PDB-8eoc: Crystal structure of E.coli DsbA mutant E24A/K58A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8eoc

タイトル

Crystal structure of E.coli DsbA mutant E24A/K58A

要素

Thiol:disulfide interchange protein DsbA

キーワード

OXIDOREDUCTASE / DsbA mutant / thioredoxin-family protein

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to antibiotic / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.47 Å

データ登録者

Wang, G. / Heras, B.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Antioxidants / 年: 2023
タイトル: A Buried Water Network Modulates the Activity of the Escherichia coli Disulphide Catalyst DsbA.
著者: Wang, G. / Qin, J. / Verderosa, A.D. / Hor, L. / Santos-Martin, C. / Paxman, J.J. / Martin, J.L. / Totsika, M. / Heras, B.

履歴

登録	2022年10月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8eoc.cif.gz	172.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8eoc.ent.gz	136.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8eoc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8eoc_validation.pdf.gz	445.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8eoc_full_validation.pdf.gz	447.9 KB	表示
XML形式データ	8eoc_validation.xml.gz	19.5 KB	表示
CIF形式データ	8eoc_validation.cif.gz	28.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/8eoc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/8eoc	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8eqoC 8eqpC 8eqqC 8eqrC 1fvkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (2) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

ヘテロ分子

42.3 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
21.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	118.013, 63.590, 74.716
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 126.770, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-419- HOH

#1: タンパク質	Thiol:disulfide interchange protein DsbA 分子量: 21038.887 Da / 分子数: 2 / 変異: E24A, K58A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: dsbA, dsf, ppfA, b3860, JW3832 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEG4
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 11-13% PEG 8000, 5-7.5% glycerol, 1 mM copper(II) chloride, 100 mM sodium cacodylate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9537 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.47→48.41 Å / Num. obs: 74603 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 23.52 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.048 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 11.2 / Num. measured all: 279376 / Scaling rejects: 17

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.47-1.49	3.6	0.767	11759	3263	0.661	0.454	0.894	1.4	87.6
8.04-48.41	3.5	0.032	1653	470	0.997	0.019	0.038	28.7	94.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
iMOSFLM		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1FVK

1fvk

解像度: 1.47→37.32 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.95 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1967	3784	5.07 %
R_work	0.1762	70800	-
obs	0.1773	74584	98.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 100.77 Å² / B_iso mean: 33.1846 Å² / B_iso min: 15.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.47→37.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2940	0	29	353	3322
B_iso mean	-	-	65.05	39.24	-
残基数	-	-	-	-	376

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.47-1.49	0.3418	121	0.3024	2234	2355	84
1.49-1.51	0.3165	151	0.2636	2631	2782	100
1.51-1.53	0.2622	153	0.2578	2630	2783	100
1.53-1.55	0.2636	167	0.2439	2607	2774	100
1.55-1.57	0.2909	152	0.2238	2638	2790	100
1.57-1.6	0.2141	156	0.2135	2642	2798	100
1.6-1.62	0.2544	144	0.2213	2651	2795	100
1.62-1.65	0.2488	146	0.2162	2643	2789	100
1.65-1.68	0.2572	123	0.2209	2646	2769	100
1.68-1.71	0.2387	135	0.2161	2644	2779	100
1.71-1.75	0.2566	136	0.2095	2657	2793	100
1.75-1.79	0.2224	121	0.1968	2661	2782	100
1.79-1.83	0.2206	113	0.1854	2697	2810	100
1.83-1.87	0.211	132	0.1914	2673	2805	100
1.87-1.92	0.2457	133	0.1843	2657	2790	100
1.92-1.98	0.1835	124	0.1944	2618	2742	99
1.98-2.04	0.2109	140	0.1935	2643	2783	99
2.04-2.12	0.195	157	0.1863	2599	2756	99
2.12-2.2	0.1992	159	0.1784	2616	2775	99
2.2-2.3	0.2058	114	0.179	2632	2746	98
2.3-2.42	0.2079	131	0.182	2610	2741	98
2.42-2.58	0.2378	134	0.1881	2636	2770	98
2.58-2.77	0.2016	134	0.1727	2602	2736	97
2.77-3.05	0.2133	162	0.1763	2584	2746	98
3.05-3.49	0.1522	122	0.1626	2624	2746	98
3.49-4.4	0.1554	173	0.1425	2627	2800	98
4.4-37.32	0.1897	151	0.1637	2698	2849	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.671	0.1911	0.554	2.29	2.184	2.2808	0.1645	0.136	0.0378	-0.9024	-0.2682	0.6792	-0.4329	-0.0389	0.0664	0.4977	0.053	-0.1012	0.2783	-0.0799	0.359	25.3379	-13.3418	-13.7878
2	3.1951	3.2394	0.2447	9.6377	-2.5968	2.4522	-0.3277	0.4526	0.3306	-0.7224	-0.2791	-0.9202	-0.5843	0.7362	0.3604	0.443	-0.0523	0.099	0.5327	-0.0467	0.298	38.3433	-3.1063	-9.2371
3	2.5954	0.1225	-0.6036	2.3436	1.1038	3.6603	-0.0374	0.1438	-0.1713	-0.0828	0.0151	0.1467	0.0428	-0.0954	0.0603	0.2023	-0.0366	-0.0032	0.1618	-0.0133	0.167	26.8432	-7.1325	7.9032
4	4.8437	-0.3138	-2.3315	2.8097	1.5139	6.1122	-0.3334	-0.1166	-0.5456	0.1304	-0.0509	-0.0677	0.8962	0.5091	0.0419	0.3483	0.0291	0.0134	0.2521	-0.0158	0.3067	30.1209	-18.6438	5.1481
5	2.2699	-0.0261	-0.5655	4.8547	2.4676	4.7296	-0.144	0.2028	-0.3353	-0.1872	0.3032	-0.2036	0.1108	0.6018	-0.1095	0.2094	-0.0278	-0.0096	0.3082	-0.0431	0.2721	35.8583	-7.5268	3.4787
6	4.1052	0.378	0.3799	1.7657	0.1848	2.7022	-0.058	-0.0355	-0.0485	0.0608	0.0718	-0.0112	0.0452	0.1383	-0.0205	0.1826	-0.0321	-0.0158	0.1721	0.0002	0.1504	32.9268	-3.4124	18.6798
7	4.8138	3.6617	-1.6557	9.5477	-3.1409	5.3072	-0.1688	-0.2784	-0.2893	0.3248	-0.0258	-0.5683	0.0105	0.6835	0.175	0.1926	0.0051	-0.0382	0.299	-0.0006	0.2135	44.1895	-1.7246	22.8958
8	2.2016	-0.6283	2.5979	0.96	-0.2856	4.223	-0.1385	0.5142	0.2372	-0.2548	0.1636	-0.1956	-0.2741	0.4989	0.0237	0.2826	-0.1702	0.0375	0.4255	-0.0169	0.2068	42.2309	3.1188	5.5672
9	3.6058	1.3412	-2.2041	4.7169	0.8906	8.0657	-0.0705	0.4147	-0.0011	-0.7297	0.0524	-0.0243	-0.3395	0.1469	0.032	0.2782	-0.0582	-0.0012	0.2962	-0.0156	0.1702	31.2679	-4.5895	-5.2392
10	3.1767	1.463	0.3168	7.3942	-3.5584	6.7891	-0.4728	0.3959	-0.0488	-0.3658	0.255	1.7032	0.5006	-1.43	0.0299	0.3917	-0.0755	-0.0047	0.5187	-0.1312	0.5218	18.4188	-14.5283	-4.4374
11	8.0343	-0.8413	-4.6379	4.0887	1.2952	6.862	-0.5075	0.0831	-0.491	0.0055	-0.0783	0.5277	0.7459	-0.2105	0.6235	0.3428	0.0153	0.0175	0.2366	-0.1144	0.2705	28.038	-18.448	-4.8091
12	2	2	-1.1977	2	-2.7198	2	-0.3216	-1.2845	3.7049	1.4947	0.1082	-2.8588	-0.5673	1.1776	0.2149	0.6996	-0.0108	0.1178	0.2797	-0.0494	0.6895	32.3413	-10.3448	8.8219
13	4.7495	1.9222	1.7959	3.8981	0.6771	6.1322	0.2281	0.3956	0.3599	-0.5451	0.0003	0.6908	-1.0167	-0.6987	-0.1184	0.503	0.1975	0.0216	0.3932	0.0378	0.4406	1.8444	9.2511	20.3534
14	1.5546	0.3084	-0.1538	2.6719	1.3537	3.7008	-0.0073	-0.0092	-0.004	0.0017	0.081	0.0256	-0.0891	-0.1688	-0.0763	0.1873	-0.0257	0.0022	0.1819	0.0164	0.2104	10.5339	-9.038	19.0882
15	5.8002	-1.4295	-2.5135	3.7008	2.1936	4.6234	-0.116	-0.1923	-0.2451	0.4807	-0.043	0.564	0.3797	-0.1331	0.0461	0.3132	-0.0236	0.0953	0.2072	0.007	0.3372	6.6532	-6.5293	30.507
16	1.6067	-0.4564	-0.546	3.7089	1.8297	4.6524	0.1649	-0.0354	0.4463	-0.1448	-0.17	0.5723	-0.2245	-0.6281	0.085	0.1912	-0.031	0.0086	0.3829	0.0174	0.3861	0.8171	-6.6483	18.7552
17	6.2758	1.6386	-0.9857	4.8191	0.4607	1.2434	-0.1922	0.669	0.169	-0.6531	0.1645	0.3604	-0.0517	-0.2837	0.0677	0.2624	-0.0726	-0.0732	0.2816	0.007	0.2143	2.9884	-17.3504	10.8006
18	4.7285	1.809	-1.8513	4.2055	-0.048	2.0292	-0.1312	-0.0372	-0.5027	-0.0714	-0.056	-0.4	0.1485	0.0022	0.1645	0.2171	-0.0444	0.0021	0.2146	0.0114	0.2538	10.2142	-22.8042	16.3845
19	6.1041	0.1667	3.1585	2.5954	-0.3921	7.4054	-0.3638	0.3753	-0.4305	-0.4106	0.3156	0.2358	0.5118	-0.7436	0.048	0.2484	-0.1543	0.0159	0.3876	-0.0262	0.2374	-2.1907	-27.8035	11.9908
20	1.8047	1.8148	-0.0117	4.8974	0.4844	2.5081	-0.0898	0.1861	0.5555	-0.801	0.0375	1.03	-0.0198	-0.7634	0.0639	0.3847	-0.0032	-0.1807	0.5137	0.1187	0.4274	-4.5729	-10.0862	8.3953
21	3.5542	-0.4005	1.2654	5.8306	0.7069	2.9326	-0.0027	0.0181	0.401	-0.4645	0.063	0.7325	-0.9445	-0.7636	-0.0354	0.3191	0.1168	-0.0186	0.2799	0.0725	0.3458	3.4889	2.4777	15.7773
22	2.2425	-0.8209	0.4566	6.6182	-5.0427	6.4625	0.0345	0.0933	0.2139	-0.3979	-0.1586	-0.8301	-0.6392	1.0401	0.0199	0.4022	-0.0593	0.2294	0.3275	-0.0425	0.505	15.4755	4.8871	26.4799
23	4.5835	0.7772	1.7795	4.4608	-0.4034	6.8054	0.1522	-0.1979	0.65	0.0956	-0.1031	0.2337	-0.2081	-0.3409	-0.1142	0.3072	0.0223	0.128	0.1801	-0.0134	0.3532	5.7244	3.3517	30.1018
24	7.8606	4.2281	1.7727	2.3258	0.9535	0.3998	-1.9921	1.9138	2.3901	-9.7716	1.8742	5.982	-1.4378	-1.2885	0.217	0.8349	-0.0109	-0.156	0.9792	0.1478	0.7533	6.1506	-11.6676	21.3234

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 11 )	A	1 - 11
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 12 through 21 )	A	12 - 21
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 22 through 38 )	A	22 - 38
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 39 through 49 )	A	39 - 49
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 50 through 65 )	A	50 - 65
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 66 through 114 )	A	66 - 114
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 115 through 128 )	A	115 - 128
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 129 through 144 )	A	129 - 144
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 145 through 161 )	A	145 - 161
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 162 through 170 )	A	162 - 170
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 171 through 188 )	A	171 - 188
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 201 through 201 )	A	201
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 1 through 21 )	B	1 - 21
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 22 through 38 )	B	22 - 38
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 39 through 49 )	B	39 - 49
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 50 through 65 )	B	50 - 65
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 66 through 82 )	B	66 - 82
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 83 through 114 )	B	83 - 114
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 115 through 128 )	B	115 - 128
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 129 through 144 )	B	129 - 144
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 145 through 161 )	B	145 - 161
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'B' and (resid 162 through 170 )	B	162 - 170
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'B' and (resid 171 through 188 )	B	171 - 188
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'B' and (resid 201 through 201 )	B	201

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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