PDB-8emf: Crystal structure of a HLA-B*35:01-NP6 epitope from 1977 H1N1 inf...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8emf

タイトル

Crystal structure of a HLA-B*35:01-NP6 epitope from 1977 H1N1 influenza strain

要素

Beta-2-microglobulin
MHC class I antigen
Nucleoprotein NP6 epitope

キーワード

IMMUNE SYSTEM / HLA B*3501 / NP418 epitope / T cell immunity / glycoprotein / host-virus interaction / immune response

機能・相同性

機能・相同性情報

: / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC ...: / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.80482421415 Å

データ登録者

Littler, D.R. / Rossjohn, J.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Molecular determinants of cross-strain influenza A virus recognition by T-cell receptors
著者: Quinones-Parra, S. / Littler, D.R. / Rossjohn, J. / Kedzierska, K.

履歴

登録	2022年9月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8emf.cif.gz	205.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8emf.ent.gz	143.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8emf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/8emf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/8emf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8emgC 8emiC 8emjC 8emkC 8en8C 8enhC 8eo8C 3lksS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (1) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MHC class I antigen

B: Beta-2-microglobulin

C: Nucleoprotein NP6 epitope

44.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.000, 81.645, 109.239
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	MHC class I antigen 分子量: 31940.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B / Variant: B3501 / プラスミド: PLASMID / 詳細 (発現宿主): PET30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3)* (大腸菌) / 参照: UniProt: F4NBT2
#2: タンパク質	Beta-2-microglobulin 分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: PLASMID / 詳細 (発現宿主): PET30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド	Nucleoprotein NP6 epitope / Nucleocapsid protein / Protein N 分子量: 1038.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Influenza A virus (strain A/1977/H1N1) (A型インフルエンザウイルス)
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 450 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.48 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→25.9 Å / Num. obs: 42596 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 18.1173206963 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 19.6
反射シェル	解像度: 1.81→1.87 Å / Num. unique obs: 4086 / CC_1/2: 0.898 / R_rim(I) all: 0.31 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER		精密化
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3LKS

3lks

解像度: 1.80482421415→25.8992726523 Å / SU ML: 0.1811965619 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35856944734 / 位相誤差: 19.8583684912
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.203165366562	2148	5.04379270669 %
R_work	0.178800196108	40439	-
obs	0.180050003169	42587	99.6840035579 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.724710139 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.80482421415→25.8992726523 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3163	0	0	450	3613

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0106960556849	3262
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.50214573295	4433
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.10564570197	453
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00767238145013	585
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.77937515	1222

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.81-1.8468	0.275459931913	136	0.267653141206	2571	X-RAY DIFFRACTION	95.7891012031
1.8468-1.893	0.267959967039	138	0.228015997313	2672	X-RAY DIFFRACTION	99.9644254714
1.893-1.9441	0.235084488401	142	0.214137417512	2652	X-RAY DIFFRACTION	99.9284692418
1.9441-2.0013	0.236368231172	150	0.199512547414	2637	X-RAY DIFFRACTION	99.9641319943
2.0013-2.0659	0.227672766981	122	0.194200869663	2697	X-RAY DIFFRACTION	99.9291031549
2.0659-2.1397	0.210115309928	142	0.196413392421	2677	X-RAY DIFFRACTION	99.9645390071
2.1397-2.2253	0.199345630303	148	0.185672010754	2658	X-RAY DIFFRACTION	99.9287749288
2.2253-2.3265	0.203190087444	138	0.184622680285	2694	X-RAY DIFFRACTION	99.9294283698
2.3265-2.4491	0.207981253386	126	0.182624720625	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4491-2.6024	0.221691764315	178	0.185241665978	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6024-2.8031	0.247367537244	147	0.191448900363	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8031-3.0848	0.246098532438	139	0.180511276982	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0848-3.5302	0.209748493157	148	0.164425883552	2728	X-RAY DIFFRACTION	99.9305072967
3.5302-4.4441	0.15370956545	155	0.147062552916	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4441-25.8	0.148417110266	139	0.162219921928	2922	X-RAY DIFFRACTION	99.934704538

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.44368153239	0.797433668556	-0.566054828872	1.34287237064	-0.40295300819	0.611001309548	0.118608457276	-0.12521444776	0.298309538524	0.131292107781	-0.0425769636139	0.202925347983	-0.0653824519978	-0.0380819974569	-0.0627467537265	0.109194846505	-0.00350297834876	0.0220478363141	0.105992017204	-0.0252918735452	0.0799301886035	-10.3562086314	-5.60030689555	30.3723063794
2	3.40669556738	-0.362769298021	-1.76184635707	1.51286033043	0.627280674871	2.20549002957	0.207351079441	-0.487144184527	0.141799469865	0.607124464293	-0.284307967432	-0.530236924087	-0.23555909185	0.120791861368	-0.115085334397	0.193183043862	-0.0350222570474	-0.02253967017	0.15151727792	-0.0453749088285	-0.0174444907899	0.115982272267	-6.51151854838	36.1224785372
3	3.46565094044	0.566604839809	-1.13756592647	2.46613298366	-0.148453778914	1.29535230102	-0.14547920419	0.0172221200907	-0.316939983625	-0.0342860381764	0.0546252412532	-0.142938524094	0.158724580214	-0.040019675049	0.0343414065404	0.0827553440794	0.00332919079579	-0.0254042154747	0.065464907865	0.00300041617478	0.0417592607333	-1.76188129172	-15.8644272802	25.2769528058
4	1.71386663571	0.502537732912	-0.304403058216	1.70585982818	-0.133451836897	0.61934685754	-0.0252618099887	-0.20702454045	-0.36939579696	0.184455559444	-0.0490553198477	-0.3691121571	0.0676799746762	0.0399080711852	0.0562445646561	0.131516603126	0.00180360988392	-0.040067410318	0.104954850605	0.0317376509984	0.1516595626	-0.999851688162	-21.2291263015	31.4197002407
5	0.737672066552	-0.0228242082892	1.25229220705	0.921391849614	-0.259494400411	2.96637958511	0.0378880013321	0.120124971083	0.0174190539282	-0.230700577319	0.146735381937	0.159496243081	0.261696901362	-0.0797408353254	-0.0412383061499	0.138143529988	-0.0259471674732	-0.0351225946085	0.137732130399	-0.00210357722615	0.121430534151	-26.7179379697	-13.7157106956	6.22540947696
6	1.19939945343	0.0942805969995	1.43356590104	1.36367985872	0.594593270667	3.47765583072	0.141420319085	0.244425920725	-0.125055033366	-0.185795651232	0.0541793420221	0.15545822038	0.50134492479	0.0280567603903	-0.105608307533	0.21390739254	-0.0301051608888	-0.0772262742681	0.168054777334	-0.00771125760564	0.146157506923	-25.6151880635	-16.646095457	2.0068356122
7	2.70540240777	0.487017113468	2.51980053431	3.23441718207	1.71727424534	2.87985244271	-0.122094084559	0.344149804262	-0.116419195449	-0.158022701429	0.375644866203	-0.338437535323	0.100330856239	0.197896516381	-0.208128184197	0.191541948652	-0.012347372876	0.0563879952425	0.264613166742	0.048711769053	0.109484952005	1.42797959482	-5.3388235766	10.3287282855
8	7.11185331729	1.1563393416	-1.89531962757	0.715827596962	0.336884215167	3.13426442862	-0.0309539129361	0.127546409433	0.126163982303	-0.259339982706	0.0262558696823	0.0992814403207	-0.0266220023845	-0.0285700650348	0.0197989044249	0.168463189642	-0.0239270852682	-0.0519040420473	0.116226702703	0.0141054875484	0.108949840294	-17.3026902153	-2.11130664139	8.29546936837
9	1.29935173665	-1.96187604988	1.44988533074	3.0612079803	-2.2179352237	2.01390000002	-0.0341198914074	0.0356320414644	0.265003816544	-0.200716394129	0.133488542956	0.805872933523	-0.136457443187	-0.693846352387	-0.141565648014	0.184810180525	0.0401915039452	-0.10081948718	0.328773738597	0.0377675812645	0.380999957999	-32.5423220873	2.45516277543	10.2854270525
10	1.96896598477	-0.606840520194	0.167009119502	1.26126523154	0.196994257125	1.18877719302	-0.285662966335	0.0644853431051	0.275150634046	-0.0434877407384	0.136361789863	0.164075268332	-0.181995549194	-0.00477577997237	0.136682443112	0.143059033628	-0.0173353327671	-0.0544585133736	0.0924021768633	0.0157901009679	0.155554530953	-13.3767524186	2.53930524143	13.3112136189
11	3.02675997555	-1.73553707021	-0.0599645861501	1.87502395335	-0.839784176614	2.34321932074	-0.133057033484	-0.208470194669	0.840125085434	0.276698865606	-0.0936201826461	0.11283521525	-1.02116519238	0.153103615454	0.167221397165	0.357357278246	0.0042612898532	-0.117733113246	0.141869652778	-0.0159564329126	0.355431557218	-17.5519101737	12.2486406624	15.2735178097
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14	5.87544477016	-2.16435808383	0.0929799921973	7.49514120192	0.00548881843445	1.7943044499	-0.138285030353	1.45242924302	0.29060713011	-0.865801960597	-0.174468878752	-0.470029843126	-0.0856690308218	0.389089552506	0.350241707147	0.247498100734	-0.0842890693729	0.0181854018082	0.304704481782	0.0965510675772	0.225551984212	-1.42167307319	4.26595632936	6.50681007994
15	5.97946363404	0.616732321919	1.52991055318	1.51557673316	0.248904024297	1.68902725656	0.088941186662	0.736021570945	-0.0347289871561	-0.472360801704	0.121057180992	-0.0723844408386	-0.0568292450283	-0.0120855506367	-0.154588856971	0.369392111489	-0.0618262642965	-0.12495612671	0.274341496466	0.10548769871	0.191335858623	-20.1540679378	2.3556019812	2.36997801966
16	2.68596252407	0.502387434215	-2.09980020617	2.28058584086	-0.491481168	1.69258558655	0.156600200599	-0.661648519107	0.0760364110872	0.310327865677	-0.159773613607	-0.447745665528	0.0110789272072	0.318070827168	0.057831440106	0.215239613462	-0.0208991651721	-0.0249183438993	0.20890726257	0.0460585505624	0.140462456439	-0.146052807835	-14.2535441667	36.914342618

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 56 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 57 through 84 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 85 through 118 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 119 through 174 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 175 through 219 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 220 through 276 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 0 through 5 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 6 through 11 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 12 through 19 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 20 through 41 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 42 through 51 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 52 through 71 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 72 through 83 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 84 through 90 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 91 through 99 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 1 through 9 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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