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万見
- PDB-8ejz: [4+2] Aza-Cyclase Y293F variant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ejz
タイトル[4+2] Aza-Cyclase Y293F variant
要素PbtD
キーワードANTIBIOTIC / Enzyme / thiopeptide / RiPP / biosynthesis.
機能・相同性: / Thiopeptide-type bacteriocin biosynthesis domain / Lantibiotic biosynthesis dehydratase C-term / PbtD
機能・相同性情報
生物種Planobispora rosea (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Nair, S.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM131347 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022
タイトル: Enzymatic Pyridine Aromatization during Thiopeptide Biosynthesis.
著者: Rice, A.J. / Pelton, J.M. / Kramer, N.J. / Catlin, D.S. / Nair, S.K. / Pogorelov, T.V. / Mitchell, D.A. / Bowers, A.A.
履歴
登録2022年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PbtD
B: PbtD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,2002
ポリマ－74,2002
非ポリマー00
水5,495305
1
A: PbtD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1001
ポリマ－37,1001
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PbtD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1001
ポリマ－37,1001
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.322, 88.734, 78.627
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.560, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 PbtD


分子量: 37099.793 Da / 分子数: 2 / 変異: Y293F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Planobispora rosea (バクテリア) / 遺伝子: pbtD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: U5Q3T2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.66 %
結晶化温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, pH = 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.068737 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.068737 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.696→78.598 Å / Num. obs: 61538 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 1.696→1.725 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.814 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 15518 / CC1/2: 0.72 / Rpim(I) all: 0.37 / % possible all: 87.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5W98

5w98


解像度: 1.7→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 2.371 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2344 2941 4.8 %RANDOM
Rwork0.2069 ---
obs0.2082 58213 98.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 106.29 Å2 / Biso mean: 21.946 Å2 / Biso min: 9.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.67 Å20 Å2-0.36 Å2
2--0.38 Å2-0 Å2
3---0.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4793 0 0 305 5098
Biso mean---26.95 -
残基数----607
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0124920
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9991.6296686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.195605
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.49318.774318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.04315745
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8771568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2607
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023872
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 224 -
Rwork0.288 3899 -
all-4123 -
obs--89.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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