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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8enx | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of beta'-COPI-WD40 domain Y33A mutant in complex with SARS-CoV-2 clientized spike tail heptapeptide. | |||||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN TRANSPORT / COPI (COPI) / protein trafficking / SARS-CoV-2 spike / dibasic motif | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 COPI vesicle coat / intra-Golgi vesicle-mediated transport / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / ゴルジ体 / structural molecule activity 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Dey, D. / Hasan, S.S. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: A single C-terminal residue controls SARS-CoV-2 spike trafficking and incorporation into VLPs. 著者: Dey, D. / Qing, E. / He, Y. / Chen, Y. / Jennings, B. / Cohn, W. / Singh, S. / Gakhar, L. / Schnicker, N.J. / Pierce, B.G. / Whitelegge, J.P. / Doray, B. / Orban, J. / Gallagher, T. / Hasan, S.S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8enx.cif.gz | 312.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8enx.ent.gz | 205.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8enx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/8enx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/8enx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34288.633 Da / 分子数: 2 / 変異: Y33A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G2WDW6 #2: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 846.970 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.35 % |
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結晶化 | 温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 / 詳細: 0.1M MES pH 6.2, 17% PEG20000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月17日 / 詳細: KB bimorph mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si(111) DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→28.33 Å / Num. obs: 53029 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 16.09 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rsym value: 0.137 / Net I/σ(I): 3.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.84 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2959 / CC1/2: 0.551 / Rsym value: 0.713 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4J79 解像度: 1.8→28.33 Å / SU ML: 0.2042 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 18.0525 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.23 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→28.33 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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