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- PDB-8eq1: Escherichia coli pyruvate kinase D127N -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8eq1
タイトルEscherichia coli pyruvate kinase D127N
要素Pyruvate kinase
キーワードTRANSFERASE / Pyruvate kinase / Long term evolution experiment / Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / phosphorylation / potassium ion binding / kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
PK beta-barrel domain-like / M1 Pyruvate Kinase; Domain 3 / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily ...PK beta-barrel domain-like / M1 Pyruvate Kinase; Domain 3 / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Donovan, K.A. / Coombes, D. / Dobson, R.C.J. / Cooper, T.F.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Other governmentUS Army Research Office W911NF-11-1-0481
National Science Foundation (NSF, United States)DEB-1253650 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Beneficial mutations occurring in E. coli pyruvate kinase afford new allosteric mechanisms leading to faster resumption of growth
著者: Donovan, K.A. / Coombes, D. / Dobson, R.C.J. / Cooper, T.F.
履歴
登録2022年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate kinase
C: Pyruvate kinase
B: Pyruvate kinase
D: Pyruvate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,5508
ポリマ－203,1654
非ポリマー3844
水1,58588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9310 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area70310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.260, 131.755, 129.091
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.180, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 55 or (resid 56...
21(chain B and (resid 1 through 55 or (resid 56...
31(chain C and (resid 1 through 75 or (resid 76...
41(chain D and (resid 1 through 55 or (resid 56...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETSERSER(chain A and (resid 1 through 55 or (resid 56...AA1 - 551 - 55
12LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 1 through 55 or (resid 56...AA5656
13METMETLEULEU(chain A and (resid 1 through 55 or (resid 56...AA1 - 4701 - 470
14METMETLEULEU(chain A and (resid 1 through 55 or (resid 56...AA1 - 4701 - 470
15METMETLEULEU(chain A and (resid 1 through 55 or (resid 56...AA1 - 4701 - 470
16METMETLEULEU(chain A and (resid 1 through 55 or (resid 56...AA1 - 4701 - 470
21METMETSERSER(chain B and (resid 1 through 55 or (resid 56...BC1 - 551 - 55
22LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 1 through 55 or (resid 56...BC5656
23METMETLEULEU(chain B and (resid 1 through 55 or (resid 56...BC1 - 4701 - 470
24METMETLEULEU(chain B and (resid 1 through 55 or (resid 56...BC1 - 4701 - 470
25METMETLEULEU(chain B and (resid 1 through 55 or (resid 56...BC1 - 4701 - 470
26METMETLEULEU(chain B and (resid 1 through 55 or (resid 56...BC1 - 4701 - 470
31METMETMETMET(chain C and (resid 1 through 75 or (resid 76...CB1 - 751 - 75
32LYSLYSLEULEU(chain C and (resid 1 through 75 or (resid 76...CB76 - 7776 - 77
33METMETLEULEU(chain C and (resid 1 through 75 or (resid 76...CB1 - 4701 - 470
34METMETLEULEU(chain C and (resid 1 through 75 or (resid 76...CB1 - 4701 - 470
35METMETLEULEU(chain C and (resid 1 through 75 or (resid 76...CB1 - 4701 - 470
36METMETLEULEU(chain C and (resid 1 through 75 or (resid 76...CB1 - 4701 - 470
41METMETSERSER(chain D and (resid 1 through 55 or (resid 56...DD1 - 551 - 55
42LYSLYSLYSLYS(chain D and (resid 1 through 55 or (resid 56...DD5656
43METMETLEULEU(chain D and (resid 1 through 55 or (resid 56...DD1 - 4701 - 470
44METMETLEULEU(chain D and (resid 1 through 55 or (resid 56...DD1 - 4701 - 470
45METMETLEULEU(chain D and (resid 1 through 55 or (resid 56...DD1 - 4701 - 470
46METMETLEULEU(chain D and (resid 1 through 55 or (resid 56...DD1 - 4701 - 470

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要素

#1: タンパク質
Pyruvate kinase


分子量: 50791.340 Da / 分子数: 4 / 変異: D127N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: EL79_2019, EL80_2048 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A0G552, pyruvate kinase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.12M (0.2M 1,6-Hexanediol; 0.2M 1-Butanol; 0.2M 1,2-Propanediol; 0.2M 2-Propanol;0.2M 1,4-Butanediol; 0.2M 1,3- Propanediol), 0.1M (1.0M Imidazole; 1.0M MES monohydrate (acid)), 30% v/v (40% ...詳細: 0.12M (0.2M 1,6-Hexanediol; 0.2M 1-Butanol; 0.2M 1,2-Propanediol; 0.2M 2-Propanol;0.2M 1,4-Butanediol; 0.2M 1,3- Propanediol), 0.1M (1.0M Imidazole; 1.0M MES monohydrate (acid)), 30% v/v (40% v/v Glycerol; 20% w/v PEG 4000)

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→42.63 Å / Num. obs: 105239 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.1054 / Net I/σ(I): 5.84
反射 シェル解像度: 2.32→2.403 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.8385 / Mean I/σ(I) obs: 1.29 / Num. unique obs: 10525 / CC1/2: 0.789 / % possible all: 99.99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YNG

4yng


解像度: 2.32→42.63 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.06 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 3340 3.17 %
Rwork0.2075 101899 -
obs0.2081 105239 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 129.17 Å2 / Biso mean: 50.0655 Å2 / Biso min: 13.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.32→42.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13884 0 20 88 13992
Biso mean--60.89 38.41 -
残基数----1856
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A8688X-RAY DIFFRACTION9.518TORSIONAL
12B8688X-RAY DIFFRACTION9.518TORSIONAL
13C8688X-RAY DIFFRACTION9.518TORSIONAL
14D8688X-RAY DIFFRACTION9.518TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.32-2.350.19864000.18083982100
2.35-2.390.18241310.16984276100
2.39-2.430.16894362100
2.43-2.470.16481310.16524231100
2.47-2.510.20971380.17634187100
2.51-2.550.24551290.17534267100
2.55-2.60.17581300.17544221100
2.6-2.660.19761320.17724230100
2.66-2.710.259420.21124424100
2.71-2.780.2591320.21694196100
2.78-2.850.2451340.22574279100
2.85-2.920.24721290.23344253100
2.92-3.010.26211300.24094247100
3.01-3.110.26091330.25374225100
3.11-3.220.22160.25814379100
3.22-3.350.33781360.26224235100
3.35-3.50.27391390.2424289100
3.5-3.680.25621520.24284211100
3.68-3.910.26681710.23394232100
3.91-4.210.18231810.20234199100
4.21-4.640.2287870.17934296100
4.64-5.310.18722160.17874206100
5.31-6.680.23211910.19964227100
6.68-42.630.19412100.1733424599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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