PDB-8em1: Type IIS Restriction Endonuclease PaqCI, DNA Unbound

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8em1

タイトル

Type IIS Restriction Endonuclease PaqCI, DNA Unbound

要素

PaqCI, DNA Unbound

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / homotetramer / restriction endonuclease / DNA binding / DNA cleavage

機能・相同性

Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Paucibacter aquatile (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Kennedy, M.A. / Stoddard, B.L.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Science Foundation (NSF, United States)	DGE-1762114	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	RO1 GM105691	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	1S10OD028581-01	米国

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023
タイトル: Structures, activity and mechanism of the Type IIS restriction endonuclease PaqCI.
著者: Madison A Kennedy / Christopher J Hosford / Caleigh M Azumaya / Yvette A Luyten / Minyong Chen / Richard D Morgan / Barry L Stoddard /

要旨: Type IIS restriction endonucleases contain separate DNA recognition and catalytic domains and cleave their substrates at well-defined distances outside their target sequences. They are employed in ...

履歴

登録	2022年9月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月19日	Group: Database references / Refinement description カテゴリ: citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2023年6月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8em1.cif.gz	375.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8em1.ent.gz	305.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8em1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8em1_validation.pdf.gz	452.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8em1_full_validation.pdf.gz	464.9 KB	表示
XML形式データ	8em1_validation.xml.gz	34.8 KB	表示
CIF形式データ	8em1_validation.cif.gz	48.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/8em1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/8em1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	28534C 8epxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PaqCI, DNA Unbound

B: PaqCI, DNA Unbound

ヘテロ分子

113 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PaqCI, DNA Unbound

B: PaqCI, DNA Unbound

ヘテロ分子

A: PaqCI, DNA Unbound

B: PaqCI, DNA Unbound

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: assay for oligomerization, Size Exclusion Chromatography
226 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	136.620, 136.620, 106.418
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and ((resid 3 through 4 and (name N...
2	1	(chain B and (resid 3 through 28 or (resid 29...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	TYR	TYR	ASP	ASP	(chain A and ((resid 3 through 4 and (name N...	A	A	3 - 4	3 - 4
1	2	PRO	PRO	LEU	LEU	(chain A and ((resid 3 through 4 and (name N...	A	A	2 - 510	2 - 510
1	3	PRO	PRO	LEU	LEU	(chain A and ((resid 3 through 4 and (name N...	A	A	2 - 510	2 - 510
1	4	PRO	PRO	LEU	LEU	(chain A and ((resid 3 through 4 and (name N...	A	A	2 - 510	2 - 510
1	5	PRO	PRO	LEU	LEU	(chain A and ((resid 3 through 4 and (name N...	A	A	2 - 510	2 - 510
2	1	TYR	TYR	TYR	TYR	(chain B and (resid 3 through 28 or (resid 29...	B	B	3 - 28	3 - 28
2	2	ASP	ASP	SER	SER	(chain B and (resid 3 through 28 or (resid 29...	B	B	29 - 32	29 - 32
2	3	TYR	TYR	LEU	LEU	(chain B and (resid 3 through 28 or (resid 29...	B	B	3 - 510	3 - 510
2	4	TYR	TYR	LEU	LEU	(chain B and (resid 3 through 28 or (resid 29...	B	B	3 - 510	3 - 510
2	5	TYR	TYR	LEU	LEU	(chain B and (resid 3 through 28 or (resid 29...	B	B	3 - 510	3 - 510
2	6	TYR	TYR	LEU	LEU	(chain B and (resid 3 through 28 or (resid 29...	B	B	3 - 510	3 - 510

#1: タンパク質	PaqCI, DNA Unbound 分子量: 56329.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Paucibacter aquatile (バクテリア) 遺伝子: C1O66_13805 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2N8KYF9
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.19 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 25% w/v polyethylene glycol 3350, 0.2 M magnesium chloride hexahydrate, and 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9762 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9762 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 51645 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.4 % / B_iso Wilson estimate: 46.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.102 / Χ²: 0.662 / Net I/σ(I): 4.6 / Num. measured all: 1313372

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.2-2.24	21	0.97	2516	0.88	0.212	0.994	0.427	99.6
2.24-2.28	22.5	0.855	2564	0.928	0.182	0.875	0.435	100
2.28-2.32	23.7	0.789	2520	0.944	0.165	0.806	0.435	100
2.32-2.37	24.1	0.73	2546	0.953	0.151	0.746	0.435	100
2.37-2.42	26.5	0.64	2532	0.968	0.126	0.652	0.444	100
2.42-2.48	26.2	0.558	2563	0.975	0.111	0.569	0.461	100
2.48-2.54	25.4	0.475	2542	0.981	0.096	0.485	0.472	100
2.54-2.61	27.2	0.418	2552	0.984	0.081	0.426	0.477	100
2.61-2.69	26.9	0.346	2549	0.99	0.068	0.352	0.498	100
2.69-2.77	26.4	0.289	2541	0.993	0.057	0.295	0.524	100
2.77-2.87	25.2	0.238	2580	0.995	0.048	0.243	0.556	100
2.87-2.99	26.6	0.197	2574	0.996	0.039	0.201	0.607	100
2.99-3.12	25.6	0.156	2563	0.997	0.031	0.159	0.675	100
3.12-3.29	27.3	0.131	2568	0.998	0.026	0.134	0.754	100
3.29-3.49	26.8	0.104	2588	0.998	0.02	0.106	0.84	100
3.49-3.76	25.3	0.084	2613	0.999	0.017	0.086	0.979	100
3.76-4.14	25.7	0.071	2612	0.999	0.014	0.072	1.012	100
4.14-4.74	26.8	0.059	2619	0.999	0.012	0.061	1.032	100
4.74-5.97	25.2	0.054	2679	0.999	0.011	0.055	0.86	100
5.97-50	24.3	0.055	2824	0.999	0.012	0.056	1.157	100

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	49.58 Å
Translation	2.5 Å	49.58 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PHENIX	1.2	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlpaFold Model

解像度: 2.5→49.58 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2665	1987	5.66 %
R_work	0.2106	33137	-
obs	0.2137	35124	99.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 126.86 Å² / B_iso mean: 55.3871 Å² / B_iso min: 30.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.5→49.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7276	0	8	69	7353
B_iso mean	-	-	57.67	47.22	-
残基数	-	-	-	-	973

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2867	X-RAY DIFFRACTION	10.124	TORSIONAL
1	2	B	2867	X-RAY DIFFRACTION	10.124	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.5-2.56	0.307	134	0.2329	2297	2431	98
2.56-2.63	0.2977	141	0.2219	2318	2459	99
2.63-2.71	0.2868	139	0.2256	2308	2447	99
2.71-2.8	0.3107	141	0.2313	2340	2481	99
2.8-2.9	0.3812	137	0.255	2306	2443	99
2.9-3.01	0.3264	141	0.2551	2341	2482	100
3.01-3.15	0.2944	142	0.2399	2364	2506	100
3.15-3.32	0.313	139	0.2327	2342	2481	99
3.32-3.53	0.2829	141	0.2381	2353	2494	100
3.53-3.8	0.2596	144	0.2047	2386	2530	100
3.8-4.18	0.2507	142	0.186	2373	2515	100
4.18-4.78	0.2278	144	0.1724	2412	2556	100
4.78-6.03	0.2574	148	0.2045	2438	2586	100
6.03-49.58	0.2216	154	0.201	2559	2713	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 34.2159 Å / Origin y: -34.09 Å / Origin z: -11.6075 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.4396 Å²	-0.0433 Å²	0.0197 Å²	-	0.346 Å²	-0.0051 Å²	-	-	0.342 Å²
L	0.3227 °²	0.1494 °²	-0.0672 °²	-	0.3005 °²	-0.058 °²	-	-	0.2202 °²
S	0.1372 Å °	-0.1423 Å °	0.022 Å °	0.099 Å °	-0.108 Å °	0.0538 Å °	-0.031 Å °	0.0264 Å °	-0.0181 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	2 - 510
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	3 - 510
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 96
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	1 - 2

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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