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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8elq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of SARS-CoV-2 spike protein receptor-binding domain in complex with antibody CC12.1 Fab and nanobody Nb-C4-255 | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / synthetic / nanobody / SARS-CoV-2 / coronavirus / neutralization / IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) synthetic construct (人工物) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, H. / Wilson, I.A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023 タイトル: Fully synthetic platform to rapidly generate tetravalent bispecific nanobody-based immunoglobulins. 著者: Laetitia Misson Mindrebo / Hejun Liu / Gabriel Ozorowski / Quoc Tran / Jordan Woehl / Irene Khalek / Jessica M Smith / Shawn Barman / Fangzhu Zhao / Celina Keating / Oliver Limbo / Megan ...著者: Laetitia Misson Mindrebo / Hejun Liu / Gabriel Ozorowski / Quoc Tran / Jordan Woehl / Irene Khalek / Jessica M Smith / Shawn Barman / Fangzhu Zhao / Celina Keating / Oliver Limbo / Megan Verma / Jingjia Liu / Robyn L Stanfield / Xueyong Zhu / Hannah L Turner / Devin Sok / Po-Ssu Huang / Dennis R Burton / Andrew B Ward / Ian A Wilson / Joseph G Jardine / 要旨: Nanobodies bind a target antigen with a kinetic profile similar to a conventional antibody, but exist as a single heavy chain domain that can be readily multimerized to engage antigen via multiple ...Nanobodies bind a target antigen with a kinetic profile similar to a conventional antibody, but exist as a single heavy chain domain that can be readily multimerized to engage antigen via multiple interactions. Presently, most nanobodies are produced by immunizing camelids; however, platforms for animal-free production are growing in popularity. Here, we describe the development of a fully synthetic nanobody library based on an engineered human V3-23 variable gene and a multispecific antibody-like format designed for biparatopic target engagement. To validate our library, we selected nanobodies against the SARS-CoV-2 receptor-binding domain and employed an on-yeast epitope binning strategy to rapidly map the specificities of the selected nanobodies. We then generated antibody-like molecules by replacing the V and V domains of a conventional antibody with two different nanobodies, designed as a molecular clamp to engage the receptor-binding domain biparatopically. The resulting bispecific tetra-nanobody immunoglobulins neutralized diverse SARS-CoV-2 variants with potencies similar to antibodies isolated from convalescent donors. Subsequent biochemical analyses confirmed the accuracy of the on-yeast epitope binning and structures of both individual nanobodies, and a tetra-nanobody immunoglobulin revealed that the intended mode of interaction had been achieved. This overall workflow is applicable to nearly any protein target and provides a blueprint for a modular workflow for the development of multispecific molecules. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8elq.cif.gz | 302.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8elq.ent.gz | 240.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8elq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8elq_validation.pdf.gz | 474.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8elq_full_validation.pdf.gz | 479.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8elq_validation.xml.gz | 27.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8elq_validation.cif.gz | 37.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/8elq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/8elq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-抗体 , 3種, 3分子 BHL
#2: 抗体 | 分子量: 15551.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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#3: 抗体 | 分子量: 23178.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) |
#4: 抗体 | 分子量: 23641.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-タンパク質 / 糖 / 非ポリマー , 3種, 68分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 23104.867 Da / 分子数: 1 / 断片: Receptor binding domain, UNP residues 333-530 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P0DTC2 |
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#5: 糖 | ChemComp-NAG / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.32 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 25% (w/v) polyethylene glycol 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03317 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月20日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.03317 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 38288 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 32.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.142 / Χ2: 0.866 / Net I/σ(I): 5.7 / Num. measured all: 248854 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7KN5, 6XC3 解像度: 2.21→49.93 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.99 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 97.53 Å2 / Biso mean: 38.4557 Å2 / Biso min: 16.01 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.21→49.93 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 8.1476 Å / Origin y: 37.7605 Å / Origin z: 0.3745 Å
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精密化 TLSグループ |
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