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- PDB-8enb: Crystal structure of LGR ligand alpha2/beta5 from C. elegans in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8enb
タイトルCrystal structure of LGR ligand alpha2/beta5 from C. elegans in crystal form 2
要素
  • Bursicon
  • Cys_knot domain-containing protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / cystine-knot hormone (CKH) / leucine-rich repeat-containing G protein-coupled receptor (LGR) / evolution / glycoprotein hormone (GPH) / thyrostimulin
機能・相同性
機能・相同性情報


Hormone ligand-binding receptors / G alpha (s) signalling events / thyrotropin-releasing hormone receptor binding / hormone activity / cell surface receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway / extracellular space / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DAN / DAN domain / Gonadotropin, beta subunit / Glycoprotein hormone subunit beta / Cystine-knot domain / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / Cystine-knot cytokine
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycoprotein hormone alpha 2 / Glycoprotein hormone subunit beta domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Gong, Z. / Hendrickson, W.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM107462 米国
引用
ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: Crystal structure of LGR ligand alpha2/beta5 from Caenorhabditis elegans with implications for the evolution of glycoprotein hormones
著者: Gong, Z. / Wang, W. / El Omari, K. / Lebedev, A.A. / Clarke, O.B. / Hendrickson, W.A.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Combining AlphaFold and phenix.mr_rosetta for solving challenging crystal structures
著者: Wang, W. / Gong, Z. / Hendrickson, W.A.
履歴
登録2022年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年4月26日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity_poly ...atom_site / entity_poly / pdbx_contact_author / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / refine / software / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref_seq / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _entity_poly.pdbx_strand_id / _pdbx_initial_refinement_model.accession_code / _pdbx_initial_refinement_model.source_name / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_poly_seq_scheme.asym_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.entity_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_poly_seq_scheme.seq_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 / _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value / _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _refine.pdbx_method_to_determine_struct / _software.classification / _software.name / _struct_asym.entity_id / _struct_conf.beg_auth_asym_id / _struct_conf.beg_label_asym_id / _struct_conf.end_auth_asym_id / _struct_conf.end_label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id / _struct_mon_prot_cis.label_asym_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet.number_strands / _struct_sheet_order.range_id_1 / _struct_sheet_order.range_id_2 / _struct_sheet_order.sheet_id / _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id / _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_asym_id / _struct_sheet_range.beg_label_comp_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_asym_id / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_asym_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _struct_sheet_range.id / _struct_sheet_range.sheet_id
解説: Sequence discrepancy / 詳細: Macromolecule names were wrong. / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bursicon
B: Cys_knot domain-containing protein
C: Bursicon
D: Cys_knot domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3114
ポリマ－44,3114
非ポリマー00
水73941
1
A: Bursicon
B: Cys_knot domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1562
ポリマ－22,1562
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Bursicon
D: Cys_knot domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1562
ポリマ－22,1562
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.371, 90.748, 59.563
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.180, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "C"
d_1ens_2chain "B"
d_2ens_2chain "D"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ASNVALB1 - 87
d_21ens_1ASNVALA1 - 87
d_11ens_2GLUGLND1 - 101
d_21ens_2GLUGLNC1 - 101

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.647597214677, -0.559986666918, 0.516752146021), (-0.462641136245, -0.249901983415, -0.850595190287), (0.60545935173, -0.789913876039, -0.0972370394634)0.498650218225, -3.71566405786, 28.5604242367
2given(-0.590600136309, -0.662158923902, 0.461234255546), (-0.444557000043, -0.210035880093, -0.870777814822), (0.673469043613, -0.719326413091, -0.170320165349)3.48817342934, -4.63642220484, 27.1229509122

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要素

#1: タンパク質 Bursicon / Bursicon subunit alpha


分子量: 10565.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0T3A2
#2: タンパク質 Cys_knot domain-containing protein / Putative glycoprotein hormone-beta5


分子量: 11590.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: gpb5, CELE_T23B12.8, T23B12.8 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A7DT38
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M lithium sulfate monohydrate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 12% w/v PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2020年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→49.52 Å / Num. obs: 15726 / % possible obs: 86.2 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 36.63 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.47 Å / Num. unique obs: 787 / CC1/2: 0.264

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20rc3_4406精密化
PHENIX1.20rc3_4406精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→49.52 Å / SU ML: 0.3807 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.4177
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2838 765 5 %
Rwork0.2384 14537 -
obs0.2407 15302 66.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 41.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→49.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2916 0 0 41 2957
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00342966
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84153992
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0476444
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065524
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.378398
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.27759184935
ens_2d_2DX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.05210857402
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.530.4391550.34521050X-RAY DIFFRACTION23.94
2.53-2.790.3621020.34031949X-RAY DIFFRACTION44.68
2.79-3.190.35241550.30192942X-RAY DIFFRACTION67.19
3.19-4.020.30992250.24944275X-RAY DIFFRACTION97.09
4.02-49.520.22092280.18874321X-RAY DIFFRACTION97.43

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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