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万見
- PDB-8ek5: Engineered scFv 10LH bound to PHOX2B/HLA-A24:02 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ek5
タイトルEngineered scFv 10LH bound to PHOX2B/HLA-A24:02
要素
  • 10LH single chain fragment variable (scFv)
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC class I antigen
  • Paired mesoderm homeobox protein 2B peptide
キーワードANTITUMOR PROTEIN / Neuroblastoma / PHOX2B
機能・相同性
機能・相同性情報


medullary reticular formation development / parasympathetic nervous system development / efferent axon development in a lateral line nerve / retrotrapezoid nucleus neuron differentiation / negative regulation of type B pancreatic cell proliferation / cell differentiation in hindbrain / noradrenergic neuron development / respiratory system development / autonomic nervous system development / hindbrain tangential cell migration ...medullary reticular formation development / parasympathetic nervous system development / efferent axon development in a lateral line nerve / retrotrapezoid nucleus neuron differentiation / negative regulation of type B pancreatic cell proliferation / cell differentiation in hindbrain / noradrenergic neuron development / respiratory system development / autonomic nervous system development / hindbrain tangential cell migration / noradrenergic neuron differentiation / cellular response to carbon dioxide / brainstem development / motor neuron migration / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / sympathetic ganglion development / enteric nervous system development / regulation of respiratory gaseous exchange by nervous system process / sympathetic nervous system development / glial cell differentiation / cellular response to BMP stimulus / dopaminergic neuron differentiation / type B pancreatic cell proliferation / negative regulation of neuron differentiation / inner ear development / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / skeletal muscle cell differentiation / membrane depolarization / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of neuron differentiation / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / response to activity / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / regulation of erythrocyte differentiation / HFE-transferrin receptor complex / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / neuron migration / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / sequence-specific double-stranded DNA binding / MHC class II protein complex binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of cold-induced thermogenesis / ER-Phagosome pathway / regulation of gene expression / protein refolding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / learning or memory / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin ...: / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Homeobox-like domain superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / MHC class I antigen / Beta-2-microglobulin / Paired mesoderm homeobox protein 2B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Garfinkle, S.E. / Florio, T.J. / Sgourakis, N.G.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5R01AI143997 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R35GM125034 米国
引用
ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2023
タイトル: Structural principles of peptide-centric chimeric antigen receptor recognition guide therapeutic expansion.
著者: Sun, Y. / Florio, T.J. / Gupta, S. / Young, M.C. / Marshall, Q.F. / Garfinkle, S.E. / Papadaki, G.F. / Truong, H.V. / Mycek, E. / Li, P. / Farrel, A. / Church, N.L. / Jabar, S. / Beasley, M.D. ...著者: Sun, Y. / Florio, T.J. / Gupta, S. / Young, M.C. / Marshall, Q.F. / Garfinkle, S.E. / Papadaki, G.F. / Truong, H.V. / Mycek, E. / Li, P. / Farrel, A. / Church, N.L. / Jabar, S. / Beasley, M.D. / Kiefel, B.R. / Yarmarkovich, M. / Mallik, L. / Maris, J.M. / Sgourakis, N.G.
#1: ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2023
タイトル: The chilling origin of germinal centers.
著者: Boehm, T.
履歴
登録2022年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: Paired mesoderm homeobox protein 2B peptide
E: 10LH single chain fragment variable (scFv)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,1368
ポリマ－94,8274
非ポリマー3084
水5,513306
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: See https://www.nature.com/articles/s41586-021-04061-6 for evidence of complex formation necessary for CAR-T cell killing data.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7670 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area26740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.087, 174.562, 47.193
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.75, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 31909.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: F6IR24
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P61769

-
タンパク質・ペプチド / 抗体 , 2種, 2分子 CE

#3: タンパク質・ペプチド Paired mesoderm homeobox protein 2B peptide / Neuroblastoma Phox / NBPhox / PHOX2B homeodomain protein / Paired-like homeobox 2B


分子量: 1140.268 Da / 分子数: 1 / Fragment: Residues 43-51 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99453
#4: 抗体 10LH single chain fragment variable (scFv)


分子量: 49898.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 3種, 310分子

#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2M Sodium Nitrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.108→43.68 Å / Num. obs: 37369 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル解像度: 2.108→2.115 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.644 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 377 / CC1/2: 0.817 / Rpim(I) all: 0.389 / Rrim(I) all: 0.776 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSJan 10,2022データ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
PHENIX1.19.2-4158位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7MJA

7mja


解像度: 2.11→43.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 13.01 / SU ML: 0.168 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.236 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21245 2006 5.4 %RANDOM
Rwork0.18149 ---
obs0.18319 35362 97.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.173 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.91 Å20 Å20.44 Å2
2---2.16 Å2-0 Å2
3----0.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.11→43.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4857 0 20 306 5183
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0175036
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0194495
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2961.8396829
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0262.63410367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2475612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.39221.707287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.62515807
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4641538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2708
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025773
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021235
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9742.3032454
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9742.3022453
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6073.4493061
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.6073.4493062
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1862.4492582
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.1742.4422577
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.9013.5993762
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.46526.75550
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.31426.295485
LS精密化 シェル解像度: 2.11→2.163 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 223 -
Rwork0.248 2509 -
obs--96.16 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.50830.33560.06851.5623-0.11040.47490.03170.0450.02620.03810.03670.0658-0.0235-0.0221-0.06840.00650.01160.010.08510.00350.0214-6.087-3.05311.357
22.08391.221-0.04433.83280.71141.6871-0.03260.0305-0.0237-0.15810.0261-0.5039-0.10630.23380.00650.03860.01870.03920.08820.02940.11511.0914.7057.354
34.7925-0.3116-1.83155.53542.4852.4159-0.02260.305-0.13870.7094-0.26470.34440.328-0.23690.28740.1791-0.08470.03610.1463-0.08650.1452-9.152-22.258.588
41.7826-0.716-0.74522.15990.23671.31240.02330.1509-0.1634-0.1917-0.04750.02030.0171-0.05620.02430.069-0.0040.0040.0441-0.00430.0371-12.248-41.54816.624
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 277
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 100
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 9
4X-RAY DIFFRACTION4E113 - 359

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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