[日本語] English
万見
- PDB-8ekg: MHETase variant Thr159Val, Met192Tyr, Tyr252Phe, Tyr503Trp -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ekg
タイトルMHETase variant Thr159Val, Met192Tyr, Tyr252Phe, Tyr503Trp
要素Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase
キーワードHYDROLASE / Protein Engineering / MHETase / Plastic degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


mono(ethylene terephthalate) hydrolase / carboxylic ester hydrolase activity / xenobiotic catabolic process / cell outer membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Tannase/feruloyl esterase / Tannase and feruloyl esterase / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Ideonella sakaiensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Saunders, J.W. / Frkic, R.L. / Jackson, C.J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2024
タイトル: Increasing the Soluble Expression and Whole-Cell Activity of the Plastic-Degrading Enzyme MHETase through Consensus Design.
著者: Saunders, J.W. / Damry, A.M. / Vongsouthi, V. / Spence, M.A. / Frkic, R.L. / Gomez, C. / Yates, P.A. / Matthews, D.S. / Tokuriki, N. / McLeod, M.D. / Jackson, C.J.
履歴
登録2022年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年7月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase
B: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase
C: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase
D: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase
E: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase
F: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)375,64828
ポリマ－374,2346
非ポリマー1,41422
水7,260403
1
A: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5814
ポリマ－62,3721
非ポリマー2083
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,97710
ポリマ－62,3721
非ポリマー6059
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4753
ポリマ－62,3721
非ポリマー1022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5374
ポリマ－62,3721
非ポリマー1643
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6675
ポリマ－62,3721
非ポリマー2944
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4122
ポリマ－62,3721
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.967, 120.514, 126.290
Angle α, β, γ (deg.)90.440, 95.150, 90.200
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase / MHET hydrolase / MHETase


分子量: 62372.414 Da / 分子数: 6 / 変異: T159V, Y503W, M192Y, Y252F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ideonella sakaiensis (バクテリア)
株: NBRC 110686 / TISTR 2288 / 201-F6 / 遺伝子: ISF6_0224 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SMG96 / Variant (発現宿主): Shuffle
参照: UniProt: A0A0K8P8E7, mono(ethylene terephthalate) hydrolase

-
非ポリマー , 5種, 425分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.59 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 / 詳細: 20% PEG 6000, 0.2 M MgCl2, 0.1 M HEPES pH 7.3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→43.87 Å / Num. obs: 104762 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 45.98 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.112 / Rrim(I) all: 0.158 / Net I/σ(I): 4.5 / Num. measured all: 191573
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.65-2.71.90.836967351970.3540.8351.182196.6
14.51-43.871.80.01811216110.9980.0180.0261390.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimless0.7.7データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6qz4

6qz4


解像度: 2.65→43.87 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 27.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2408 4885 4.67 %
Rwork0.184 99816 -
obs0.1867 104701 95.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 154.34 Å2 / Biso mean: 54.2421 Å2 / Biso min: 25.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.65→43.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24748 0 77 403 25228
Biso mean--67.9 43.13 -
残基数----3344
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.65-2.680.38941840.33753379356396
2.68-2.710.38561630.33353268343197
2.71-2.740.3611740.31743371354596
2.74-2.780.37271500.30983373352395
2.78-2.820.31831790.28393294347398
2.82-2.850.34041840.27243315349996
2.85-2.90.33681790.27363318349795
2.9-2.940.36751960.27933304350096
2.94-2.980.36871400.27113301344196
2.98-3.030.32521740.25743356353095
3.03-3.090.32351920.24923300349296
3.09-3.140.32131950.24933298349397
3.14-3.20.34241630.24643308347195
3.2-3.270.26791620.23793361352397
3.27-3.340.27841740.22483367354197
3.34-3.420.25421850.19153314349996
3.42-3.50.23581280.1823362349096
3.5-3.60.22481370.17773339347695
3.6-3.70.25731660.16563317348397
3.7-3.820.21531470.16163340348796
3.82-3.960.20061450.15173326347195
3.96-4.120.18131540.1473336349096
4.12-4.30.19141640.13683363352796
4.3-4.530.17081410.12483313345495
4.53-4.810.16351100.1263327343796
4.81-5.180.20341700.1363310348095
5.18-5.710.18651670.14183340350796
5.71-6.530.18891600.15343302346295
6.53-8.220.17551250.14383330345596
8.22-43.870.17941770.14053284346195
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7333-0.27341.03660.8356-0.4121.3890.0417-0.16160.1392-0.1477-0.0785-0.0214-0.09730.00040.04860.37830.0502-0.04150.3289-0.07080.4935-0.6969-4.944358.1698
21.2877-0.09780.15310.69060.56911.4390.056-0.1873-0.2162-0.0073-0.0142-0.12570.22170.0518-0.01830.40540.0338-0.07930.21220.01890.463-4.0427-33.150455.5166
31.83571.57191.94641.96750.52334.31180.0746-0.26060.06680.0383-0.32250.42020.202-0.32710.25670.26140.0352-0.02240.3609-0.0890.4468-25.6088-25.855953.5778
43.2385-0.5388-1.5161.05410.78312.4911-0.02050.01410.1333-0.0397-0.00950.03080.0765-0.16350.04070.32940.0381-0.08180.3885-0.11540.4934-17.222534.897469.7411
50.7136-0.189-0.28691.90110.31380.51150.033-0.26990.30980.03410.02050.0045-0.18350.0173-0.05320.470.0509-0.07180.5616-0.27060.7221-6.962456.816984.5108
64.21791.6195-0.52212.9102-1.27251.6181-0.37390.33080.0294-0.26190.1006-0.39360.3185-0.03160.2780.40450.02530.06210.5131-0.09410.696347.799112.0819-35.2319
70.5518-0.4588-0.39771.19070.18311.0506-0.1856-0.13240.31190.34750.1522-0.388-0.14480.13610.08040.44310.058-0.20220.4378-0.11860.639536.358828.0945-12.4375
81.57430.1513-0.01352.06420.06571.4888-0.15640.05050.2091-0.04130.1544-0.0362-0.4123-0.21990.03920.43620.0888-0.06070.4065-0.05470.52572.35859.6084-38.5266
90.20570.1038-0.05810.284-0.11690.7536-0.00140.05060.01130.0034-0.01840.00670.03460.00620.01340.26460.0521-0.02120.3467-0.03940.402110.2389-10.3263-26.998
100.70210.2636-0.29140.8605-0.37991.5819-0.05340.112-0.08610.0382-0.0367-0.00110.1697-0.06180.09160.29350.0554-0.05130.3383-0.08960.465210.2185-20.2342-22.3703
111.7138-0.24420.94760.36370.03684.56910.052-0.0262-0.2002-0.0165-0.12850.10010.02790.51350.07080.31850.0353-0.01320.3764-0.03580.505133.0715-11.6011-21.4404
123.8128-1.85340.99242.583-0.78531.3981-0.1003-0.2228-0.32050.24010.36750.01630.0246-0.0009-0.20580.37250.0787-0.02930.374-0.07210.48120.26930.266355.042
130.1097-0.0634-0.15160.35230.05230.8074-0.0727-0.079-0.00910.00760.02830.0260.01880.00260.04260.30810.056-0.05720.3742-0.05950.472826.83180.941432.8978
143.3692.05181.32041.25420.92354.33080.03270.4708-0.2029-0.13390.1069-0.18620.18120.155-0.12060.23460.0369-0.00090.33110.01490.251130.6826-5.66786.5541
152.03370.21980.531.17510.39980.8637-0.01510.04550.0621-0.0444-0.0058-0.00580.01150.05780.01550.30220.0365-0.01120.34180.00120.342531.72112.037525.6738
162.81510.3904-1.87421.3078-0.24262.57850.0352-0.27920.15560.05080.1211-0.0617-0.05120.4498-0.12450.30980.0284-0.08430.4677-0.16580.53824.50432.774957.4275
170.6921-0.3644-0.32830.8410.1940.71330.114-0.05810.1373-0.22690.00790.0459-0.27210.0736-0.12650.4555-0.006-0.04060.2911-0.10630.499513.774747.397135.5895
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'D' and (resid 47 through 212 )D47 - 212
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'D' and (resid 213 through 533 )D213 - 533
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resid 534 through 603 )D534 - 603
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'E' and (resid 46 through 212 )E46 - 212
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E' and (resid 213 through 603 )E213 - 603
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'F' and (resid 47 through 110 )F47 - 110
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'F' and (resid 111 through 603 )F111 - 603
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 46 through 110 )A46 - 110
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 111 through 333 )A111 - 333
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 334 through 548 )A334 - 548
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 549 through 603 )A549 - 603
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 47 through 110 )B47 - 110
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 111 through 326 )B111 - 326
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 327 through 382 )B327 - 382
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 383 through 603 )B383 - 603
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 47 through 212 )C47 - 212
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 213 through 603 )C213 - 603

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る