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万見
- PDB-8epx: Type IIS Restriction Endonuclease PaqCI, DNA bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8epx
タイトルType IIS Restriction Endonuclease PaqCI, DNA bound
要素
  • DNA 1a
  • DNA 1b
  • DNA 2a
  • DNA 2b
  • DNA 3a
  • DNA 3b
  • DNA 4a
  • DNA 4b
  • Type IIS Restriction Endonuclease PaqCI
キーワードDNA BINDING PROTEIN / homotetramer / restriction endonuclease / DNA binding / DNA cleavage
機能・相同性DNA / DNA (> 10) / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Paucibacter aquatile (バクテリア)
DNA molecule (その他)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Kennedy, M.A. / Stoddard, B.L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)DGE-1762114 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)RO1 GM105691 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023
タイトル: Structures, activity and mechanism of the Type IIS restriction endonuclease PaqCI.
著者: Madison A Kennedy / Christopher J Hosford / Caleigh M Azumaya / Yvette A Luyten / Minyong Chen / Richard D Morgan / Barry L Stoddard /
要旨: Type IIS restriction endonucleases contain separate DNA recognition and catalytic domains and cleave their substrates at well-defined distances outside their target sequences. They are employed in ...Type IIS restriction endonucleases contain separate DNA recognition and catalytic domains and cleave their substrates at well-defined distances outside their target sequences. They are employed in biotechnology for a variety of purposes, including the creation of gene-targeting zinc finger and TAL effector nucleases and DNA synthesis applications such as Golden Gate assembly. The most thoroughly studied Type IIS enzyme, FokI, has been shown to require multimerization and engagement with multiple DNA targets for optimal cleavage activity; however, details of how it or similar enzymes forms a DNA-bound reaction complex have not been described at atomic resolution. Here we describe biochemical analyses of DNA cleavage by the Type IIS PaqCI restriction endonuclease and a series of molecular structures in the presence and absence of multiple bound DNA targets. The enzyme displays a similar tetrameric organization of target recognition domains in the absence or presence of bound substrate, with a significant repositioning of endonuclease domains in a trapped DNA-bound complex that is poised to deliver the first of a series of double-strand breaks. PaqCI and FokI share similar structural mechanisms of DNA cleavage, but considerable differences in their domain organization and quaternary architecture, facilitating comparisons between distinct Type IIS enzymes.
履歴
登録2022年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年6月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type IIS Restriction Endonuclease PaqCI
B: Type IIS Restriction Endonuclease PaqCI
C: Type IIS Restriction Endonuclease PaqCI
D: Type IIS Restriction Endonuclease PaqCI
E: DNA 4a
F: DNA 4b
H: DNA 2a
G: DNA 2b
I: DNA 3a
J: DNA 3b
K: DNA 1a
L: DNA 1b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)269,54014
ポリマ－269,46012
非ポリマー802
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, Size Exclusion Chromatography
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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DNA鎖 , 8種, 8分子 EFHGIJKL

#2: DNA鎖 DNA 4a


分子量: 4740.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (その他)
#3: DNA鎖 DNA 4b


分子量: 4441.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (その他)
#4: DNA鎖 DNA 2a


分子量: 4746.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (その他)
#5: DNA鎖 DNA 2b


分子量: 5053.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (その他)
#6: DNA鎖 DNA 3a


分子量: 5670.679 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (その他)
#7: DNA鎖 DNA 3b


分子量: 5363.468 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (その他)
#8: DNA鎖 DNA 1a


分子量: 7163.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (その他)
#9: DNA鎖 DNA 1b


分子量: 6963.476 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (その他)

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 6分子 ABCD

#10: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#1: タンパク質
Type IIS Restriction Endonuclease PaqCI


分子量: 56329.355 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paucibacter aquatile (バクテリア)
遺伝子: C1O66_13805 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2N8KYF9

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Homotetramer PaqCI with associated DNA duplexes / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Paucibacter aquatile (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 6.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1100 mMsodium chlorideNaCl1
230 mMBIS-TRISC8H19NO51
310 mMcalcium chlorideCaCl1
試料濃度: 0.9 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: The DNA-bound PaqCI complex was generated by incubating enzyme + DNA at a 1:2 molar ratio.
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 36000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / C2レンズ絞り径: 50 µm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1897

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC3.3.2粒子像選択
2SerialEM4.0.6画像取得
4cryoSPARC3.3.2CTF補正
7UCSF ChimeraX1.3モデルフィッティング
8Coot0.9.6モデルフィッティング
10cryoSPARC3.3.2初期オイラー角割当
11cryoSPARC3.3.2最終オイラー角割当
12cryoSPARC3.3.2分類
13cryoSPARC3.3.2３次元再構成
14PHENIX1.2モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 299211
3次元再構成解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 166130 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 139.1 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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