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- PDB-8em8: Co-crystal structure of the cGMP-dependent protein kinase PKG fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8em8
タイトルCo-crystal structure of the cGMP-dependent protein kinase PKG from Plasmodium falciparum in complex with RY-1-165
要素
  • cGMP-dependent protein kinase
  • unidentified peptide fragment
キーワードTRANSFERASE / SGC / cGMP-kinase / inhibitor / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


cGMP-dependent protein kinase / cGMP-dependent protein kinase activity / gamete generation / cAMP-dependent protein kinase activity / cAMP-dependent protein kinase complex / extrinsic component of membrane / cGMP binding / protein kinase A signaling / protein phosphorylation / protein serine kinase activity ...cGMP-dependent protein kinase / cGMP-dependent protein kinase activity / gamete generation / cAMP-dependent protein kinase activity / cAMP-dependent protein kinase complex / extrinsic component of membrane / cGMP binding / protein kinase A signaling / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
cGMP-dependent kinase / cGMP-dependent protein kinase, catalytic domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily ...cGMP-dependent kinase / cGMP-dependent protein kinase, catalytic domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / RmlC-like jelly roll fold / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-WLK / cGMP-dependent protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.54 Å
Model detailsCo-crystal structure of the cGMP-dependent protein kinase PKG from Plasmodium falciparum in complex ...Co-crystal structure of the cGMP-dependent protein kinase PKG from Plasmodium falciparum in complex with RY-1-165
データ登録者Hutchinson, A. / Dong, A. / Seitova, A. / Bhanot, P. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structure-Activity Relationship of a Pyrrole Based Series of PfPKG Inhibitors as Anti-Malarials.
著者: Gilleran, J.A. / Ashraf, K. / Delvillar, M. / Eck, T. / Fondekar, R. / Miller, E.B. / Hutchinson, A. / Dong, A. / Seitova, A. / De Souza, M.L. / Augeri, D. / Halabelian, L. / Siekierka, J. / ...著者: Gilleran, J.A. / Ashraf, K. / Delvillar, M. / Eck, T. / Fondekar, R. / Miller, E.B. / Hutchinson, A. / Dong, A. / Seitova, A. / De Souza, M.L. / Augeri, D. / Halabelian, L. / Siekierka, J. / Rotella, D.P. / Gordon, J. / Childers, W.E. / Grier, M.C. / Staker, B.L. / Roberge, J.Y. / Bhanot, P.
履歴
登録2022年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年8月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cGMP-dependent protein kinase
U: unidentified peptide fragment
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,6317
ポリマ－98,1732
非ポリマー4585
水2,738152
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 1
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.145, 127.986, 213.728
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 cGMP-dependent protein kinase / PfPKG


分子量: 97814.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PKG, PF3D7_1436600 / プラスミド: pFBOH-MHL / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8I719, cGMP-dependent protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド unidentified peptide fragment


分子量: 358.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#3: 化合物 ChemComp-WLK / [(3R)-3-{[(4M)-4-(4-cyclopropyl-2-phenyl-1H-imidazol-1-yl)pyrimidin-2-yl]amino}pyrrolidin-1-yl](1,3-thiazol-2-yl)methanone


分子量: 457.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H23N7OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.88 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2M KCL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→50 Å / Num. obs: 44070 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.135 / Χ2: 1.162 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 180532
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.54-2.583.70.97221720.4790.5681.1311.10299.5
2.58-2.634.20.93921730.5860.4971.0661.06199.7
2.63-2.684.30.79922230.6940.4170.9041.09299.7
2.68-2.744.30.68321430.7420.3580.7741.13199.8
2.74-2.84.30.58721820.8150.3070.6651.10599.7
2.8-2.864.30.49222150.8440.2590.5581.08199.9
2.86-2.934.20.39321730.8910.2070.4451.06799.8
2.93-3.014.20.34321930.9120.1820.3891.1499.8
3.01-3.14.20.27922080.9310.150.3181.13399.9
3.1-3.24.10.22821860.9520.1230.2611.1299.9
3.2-3.314.10.18321940.8490.10.2091.15399.9
3.31-3.4540.14221940.980.0780.1631.2199.6
3.45-3.63.80.11121710.9860.0630.1281.2398.6
3.6-3.793.60.08722030.9880.0510.1011.18499.1
3.79-4.034.30.07122160.9950.0370.081.15299.7
4.03-4.344.30.05821920.9960.030.0661.06499.4
4.34-4.784.20.0522240.9970.0270.0571.09298.8
4.78-5.474.20.05222270.9960.0280.0591.10899.2
5.47-6.893.90.05522540.9950.0310.0631.1798.9
6.89-503.90.06223270.9940.0340.0711.89398

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DYK

5dyk


解像度: 2.54→47.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 19.407 / SU ML: 0.209 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.348 / ESU R Free: 0.264 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2626 2135 4.9 %RANDOM
Rwork0.2183 ---
obs0.2205 41028 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 118.96 Å2 / Biso mean: 42.523 Å2 / Biso min: 9.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.61 Å20 Å2-0 Å2
2--0.45 Å2-0 Å2
3---2.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.54→47.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5917 0 37 152 6106
Biso mean--47.85 38.62 -
残基数----783
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0136145
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175555
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2021.6368348
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1691.57712758
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6145794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.59322.271295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.2615989
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5591536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0430.2851
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027132
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021328
LS精密化 シェル解像度: 2.54→2.606 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 164 -
Rwork0.323 2986 -
all-3150 -
obs--99.68 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -5.378 Å / Origin y: -35.019 Å / Origin z: 20.949 Å
111213212223313233
T0.1256 Å2-0.0054 Å2-0.0433 Å2-0.0686 Å20.0014 Å2--0.0193 Å2
L0.6438 °2-0.023 °2-0.0599 °2-1.0405 °20.1984 °2--0.1325 °2
S-0.0249 Å °-0.1962 Å °-0.0017 Å °0.228 Å °0.0309 Å °-0.0744 Å °-0.0147 Å °0.0501 Å °-0.006 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A28 - 817
2X-RAY DIFFRACTION1A901

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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