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- PDB-8enz: Crystal structure of alpha-COPI-WD40 domain K15A mutant. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8enz
タイトルCrystal structure of alpha-COPI-WD40 domain K15A mutant.
要素Putative coatomer subunit alpha
キーワードPROTEIN TRANSPORT / COPI / protein trafficking / SARS-CoV-2 spike / dibasic motif
機能・相同性
機能・相同性情報


COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / COPI vesicle coat / intra-Golgi vesicle-mediated transport / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / cargo receptor activity / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / Golgi membrane / structural molecule activity ...COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / COPI vesicle coat / intra-Golgi vesicle-mediated transport / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / cargo receptor activity / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / Golgi membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Coatomer, alpha subunit, C-terminal / Coatomer subunit alpha / : / Coatomer (COPI) alpha subunit C-terminus / Coatomer, WD associated region / : / : / COPA/B second beta-propeller / COPA/B TPR domain / WD domain, G-beta repeat ...Coatomer, alpha subunit, C-terminal / Coatomer subunit alpha / : / Coatomer (COPI) alpha subunit C-terminus / Coatomer, WD associated region / : / : / COPA/B second beta-propeller / COPA/B TPR domain / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL GROUP / Putative coatomer subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Dey, D. / Hasan, S.S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30CA134274 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM150187 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: A single C-terminal residue controls SARS-CoV-2 spike trafficking and incorporation into VLPs.
著者: Dey, D. / Qing, E. / He, Y. / Chen, Y. / Jennings, B. / Cohn, W. / Singh, S. / Gakhar, L. / Schnicker, N.J. / Pierce, B.G. / Whitelegge, J.P. / Doray, B. / Orban, J. / Gallagher, T. / Hasan, S.S.
履歴
登録2022年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative coatomer subunit alpha
B: Putative coatomer subunit alpha
C: Putative coatomer subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,5756
ポリマ－116,4433
非ポリマー1323
水13,241735
1
A: Putative coatomer subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8582
ポリマ－38,8141
非ポリマー441
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative coatomer subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8582
ポリマ－38,8141
非ポリマー441
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Putative coatomer subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8582
ポリマ－38,8141
非ポリマー441
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.487, 172.265, 71.483
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.910, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Putative coatomer subunit alpha / Alpha-coat protein / Alpha-COP


分子量: 38814.184 Da / 分子数: 3 / 変異: K15A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Fo-Fc electron density for 172-199 and 332-337 not detected.
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96WV5
#2: 化合物 ChemComp-ACE / ACETYL GROUP


分子量: 44.053 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 735 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.91 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.14M Sodium citrate tribasic dihydrate, 18% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月26日 / 詳細: KB bimorph mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→28.84 Å / Num. obs: 105146 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 17.68 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 10362 / CC1/2: 0.805 / Rsym value: 0.445 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-3000データ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.65→28.71 Å / SU ML: 0.162 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.9861
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1934 10203 4.98 %
Rwork0.163 194499 -
obs0.1645 204702 96.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→28.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7464 0 9 735 8208
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01447708
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.229810473
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08081116
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01391326
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.51291004
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.670.27373540.25666363X-RAY DIFFRACTION96.25
1.67-1.690.25763440.24746511X-RAY DIFFRACTION95.74
1.69-1.710.26032730.23976487X-RAY DIFFRACTION95.04
1.71-1.730.29833320.22836510X-RAY DIFFRACTION98.29
1.73-1.750.28433930.22066498X-RAY DIFFRACTION97.06
1.75-1.780.23783900.21086460X-RAY DIFFRACTION95.22
1.78-1.80.26793180.20736449X-RAY DIFFRACTION97.07
1.8-1.830.23763850.19826451X-RAY DIFFRACTION97.56
1.83-1.860.21893330.1896539X-RAY DIFFRACTION96.56
1.86-1.890.1993410.18116509X-RAY DIFFRACTION96.26
1.89-1.920.25233090.18076549X-RAY DIFFRACTION97.73
1.92-1.960.23163560.16996474X-RAY DIFFRACTION96.32
1.96-1.990.20033280.17036423X-RAY DIFFRACTION95.75
1.99-2.030.21043480.16396246X-RAY DIFFRACTION94.09
2.03-2.080.2083510.16936348X-RAY DIFFRACTION92.98
2.08-2.130.21143400.16026441X-RAY DIFFRACTION98.25
2.13-2.180.18783450.15936603X-RAY DIFFRACTION97.54
2.18-2.240.20583740.15926360X-RAY DIFFRACTION94.85
2.24-2.310.20072910.15746304X-RAY DIFFRACTION93.67
2.31-2.380.20233280.15476587X-RAY DIFFRACTION97.82
2.38-2.460.18853780.16716589X-RAY DIFFRACTION98.47
2.46-2.560.2173470.15926527X-RAY DIFFRACTION98.07
2.56-2.680.2223020.16176703X-RAY DIFFRACTION97.92
2.68-2.820.19863170.15376583X-RAY DIFFRACTION98.61
2.82-30.19133620.15676543X-RAY DIFFRACTION97.98
3-3.230.16433040.14956665X-RAY DIFFRACTION98.56
3.23-3.550.16222840.1456568X-RAY DIFFRACTION96.75
3.55-4.070.16823660.14186301X-RAY DIFFRACTION94.03
4.07-5.120.12793360.12496330X-RAY DIFFRACTION94.42
5.12-28.710.19593740.18566578X-RAY DIFFRACTION98.33

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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