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万見
- PDB-8ekk: Clostridioides difficile binary toxin translocase CDTb wild-type ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ekk
タイトルClostridioides difficile binary toxin translocase CDTb wild-type after calcium depletion from receptor binding domain 1 (RBD1) - Class 2
要素ADP-ribosyltransferase binding component
キーワードTOXIN / translocase / binary toxin / pore-forming
機能・相同性
機能・相同性情報


protein homooligomerization / transferase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bacterial exotoxin B / Protective antigen, heptamerisation domain / Protective antigen, Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA, domain 3 / Protective antigen, heptamerisation domain superfamily / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA domain 2 / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA domain 3 / PA14 domain / PA14 / PA14 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADP-ribosyltransferase binding component
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridioides difficile R20291 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.28 Å
データ登録者Abeyawardhane, D.L. / Pozharski, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R56AI152397 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Calcium-mediated Pore Formation of Clostridioides difficile Binary Toxin
著者: Abeyawardhane, D.L. / Adipietro, K.A. / Ruiz, R.G. / Varney, K.M. / Rustandi, R.R. / Silin, V.I. / Pozharski, E. / Weber, D.J.
履歴
登録2022年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribosyltransferase binding component
B: ADP-ribosyltransferase binding component
C: ADP-ribosyltransferase binding component
D: ADP-ribosyltransferase binding component
E: ADP-ribosyltransferase binding component
F: ADP-ribosyltransferase binding component
G: ADP-ribosyltransferase binding component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)523,31521
ポリマ－522,7547
非ポリマー56114
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
ADP-ribosyltransferase binding component


分子量: 74679.086 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile R20291 (バクテリア)
株: R20291 / 遺伝子: cdtB / 細胞株 (発現宿主): expresSF+
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O32739
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Single heptamer (class 2) of Clostridioides difficile binary toxin translocase CDTb wilt-type after depletion of calcium from RBD1
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Clostridioides difficile (バクテリア) / 株: R20291
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
115 mMHEPESC8H18N2O4S1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 45000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm / Calibrated defocus min: 500 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2700 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC3.3.2粒子像選択
2SerialEM画像取得
4cryoSPARC3.3.2CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9Cootモデル精密化
10PHENIXモデル精密化
11cryoSPARC3.3.2初期オイラー角割当
12cryoSPARC3.3.2最終オイラー角割当
13cryoSPARC3.3.2分類
14cryoSPARC3.3.2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1109860
対称性点対称性: C7 (7回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 36395 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
IDプロトコル
1AB INITIO MODEL
2AB INITIO MODEL
3AB INITIO MODEL
4AB INITIO MODEL
5AB INITIO MODEL
6AB INITIO MODEL
7AB INITIO MODEL
原子モデル構築

Accession code: 6UWR / Initial refinement model-ID: 1 / PDB-ID: 6UWR

6uwr

/ Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB chain-ID 3D fitting-ID
1A1
2B2
3C3
4D4
5E5
6F6
7G7
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00230142
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.46940803
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.0854039
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0434543
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0035285

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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