinase activity / potassium ion binding / kinase activity / リン酸化 / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / ピルビン酸キナーゼ / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily ...Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / ピルビン酸キナーゼ / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
イミダゾール / マロン酸 / ピルビン酸キナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Donovan, K.A. / Coombes, D. / Dobson, R.C.J. / Cooper, T.F.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Other governmentUS Army Research Office W911NF-11-1-0481
National Science Foundation (NSF, United States)DEB-1253650 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Beneficial mutations occurring in E. coli pyruvate kinase afford new allosteric mechanisms leading to faster resumption of growth
著者: Donovan, K.A. / Coombes, D. / Dobson, R.C.J. / Cooper, T.F.
履歴
登録2022年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate kinase
B: Pyruvate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,1107
ポリマ－101,6452
非ポリマー4655
水16,141896
1
A: Pyruvate kinase
B: Pyruvate kinase
ヘテロ分子

A: Pyruvate kinase
B: Pyruvate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,22014
ポリマ－203,2894
非ポリマー93110
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z+1/21
Buried area10770 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area68200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.219, 247.074, 130.706
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-964-

HOH

21A-1084-

HOH

31B-1009-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Pyruvate kinase / ピルビン酸キナーゼ


分子量: 50822.348 Da / 分子数: 2 / 変異: A301T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: EL79_2019, EL80_2048 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A0G552, ピルビン酸キナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト / マロン酸


分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン / イミダゾール


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 896 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M (Malonic acid, Imidazole, Boric acid), 25 % w/v PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→55.85 Å / Num. obs: 80594 / % possible obs: 99.09 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.0415 / Net I/σ(I): 13.63
反射 シェル解像度: 2.01→2.082 Å / Rmerge(I) obs: 0.3238 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 7347 / CC1/2: 0.753

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YNG

4yng


解像度: 2.01→55.85 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.83 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1982 4046 5.02 %
Rwork0.1622 76548 -
obs0.164 80594 98.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 108.09 Å2 / Biso mean: 30.2407 Å2 / Biso min: 11.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.01→55.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6969 0 38 896 7903
Biso mean--38.59 36.11 -
残基数----929
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.01-2.030.3041940.29231878197271
2.03-2.060.32811020.24772538264095
2.06-2.080.23791360.21712638277499
2.08-2.110.24481510.203425892740100
2.11-2.140.25361420.180626502792100
2.14-2.170.22031570.177326372794100
2.17-2.20.2281600.168726212781100
2.2-2.240.21231450.171326472792100
2.24-2.270.20141510.168226382789100
2.27-2.310.20571190.163326552774100
2.31-2.350.18961220.163927112833100
2.35-2.40.19411370.151826112748100
2.4-2.450.22141460.15426662812100
2.45-2.50.23271380.151526632801100
2.5-2.560.18821500.148326332783100
2.56-2.620.19831380.145326682806100
2.62-2.690.20861460.152326692815100
2.69-2.770.20911290.15326622791100
2.77-2.860.20521610.163526372798100
2.86-2.960.18831500.160226602810100
2.96-3.080.20361520.170126602812100
3.08-3.220.20791400.164827012841100
3.22-3.390.24081290.166926822811100
3.39-3.610.20811390.162626942833100
3.61-3.880.17461370.158726932830100
3.88-4.270.1611410.144127042845100
4.28-4.890.16511270.128327382865100
4.89-6.160.15171500.150527532903100
6.16-55.850.18271570.178728523009100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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